| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,070,147 | G→A | 7.0% | A437T (GCT→ACT) | aroP‑I → | aromatic amino acid transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,070,147 | 0 | G | A | 7.0% | 165.8 / 2.1 | 57 | A437T (GCT→ACT) | aroP‑I | aromatic amino acid transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/27); new base A (2/2); total (28/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 | |||||||||||
GCCGCCGGGATCACCCCCTTCTACAAAAGCCTGGGGCACCCGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGT‑‑GATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGATG > NC_002947/1070003‑1070288 | gccgccGGGATCACCCCCTTCTACAAAAGCCTGGGGCACCCGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCgct < 2:310750/147‑1 (MQ=255) ggATCACCCCCTTCTACAAAAGCCTGGGGCACCCGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCACTGTGCTgtgg < 6:286722/149‑1 (MQ=255) ccTTCTACAAAAGCCTGGGGCACCCGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCttt > 3:163967/1‑148 (MQ=255) cTTCTACAAAAGCCTGGGGCACCCGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCa < 6:134909/149‑1 (MQ=255) cTACAAAAGCCTGGGGCACCCGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCaa < 5:96484/147‑1 (MQ=255) cAAAAGCCTGGGGCACCCGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTg < 4:163967/148‑1 (MQ=255) aaaaGCCTGGGGCACCCGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTg > 3:149152/1‑147 (MQ=255) ccTGGGGCACCCGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCgctgtgctgt > 1:306799/1‑125 (MQ=255) ccTGGGGCACCCGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCgctgtgctgt < 2:306799/125‑1 (MQ=255) ggCACCCGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGc > 5:56859/1‑149 (MQ=255) cGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGc > 3:270455/1‑148 (MQ=255) aCCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAggg < 7:126341/149‑1 (MQ=255) cAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTga < 5:301042/125‑1 (MQ=255) cAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATACGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTga > 6:301042/1‑125 (MQ=255) cTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGAt > 7:242679/1‑149 (MQ=255) cTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTgaaga < 4:257732/121‑1 (MQ=255) cTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTgaaga > 3:257732/1‑121 (MQ=255) tgCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGt < 4:149152/147‑1 (MQ=255) gCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGt < 6:56859/149‑1 (MQ=255) gTTCATCGTGCTGATCCAGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGAATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCATGGGCGGATCGGGTTTGTTAGt > 2:207102/1‑147 (MQ=255) gATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAg > 7:294195/1‑91 (MQ=255) gATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAg < 8:294195/91‑1 (MQ=255) aTCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGt > 5:278185/1‑148 (MQ=255) ccTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTa < 4:270455/148‑1 (MQ=255) cttgTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCTGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGTCTCGCCATGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAg < 2:197874/145‑1 (MQ=255) aTGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGt < 6:267352/114‑1 (MQ=255) aTGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGt > 5:267352/1‑114 (MQ=255) tccTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCg > 8:186538/2‑142 (MQ=255) tccTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCg < 7:186538/141‑1 (MQ=255) aCCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCg > 3:328236/1‑142 (MQ=255) aCCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCg < 4:328236/142‑1 (MQ=255) cTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGAAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGCGCTGATCGGGTTTGTACGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCtgt > 7:69094/1‑148 (MQ=255) tGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGCTTTCATCGCCtgt > 4:256415/1‑147 (MQ=255) gccgccGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCACTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCtgt > 7:141222/1‑143 (MQ=255) ccgccgATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCtgt < 3:114760/142‑1 (MQ=255) ccgccgATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTAAGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCtgt > 4:114760/1‑142 (MQ=255) gccgATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGT‑‑Gagatcgag > 6:161880/1‑142 (MQ=255) gATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAgcgc > 4:1747/1‑149 (MQ=255) aTTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGcgcc < 8:242679/149‑1 (MQ=255) cGCATCTCGGTAATGCTGATCGCGGCTTGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑CGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGGCAGGCCTAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGcgccgc < 8:69094/148‑1 (MQ=255) gCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGcc < 6:95423/72‑1 (MQ=255) gCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGcc > 5:95423/1‑72 (MQ=255) gCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGCGCcgcgc < 6:278185/149‑1 (MQ=255) cATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGTAGGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGcgccgccc > 1:253944/1‑147 (MQ=255) tctcGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCACTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcggg > 7:212820/1‑149 (MQ=255) tcGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGcgcc > 4:324456/1‑140 (MQ=255) tcGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGcgcc < 3:324456/140‑1 (MQ=255) tcGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCgcgggcg > 3:198999/1‑149 (MQ=255) cGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGT‑‑Ga > 4:27093/1‑128 (MQ=255) cGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGT‑‑Ga < 3:27093/128‑1 (MQ=255) aTGCTGATCCCGGCATGGATCACTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCt < 8:141222/148‑1 (MQ=255) aTGCTGATCCCCGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAACGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCTTTAGGCTTTCATCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTc < 6:84013/149‑1 (MQ=25) tGCTTATCCCGGCATGGATCGGTGTTCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGACGGCTCGCCAGGGCAAGGGCTTATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCg < 1:207102/149‑1 (MQ=37) tGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCg < 2:253944/149‑1 (MQ=38) tGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGCTTTCATCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCg < 3:256415/149‑1 (MQ=37) tCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCgg < 4:325197/107‑1 (MQ=255) tCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCgg > 3:325197/1‑107 (MQ=255) gATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTc > 4:182161/1‑132 (MQ=255) gATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTc < 3:182161/132‑1 (MQ=255) gATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGATg > 2:53297/1‑148 (MQ=255) | GCCGCCGGGATCACCCCCTTCTACAAAAGCCTGGGGCACCCGCTGACCAACTACCTGTGCCTGGCGTTCATCGTGCTGATCCTGGTAGTGATGTACCTGACGCCGCCGATTCGCATCTCGGTAATGCTGATCCCGGCATGGATCGCTGTGCTGTGGGT‑GGCTTTCAAGCTGAAGAAGGCTCGCCAGGCCAAGGGCTGATCGGGTTTGTTCGTAAGGGGTATGCCGTTAGGTTTTCGGCGCCTGT‑‑GATCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTCACAGGCGATG > NC_002947/1070003‑1070288 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |