Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 49,672 | A→C | 11.2% | R326R (CGT→CGG) ‡ | czcB‑I ← | cobalt‑zinc‑cadmium resistance protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 49,672 | 0 | A | C | 11.2% | 144.7 / 8.4 | 52 | R326R (CGT→CGG) ‡ | czcB‑I | cobalt‑zinc‑cadmium resistance protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/24); new base C (3/3); total (25/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 |
GGCGGGTGTCAAAGCCATCTGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGTTCATGTCAGGCGAAGAGACTTTCAC > NC_002947/49536‑49803 | ggcgggTGTCAAAGCCATCTGGTGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGCGTCCAGgcctgt < 8:258314/149‑5 (MQ=255) gtgtCAAAGCCATCTGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTggg > 3:235618/1‑149 (MQ=255) tgtCAAAGCCATCTGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGGGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTgggg < 3:44847/149‑1 (MQ=255) tCAAAGCCATCTGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGtt < 5:251701/149‑1 (MQ=255) tCAAAGCCATCTGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCGGGCCTCCAGGCGCCGTTGGGGtg > 6:251701/1‑148 (MQ=255) cAAAGCCATCTGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGCGTCCAGgcctgttc < 1:306203/142‑7 (MQ=255) cAAAGCCATCTGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGCGTCCAGgcctgttc < 1:311278/142‑7 (MQ=255) cAAAGCCATCTGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGCGTCCAGgcctgttc > 2:306203/1‑136 (MQ=255) cAAAGCCATCTGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGCGTCCAGgcctgttc > 2:311278/1‑136 (MQ=255) aaaGCCATCTGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTgg > 4:11944/1‑149 (MQ=255) ccATCTGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCaa < 3:11944/149‑1 (MQ=255) aaTCTGGGGTGCGTAATAATAGCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGGGTGCTCAGGGAACGATACGGAAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGGTATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGACGTTGGGGTTGGTCAAg < 4:235618/148‑1 (MQ=255) tGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGa > 5:98949/1‑149 (MQ=255) cGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGa > 3:238569/1‑148 (MQ=255) cGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGa < 1:272206/148‑1 (MQ=255) gAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAg > 4:279394/1‑149 (MQ=255) cGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCAc > 3:165582/1‑149 (MQ=255) gAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTACACg > 6:307050/1‑149 (MQ=255) gTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGttt > 6:173193/1‑149 (MQ=255) tttGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAg < 4:51197/121‑1 (MQ=255) tttGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAg > 3:51197/1‑121 (MQ=255) tCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTc > 1:198012/1‑149 (MQ=255) ttCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGc > 7:28017/1‑149 (MQ=255) cAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTACACGGTTTTGCTCGc < 5:307050/147‑1 (MQ=255) gTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCcagcag < 3:279394/149‑1 (MQ=255) tCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAgg < 6:98949/149‑1 (MQ=255) cacaGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCcagca > 4:131641/1‑143 (MQ=255) cacaGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCcagca < 3:131641/143‑1 (MQ=255) cacaGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGc > 6:166941/1‑149 (MQ=255) caGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGcc > 4:245858/1‑148 (MQ=255) caGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCg < 5:173193/149‑1 (MQ=255) tGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACAt > 5:53270/1‑148 (MQ=255) ggACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCAcc > 1:159631/1‑149 (MQ=255) ggACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCAcc < 2:94783/149‑1 (MQ=255) cTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCAccttccct < 4:165582/149‑1 (MQ=255) cGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCg < 2:159631/149‑1 (MQ=255) tCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGa > 6:181899/1‑149 (MQ=255) aTCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGt > 5:128693/1‑149 (MQ=255) tCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGtt < 2:198012/149‑1 (MQ=255) gTCTGGGAGGGGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCAccttc < 6:120408/129‑1 (MQ=255) aGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGTTCATGTCAGGc < 8:28017/149‑1 (MQ=255) gTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGTTCATGTCAGGCg > 3:30486/1‑148 (MQ=255) aCCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGTTCATGt > 4:333187/1‑139 (MQ=255) aCCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGTTCATGt < 3:333187/139‑1 (MQ=255) gCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGAGAGTAGCTGCTCGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGTTCATGTCAGGCGAAGAGAc < 5:288492/149‑1 (MQ=255) gCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGTTc < 7:213102/132‑1 (MQ=255) gCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGTTc > 8:213102/1‑132 (MQ=255) aTGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGTTCATGTCAGGCGAAGAGACttt < 5:166941/149‑1 (MQ=255) aTGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGTTCATGTCAGGCGAAGAGACttt < 3:245858/149‑1 (MQ=255) tttACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGTTCATGTCAGGCGAAGAGACTTTCAc < 6:53270/149‑1 (MQ=255) cTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACAt < 6:337919/84‑1 (MQ=255) cTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACAt > 5:337919/1‑84 (MQ=255) | GGCGGGTGTCAAAGCCATCTGGGGTGCGTACGAATACCGAAGGTTTGTCTTCAACGGTCTGCACAGCGTGCTCAGGGACCGCTACGGCAACTCGATCGGTCTGGGAGGTGACCGCAATGTTTACGAACAGGCCTGGACGCCAGGCGCCGTTGGGGTTGGTCAAGGTGACGCGGACAGTAGCTGCACGGTTTTGCTCGCCCAGCAGGCTGCCGACATAACCCACCTTCCCTTCGACCTCGACGTTCATGTCAGGCGAAGAGACTTTCAC > NC_002947/49536‑49803 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |