Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,035,095 | G→A | 8.7% | V378I (GTC→ATC) | PP_0892 → | phospholipase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,035,095 | 0 | G | A | 8.7% | 126.9 / 2.4 | 46 | V378I (GTC→ATC) | PP_0892 | phospholipase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/23); new base A (2/2); total (21/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 |
GACCCGCCGTTGACAGCGGCGGTGGTGGCCAGCTTCGAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTC > NC_002947/1034951‑1035241 | gACCCGCCGTTGACAGCGGCGGTGGTGGCCAGCTTCGAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTc < 6:235935/147‑1 (MQ=255) cccGCCGTTGACAGCGGCGGTGGTGGCCAGCTTCGAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACt > 3:351843/1‑149 (MQ=255) ttGACAGCGGCGGTGGTGGCCAGCTTCGAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGa < 2:324059/149‑1 (MQ=255) tggtggCCAGCTTCGAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGtgactga < 1:321280/149‑1 (MQ=255) gCCAGCTTCGAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCg > 4:313426/1‑149 (MQ=255) cAGCTTCGAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGc > 3:14618/1‑149 (MQ=255) gAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCTTAGGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATc < 1:103382/148‑1 (MQ=255) gAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGATCAACTTCCTCGAccgccg > 4:255060/1‑128 (MQ=255) gAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGATCAACTTCCTCGAccgccg > 8:42822/1‑128 (MQ=255) gAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGATCAACTTCCTCGAccgccg < 7:42822/128‑1 (MQ=255) gAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGATCAACTTCCTCGAccgccg < 3:255060/128‑1 (MQ=255) gcgACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGt > 7:11052/1‑149 (MQ=255) gcgACTTAGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGt > 3:288760/1‑149 (MQ=255) cgACTTCACCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGt > 5:84334/1‑148 (MQ=255) cGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTaa < 3:267838/149‑1 (MQ=255) gaagaaGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAAc < 6:84334/149‑1 (MQ=255) agTCGACCTCGCCCACTGGCATGCTCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGaa < 8:133975/148‑1 (MQ=255) agTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGaa < 2:286591/148‑1 (MQ=255) agTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAg < 4:351843/149‑1 (MQ=255) 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ccACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTc < 6:155768/82‑1 (MQ=255) aCTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGa > 7:101894/1‑115 (MQ=255) aCTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGa < 8:101894/115‑1 (MQ=255) aCTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATg < 3:238738/149‑1 (MQ=255) gcgcgcCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTca < 6:46287/114‑1 (MQ=255) gcgcgcCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTca > 5:46287/1‑114 (MQ=255) cgcgcCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCgaag < 3:313426/149‑1 (MQ=255) cccTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGaaaa < 4:14618/149‑1 (MQ=255) ttGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATtc > 5:143737/1‑149 (MQ=255) gcAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCtg > 1:128513/1‑149 (MQ=255) cAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTa > 6:335142/1‑149 (MQ=255) ggATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTc < 5:335142/149‑1 (MQ=255) t‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGaa < 8:202535/147‑1 (MQ=255) gggCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGaa < 1:264659/145‑1 (MQ=255) ggctggctCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATAGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACt > 6:362471/1‑136 (MQ=255) ggctggctCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCCTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACt < 5:362471/136‑1 (MQ=255) ctggctCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTAc > 3:121468/1‑148 (MQ=255) gctCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCtggtgg > 2:1061/1‑125 (MQ=255) gctCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCtggtgg < 1:1061/125‑1 (MQ=255) cGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGa > 4:248768/1‑149 (MQ=255) ggCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGAGAGATGACGGCGAAGAAAAATCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGtt > 8:284169/1‑148 (MQ=255) gtCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTc > 3:162685/1‑147 (MQ=255) | GACCCGCCGTTGACAGCGGCGGTGGTGGCCAGCTTCGAGCGCGACTTCGCCCAGAGCGAAGAAGTCGACCTCGCCCACTGGCATGCGCGCCCTTGGTGGCGCAGGGTGAAGCAACGGATCT‑‑GGGGCTGGCTCGATCGGCTGGTGGTCAACTTCCTCGACCGCCGTGACTGACAGCGGCTATCGTGCAGTGACTATTCACAGTTAACCGAAGGAGTGGGCGAGATGACGGCGAAGAAAATTCTCATGCTGGTGGGCGACTACGTCGAAGATTACGAAGCGATGGTGCCGTTC > NC_002947/1034951‑1035241 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |