Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,171,338 | C→T | 8.5% | R111H (CGC→CAC) | PP_1026 ← | M23/M37 family peptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,171,338 | 0 | C | T | 8.5% | 131.9 / 2.2 | 47 | R111H (CGC→CAC) | PP_1026 | M23/M37 family peptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/23); new base T (2/2); total (22/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 |
GCCGAACTTGCTCGACAGCGGGCCGTTGACCGGCTTGTCGAGAACCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCGGGCTTCTGGGTCAGCGGGATGCCGACGATGGCCAGCCAGTTGTCCT > NC_002947/1171190‑1171479 | gCCGAACTTGCTCGACAGCGGGCCGTTGACCGGCTTGTCGAGAACCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGgc > 4:165315/1‑149 (MQ=255) cGAACTTGCTCGACAGCGGGCCGTTGACCGGCTTGTCGAGAACCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGgcgc < 7:214345/149‑1 (MQ=255) gACAGCGGGCCGTTGACCGGCTTGTCGAGAACCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAg > 5:241619/1‑149 (MQ=255) aCAGCGGGCCGTTGACCGGCTTGTCGAGAACCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAgg > 2:39967/1‑149 (MQ=255) cGGGCCGTTGACCGGCTTGTCGAGAACCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGa < 1:39967/149‑1 (MQ=255) gagaACCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGTGCGTGTTCTTCAggg < 4:62255/125‑1 (MQ=255) gagaACCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGTGCGTGTTCTTCAggg > 3:62255/1‑125 (MQ=255) gagaACCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTActtct > 6:111981/1‑149 (MQ=255) gaACCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTtg < 3:165315/149‑1 (MQ=255) aCCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTtgct > 7:231583/1‑149 (MQ=255) aCCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTtgct < 7:300878/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAggg > 6:217791/1‑128 (MQ=255) tCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAggg < 5:217791/128‑1 (MQ=255) gTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAgg > 3:70765/1‑147 (MQ=255) gggCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGt < 2:119704/149‑1 (MQ=255) gggCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGt < 6:50792/149‑1 (MQ=255) gCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGt < 3:252155/147‑1 (MQ=255) gCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGt > 4:252155/1‑147 (MQ=255) cTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAgg > 8:200106/1‑144 (MQ=255) cTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAgg < 7:200106/144‑1 (MQ=255) tGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTgcgc > 5:184490/1‑149 (MQ=255) tGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGcgcccgc < 3:151988/147‑1 (MQ=255) tGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGcgcccgc > 4:151988/1‑147 (MQ=255) ggTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTgg < 1:177335/149‑1 (MQ=255) gTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGt < 4:70765/149‑1 (MQ=255) tAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGtt < 7:56818/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCa < 5:111981/149‑1 (MQ=255) gCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCgctg > 1:116733/1‑92 (MQ=255) gCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCgctg < 2:116733/92‑1 (MQ=255) ccTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATgc > 8:234421/1‑87 (MQ=255) ccTTGAGCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATgc < 7:234421/87‑1 (MQ=255) tGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGt > 5:87000/1‑149 (MQ=255) cTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGc > 7:67802/1‑149 (MQ=255) ggCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCg < 8:231583/148‑1 (MQ=255) cAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCGGGCt < 6:184490/149‑1 (MQ=255) cgcgCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGCGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCGGGCTTCTgg < 6:241619/149‑1 (MQ=255) gcgcTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCgg < 5:323714/140‑1 (MQ=255) gcgcTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCgg > 6:323714/1‑140 (MQ=255) tttGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCGGGCTTCTGGGTCAGCGGGATGc > 4:110279/1‑149 (MQ=255) aGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGTGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGt < 7:37369/75‑1 (MQ=255) aGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGTGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGt > 8:37369/1‑75 (MQ=255) ggTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTtgctgc > 6:14778/1‑72 (MQ=255) ggTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTtgctgc < 5:14778/72‑1 (MQ=255) ggCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCGGGCTTCTgg < 2:284586/127‑1 (MQ=255) ggCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCGGGCTTCTgg > 1:284586/1‑127 (MQ=255) ggCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCGGGCTTCTGGGTCAGCGGGATGCCGACGATg < 3:110279/148‑1 (MQ=255) ccGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCGGGCTTCTGGGTCAGCGGGATGCCGACGATGgc > 1:158935/1‑148 (MQ=255) gACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAACCGCAGGGGGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCGGGCTTCTGGGTCAGCGGGATGCCGACGATGGCCAGCCAGTTGTcc < 4:203662/148‑1 (MQ=255) gACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCGGGCTTCTGGGTCAGCGGGATGCCGACGATGGCCAGCCAGTTGTCCt > 6:134967/1‑149 (MQ=255) gcgcGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAg < 6:245393/59‑1 (MQ=255) gcgcGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAg > 5:245393/1‑59 (MQ=255) | GCCGAACTTGCTCGACAGCGGGCCGTTGACCGGCTTGTCGAGAACCAGGTTGCTCGGCAGGTTCGGGCTGAAGCTGCGGTAGGCCTTGATCTGCTCGGCCAGCTCGCGCTCGATGCGTTTGAGGTCGGCCGGGTTCGGGTTGACCTGGCGCGTGTTCTTCAGGGTGATGCGCTGCTCAGGGTACTTCTTGCTGCGTACGCTGAAAGGCAGGGTGCGCCCGCCCTGGTTCAGCACTGCGGTGCCGGGCTTCTGGGTCAGCGGGATGCCGACGATGGCCAGCCAGTTGTCCT > NC_002947/1171190‑1171479 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |