Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 648,287 | A→C | 16.9% | intergenic (+56/+35) | acoR → / ← accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 648,287 | 0 | A | C | 16.9% | 75.1 / 8.2 | 35 | intergenic (+56/+35) | acoR/accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (14/15); new base C (2/4); total (16/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGT > NC_002947/648144‑648434 | tGCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATTAGCACCGCATCTACATGCCGCTGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAgg < 7:35707/148‑1 (MQ=255) aCGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGGCCCCGCTTCAGGCGCGGCAAAAAAAAAACCC‑GCACCAGGCCgggg > 3:33592/1‑149 (MQ=255) aCGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAGAACCCCGGCCCTGTGCCgggg < 8:106872/149‑1 (MQ=255) tttGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGTTGAAGGGGTATAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTgg < 8:222296/149‑1 (MQ=255) tGGGCATGTCGCGGGCGACGCTTTATCCGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAACACCCCGGCCCTGTGCCGGGGtttttta < 5:5733/148‑6 (MQ=255) gggCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCCCTGTGCCGGGGttttttat < 7:242400/148‑7 (MQ=255) ggCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCAGGAGCACCGAATCTACATGCCGCTGATGAAGGTGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACa < 4:33592/149‑1 (MQ=255) gggCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTaca < 4:342031/149‑1 (MQ=255) tATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTcc < 5:333240/148‑1 (MQ=255) 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aaGGGGTAGAGCCCTGGGGGCGCGCCGCGGCCCCAGATTATGGG‑CGGCGATAAAAAAACCCCGCACCGGGGCGGGGGTGGGGTTCAGAACACAACACCAGCACGCCGGGGTGGGCAGGTTGTGGTCGAGGGAGGGCATGTTGAcgccgc > 8:103739/1‑149 (MQ=255) cTGGGGCCGCGTCGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGcc > 1:77902/1‑149 (MQ=255) cccAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTc > 6:309339/1‑149 (MQ=255) ccAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTtc > 5:19387/1‑133 (MQ=255) ccAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTtc < 6:19387/133‑1 (MQ=255) aTTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGt > 5:307131/1‑149 (MQ=255) tAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTg < 5:309339/149‑1 (MQ=255) tAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACCCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCggg < 1:217581/143‑1 (MQ=255) tAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACCCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCggg > 2:217581/1‑143 (MQ=255) ccagaaCCCCGGCCCTGTGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTgg > 4:266117/5‑149 (MQ=255) aaaaCCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGc < 1:349218/137‑1 (MQ=255) 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ccGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGa < 2:73009/147‑1 (MQ=255) ccGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGa > 1:73009/1‑147 (MQ=255) ccGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATg > 7:69469/1‑149 (MQ=255) ccGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATg > 8:52630/1‑149 (MQ=255) gCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCg > 4:112662/1‑149 (MQ=255) cacaGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGt < 7:5158/149‑1 (MQ=255) | TGCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGT > NC_002947/648144‑648434 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |