Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 648,291 | G→T | 14.5% | intergenic (+60/+31) | acoR → / ← accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 648,291 | 0 | G | T | 14.5% | 98.6 / 7.1 | 40 | intergenic (+60/+31) | acoR/accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/18); new base T (2/4); total (18/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 |
TGCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGAC > NC_002947/648144‑648438 | tGCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATTAGCACCGCATCTACATGCCGCTGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAgg < 7:35707/148‑1 (MQ=255) aCGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGGCCCCGCTTCAGGCGCGGCAAAAAAAAAACCC‑GCACCAGGCCgggg > 3:33592/1‑149 (MQ=255) aCGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAGAACCCCGGCCCTGTGCCgggg < 8:106872/149‑1 (MQ=255) tttGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGTTGAAGGGGTATAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTgg < 8:222296/149‑1 (MQ=255) tGGGCATGTCGCGGGCGACGCTTTATCCGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAACACCCCGGCCCTGTGCCGGGGtttttta < 5:5733/148‑6 (MQ=255) gggCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCCCTGTGCCGGGGttttttat < 7:242400/148‑7 (MQ=255) ggCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCAGGAGCACCGAATCTACATGCCGCTGATGAAGGTGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACa < 4:33592/149‑1 (MQ=255) gggCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTaca < 4:342031/149‑1 (MQ=255) tATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTcc < 5:333240/148‑1 (MQ=255) cACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGCCCCCGCCCCACAATCTGGC‑AGGCAAAAAAAAAACCCCGCACACGGCCGGGGGTGTGGTAAATAAAACAAAACGATAACACAGGGGTGGCCACGTTGTGCt > 6:342245/1‑149 (MQ=255) cgaaTCGACATGCCGCGGATGATGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGa < 2:124021/146‑1 (MQ=255) cATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAgg < 1:359117/149‑1 (MQ=255) cATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAgg < 5:342245/149‑1 (MQ=255) 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aaaaCCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGc > 2:349218/1‑137 (MQ=255) aaaaCCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGc < 1:349218/137‑1 (MQ=255) gaaCCCCGGCCCTGTGCCGGGGTTTTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCt > 7:11444/2‑149 (MQ=255) aaaCCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCt < 7:103739/149‑1 (MQ=255) cccGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGAt > 8:5158/1‑149 (MQ=255) 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aGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGATGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGAt > 1:150810/1‑129 (MQ=255) ggCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTcgac > 4:282127/1‑148 (MQ=255) | TGCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAGATTCTGGC‑AGGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGAC > NC_002947/648144‑648438 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |