Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,098,297 | G→A | 9.7% | G94G (GGC→GGT) | kdsC ← | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,098,297 | 0 | G | A | 9.7% | 111.6 / 2.5 | 41 | G94G (GGC→GGT) | kdsC | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/18); new base A (2/2); total (21/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.14e-01 |
GCGTGCTGGCGTACGAACGGTGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCATGAGCATCTTGATGCCCTGG > NC_002947/1098163‑1098444 | gCGTGCTGGCGTACGAACGGTGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGcaccac < 6:148150/149‑1 (MQ=255) gCGTACGAACGGTGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGt < 8:153423/149‑1 (MQ=255) tACGAACGGTGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGtcct < 5:261747/149‑1 (MQ=255) cGAACGGTGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGtcctc < 4:103089/148‑1 (MQ=255) gTGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCt > 7:265530/1‑149 (MQ=255) tGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCtt > 5:17009/1‑149 (MQ=255) tACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGAACCACCAATT‑TCTCCTCACGGCCTTGGTAGAGGTGCg > 8:310852/1‑149 (MQ=255) aCGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCgg > 2:240148/1‑149 (MQ=255) ccATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATa > 8:22629/1‑149 (MQ=255) ccAGATCCAACCGGCGAATCACCGGCATGTCGGGGATGTCGTCGCCCAGGTAAGCCAATTGATCATAGCTTTCGCCCACTTCGGCGATCATGGCGTCAAGGACCACCAATTGTGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGa < 1:240148/148‑1 (MQ=255) cAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGt < 8:273382/149‑1 (MQ=255) cAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGt > 5:135616/1‑149 (MQ=255) gagCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTc < 7:163200/149‑1 (MQ=255) gCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGc < 7:22629/149‑1 (MQ=255) aTCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTc < 6:336530/149‑1 (MQ=255) tCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTg > 3:207249/1‑109 (MQ=255) tCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTg < 4:207249/109‑1 (MQ=255) ccGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGAc > 2:186487/1‑148 (MQ=255) gcaggtcgggcaggtcgTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACg > 6:344585/1‑149 (MQ=255) gtcgtcGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGcc > 4:154395/1‑149 (MQ=255) cccAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCtgat < 1:186487/149‑1 (MQ=255) tAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATcgc < 8:265530/149‑1 (MQ=255) aGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATcgcg < 6:17009/148‑1 (MQ=255) cACTTGATCATAGCTTAGTCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGTATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGc < 8:258859/134‑1 (MQ=255) cACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGc > 7:258859/1‑134 (MQ=255) ttGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCa > 8:120448/1‑149 (MQ=255) cATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGACCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCg < 4:200978/97‑1 (MQ=255) cATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGACCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCg > 3:200978/1‑97 (MQ=255) tAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGGGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGccc > 2:176024/1‑147 (MQ=255) aGGCCCAGTTCGGCGAGCAGACCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCAt > 2:251287/1‑149 (MQ=255) gCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCAt > 5:327709/1‑147 (MQ=255) gCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCAt > 1:21919/1‑147 (MQ=255) gCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCCCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCtga > 5:341319/1‑119 (MQ=255) gCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCCCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCtga < 6:341319/119‑1 (MQ=255) ccAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCATGAGc < 3:154395/149‑1 (MQ=255) ttCGGCGAGCAGACCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCATGAGCATCt < 1:251287/149‑1 (MQ=255) cGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCATGAGCATCtt < 6:135616/148‑1 (MQ=255) ggCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCATGAGCATCTTGa < 7:120448/149‑1 (MQ=255) cGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCATGAGCATCTTGATg > 2:125569/1‑149 (MQ=255) gAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCATGAGCATCTTGATGc > 6:132410/1‑149 (MQ=255) gAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCATGAGCATCTTGATGc > 8:77635/1‑149 (MQ=255) ggCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGTATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCATGAGCATCTTGATGCCCTgg < 1:125569/149‑1 (MQ=255) | GCGTGCTGGCGTACGAACGGTGCGGCGTTGGCTACGGCCATGCCCAGAGCCACCCGGCGAATCACCGGCAGGTCGGGCAGGTCGTCGCCCAGGTAAGCCACTTGATCATAGCTTAGGCCCAGTTCGGCGAGCAGGCCGTCAAGCACCACCAATT‑TGTCCTCCCGGCCTTGGTAGAGGTGCGGGATACCGAGGTTCCTGGCCCGGCGTTCGACCACGGGGGTCTTGCGCCCGCTGATGATCGCGGTGGTCACGCCCGAGGCCATGAGCATCTTGATGCCCTGG > NC_002947/1098163‑1098444 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |