Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 693,590 | C→G | 10.9% | G151A (GGC→GCC) | PP_0595 ← | LysR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 693,590 | 0 | C | G | 10.9% | 149.9 / 9.9 | 55 | G151A (GGC→GCC) | PP_0595 | LysR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/26); new base G (2/4); total (25/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.83e-01 |
CTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCGCGC > NC_002947/693444‑693736 | cTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCg > 6:104735/1‑149 (MQ=255) tCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTg < 4:171604/148‑1 (MQ=255) tgctgGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTc > 4:333571/1‑149 (MQ=255) gtcgtcGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCGCCATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGAc < 1:286039/149‑1 (MQ=255) gtcgtcGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCTCGAcg < 3:145285/148‑2 (MQ=255) gtcgtcGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCTCGAc < 5:332909/147‑1 (MQ=255) gtcgtcGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACct < 1:16678/149‑1 (MQ=255) ggCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACctggctgg < 7:307476/149‑1 (MQ=255) gTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTggggg > 1:256120/1‑149 (MQ=255) aGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCTCGAcg < 7:91043/132‑2 (MQ=255) aGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGGCGTGCTCGAcg > 8:91043/1‑131 (MQ=255) cGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGc > 3:48233/1‑149 (MQ=255) gCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCt > 5:2125/1‑149 (MQ=255) gCCAACCGAGCAGAACAGCATCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑AAAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCACCGTGCAGGCTCACGTCGAGCACGCCGGGCTCGACCAGGCGGGGGGCGATCATGAGGATCt > 6:68403/1‑149 (MQ=255) aCCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGAt < 3:173977/149‑1 (MQ=255) cagcagCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCa < 3:331596/148‑1 (MQ=255) gcgagcgTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACctggc < 6:143422/108‑1 (MQ=255) gcgagcgTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACctggc > 5:143422/1‑108 (MQ=255) gCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGa < 3:11589/149‑1 (MQ=255) tGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCCAGCACGCCGGGCTAGACCTGGGTGGGGGCGATAATGCGGATATGGATGCGCACATCAGGGCCACGCTCGATGAGt > 4:32502/1‑149 (MQ=255) tACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTc > 6:202971/1‑149 (MQ=255) cAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTcc < 3:333571/148‑1 (MQ=255) cAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTcc < 5:202971/148‑1 (MQ=255) cGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGc > 8:333271/1‑147 (MQ=255) gATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGc < 6:2125/148‑1 (MQ=255) tACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCtt < 7:34094/131‑1 (MQ=255) tACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCtt > 8:34094/1‑131 (MQ=255) aCTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGGGCTCGACCAGGCGGGGGGCGATGATGCGGATGTGGATGCGGCCATAAGGGCCCCCATCCATGAGTTACGCCAGGGCCTgg > 6:53719/1‑149 (MQ=255) cTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTTGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCATTGCCCCTATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATgg < 2:256120/148‑1 (MQ=255) cTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAg < 5:217422/132‑1 (MQ=255) cTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAg > 6:217422/1‑132 (MQ=255) tCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCCCGCCGTGCTAGGCCGGGGTGGGGGCGCTCATGCGGATCTGGATGAGGACCTGAGGGCCCCGATCCGTGAGTTACGCCCGGGCATgggg > 4:17421/1‑148 (MQ=255) tCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATgcgc > 6:337944/1‑108 (MQ=255) tCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATgcgc < 5:337944/108‑1 (MQ=255) tCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGa < 8:39927/130‑1 (MQ=255) tCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGa > 7:39927/1‑130 (MQ=255) ccccG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATAc < 7:333271/149‑1 (MQ=255) ccG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACg > 6:304181/1‑148 (MQ=255) cG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCa > 5:186620/1‑149 (MQ=255) gCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCa < 3:17421/149‑1 (MQ=255) tGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAgg < 5:53719/149‑1 (MQ=255) ggTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATggg < 2:5570/128‑1 (MQ=255) ggTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATggg > 1:5570/1‑128 (MQ=255) tCTGTGGTACGTCGCGAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTc < 5:233/149‑1 (MQ=255) tgtgGTACGACGCCAACGGGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGa < 5:52914/106‑1 (MQ=255) acgacgCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGtt > 1:20944/1‑149 (MQ=255) cgCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCg < 6:186620/149‑1 (MQ=255) cgCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCg < 5:104735/149‑1 (MQ=255) tGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGAGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGtt > 7:301311/1‑148 (MQ=255) ccGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGAGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTc < 8:301311/147‑1 (MQ=255) tCGAGCACGGCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAgg > 2:213739/1‑135 (MQ=255) tCGAGCACGGCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAgg < 1:213739/135‑1 (MQ=255) gCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTcgccg > 5:219455/1‑149 (MQ=255) cACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTcgccgc < 4:48233/149‑1 (MQ=255) gCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCgcgc > 7:40651/1‑148 (MQ=255) | CTATCTGCTGGTCGTCGGCGTAGAACAGCGGGTGGCCAACCGCGCAGTACAGCAGCGAGCGTTCGCTGTACAACGGTTGATACTCAAGCCCCG‑‑ATAACGGGCTGGTCTGTGGTACGACGCCAACGTGCAGGCTGCCGTCGAGCACGCCGTGCTCGACCTGGCTGGGGGCGATCATGCGGATCTGGATGCGCACATCAGGGCCCCGATCCTTGAGTTCCGCCAGGGCATGGGTGATACGCATGTGCGGCAGGGTCACCAGGTTGTCGGTCAGGCCGATGTTCAGCTCGCCGCGC > NC_002947/693444‑693736 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |