| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 914,631 | G→C | 7.7% | A448P (GCC→CCC) ‡ | fruA → | PTS fructose transporter subunit IIBC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 914,631 | 0 | G | C | 7.7% | 155.7 / 3.9 | 52 | A448P (GCC→CCC) ‡ | fruA | PTS fructose transporter subunit IIBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/22); new base C (2/2); total (28/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-02 | |||||||||||
ATGGGCACCACCAATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGATTCCGTTTGCCGCCAA > NC_002947/914484‑914779 | aTGGGCACCACCAATGCCATCCTGCTGGGGGTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGGGGGCGGATCTAGAAGGCGGGGTATGCGTTGTCGGTGGTGCTGCTGGCGTAGTCGTGCTAAGCGCC‑AAT‑GGAGGAGACGATGgc > 8:283308/1‑149 (MQ=255) accaccAATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCgg > 6:143105/1‑149 (MQ=255) ccaATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATg < 5:194048/149‑1 (MQ=255) 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cGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAgagc > 4:151684/1‑149 (MQ=255) acaaGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAgcgc < 3:191459/149‑1 (MQ=255) acaaGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAgcgc < 7:92499/149‑1 (MQ=255) acaaGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCCAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAgcgc > 1:42111/1‑149 (MQ=255) cgccTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCgg < 4:214909/149‑1 (MQ=255) cTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGc > 1:282831/1‑148 (MQ=255) gggTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCgg < 6:313021/134‑1 (MQ=255) cgTGGGGCGGCTGGCCGCGGCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATCGT‑GCCGCCGATTGGCGTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCggcgctgg < 5:345637/148‑1 (MQ=255) gctgctGGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGcgctggcgctgg > 5:103108/1‑149 (MQ=255) ctgctgGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTggg > 7:193104/1‑149 (MQ=255) ctgctgGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTggg < 3:169858/149‑1 (MQ=255) ctgGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTgggg < 6:305315/147‑1 (MQ=255) ctgGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCt > 4:139962/1‑149 (MQ=255) ctgGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCt > 5:278485/1‑149 (MQ=255) ccTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGc > 1:46850/1‑149 (MQ=255) ccTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCAGGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGc < 2:282831/149‑1 (MQ=255) gtcgAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCTGAGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGTGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCa > 8:162960/1‑149 (MQ=255) gtcgAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGc < 2:24594/118‑1 (MQ=255) gtcgAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGc > 1:24594/1‑118 (MQ=255) gtcgAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTc < 7:296304/148‑1 (MQ=255) gtcgAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTc < 1:241025/148‑1 (MQ=255) gtcgAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTc > 2:241025/1‑148 (MQ=255) cttcgcgcg‑ATT‑GGCTGGGACCATGGCGGCGTG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCTCCTTCCTGGCGCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCAtctc < 7:283308/144‑1 (MQ=255) ccaagcC‑AATCGGCGGC‑ACCATGCCGGCGGC‑CATGGTCGCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGCGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTcc > 3:257347/5‑147 (MQ=25) gcC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGTGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGTCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAggggg < 2:241373/149‑1 (MQ=255) c‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGc > 2:319086/1‑148 (MQ=255) ggcgACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGATTCCGt < 2:42111/149‑1 (MQ=255) ggcaCCATGCCGGCGGC‑CATGGTCGCCGCC‑ATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGATTCCGtt > 5:132805/4‑149 (MQ=38) gcgACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGATTCCGtt < 3:173678/149‑1 (MQ=255) catgccggcGGCCATGGTCGCCGCCAATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCggg < 6:191596/88‑1 (MQ=37) aTGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCGCCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGATTCCGTTTgccgc > 1:248257/1‑149 (MQ=255) gccgccGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGATTCCGTTTGCCGCCaa < 3:139962/149‑1 (MQ=255) gccgccGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTGGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGATTCCGTTTGCCGCCaa < 6:193922/149‑1 (MQ=255) | ATGGGCACCACCAATGCCATCCTGCTGGGGCTGTTGCTGGGCGGCATGATGTGCGTCGACCTTGGCGGGCCGATCAACAAGGCCGCCTATGCGTTCTCGGTGGGGCTGCTGGCCTCGTCGAGCTACGCGCC‑AAT‑GGCGGCGACCATGGCCGCCGG‑CATGGT‑GCCGCCGATTGGCTTGGGTATTGCCACCTTCCTGGCCCGGCGCAAGTTCGCCCAGAGCGAGCGCGAGGCGGGCAAGGCGGCGCTGGCGCTGGGGCTGTGCTTCATCTCCGAGGGGGCGATTCCGTTTGCCGCCAA > NC_002947/914484‑914779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |