Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,191,971 | T→A | 8.6% | N560I (AAC→ATC) | upxB ← | phosphatase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,191,971 | 0 | T | A | 8.6% | 126.7 / 2.1 | 46 | N560I (AAC→ATC) | upxB | phosphatase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/19); new base A (2/2); total (25/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTGCCGCTGGCATCCACCAGGTCGGTAGGGATCACCGCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGATGTGGCCGTGGCGGTTCGGGCCGCGTGGGTT > NC_002947/1191824‑1192116 | ttGCCGCTGGCATCCACCAGGTCGGTAGGGATCACCGCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGtt < 2:10628/149‑1 (MQ=255) cGCTGGCATCCACCAGGTCGGTAGGGATCACCGCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCTGGGGCGAACTGGtt > 1:123121/1‑147 (MQ=255) gCATCCACCAGGTCGGTAGGGATCACCGCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCTGGGCT‑‑GGCGAACTGAACCAGTTCgc < 6:349046/148‑2 (MQ=255) aTCCACCAGGTCGGTAGGGATCACCGCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGt > 6:80784/1‑147 (MQ=255) accaGGTCGGTAGGGATCACCGCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTAGGTCAAGGTGGTTTCGACGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGATCAGTTCGGTCAGGcc > 6:122335/1‑149 (MQ=255) aGGTCGGTAGGGATCACCGCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGa < 5:80784/149‑1 (MQ=255) ggATCACCGGCTGCTGCTGGTCGTTGTTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCTGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGAt < 6:356146/148‑1 (MQ=255) gATCACCGCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACAGGTTCAGTTCGGTCAAGCAGGAGCGGTTGAt > 3:263057/1‑147 (MQ=255) gATCACCGCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTAGCGAAGCTCATCCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTCGTTCAGGTCGGTCAGGCCGGAGCGGATGATGt > 5:36459/1‑149 (MQ=255) tCACCGCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAg > 8:122146/1‑137 (MQ=255) tCACCGCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAg < 7:122146/137‑1 (MQ=255) gCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTAGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTATCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGt > 2:175014/1‑149 (MQ=255) cagcagCTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGc < 1:175014/149‑1 (MQ=255) gcTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGGTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCa < 6:189511/149‑1 (MQ=255) cTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGa < 6:369607/123‑1 (MQ=255) cTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGa > 5:369607/1‑123 (MQ=255) gTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGaa > 2:315351/1‑149 (MQ=255) ggtTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTcc > 4:54414/1‑148 (MQ=255) gtTTAGCCGTTGTAGGGATCGAACCAGAGCACGCCTCGTCTATCGAAGCTCATGCCGGCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCa < 6:36459/149‑1 (MQ=255) ccGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTaaa < 6:364638/149‑1 (MQ=255) gTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGTTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGACGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTg > 5:256976/1‑149 (MQ=255) tctcGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAg < 5:115359/134‑1 (MQ=255) tctcGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAg > 6:115359/1‑134 (MQ=255) tctcGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTgg > 2:155877/1‑149 (MQ=255) ccACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGAt < 8:128576/81‑1 (MQ=255) ccACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGAt > 7:128576/1‑81 (MQ=255) cACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGt < 2:123121/149‑1 (MQ=255) cACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGACGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCACCGTTGGCGCCGAAAACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGt > 3:251470/1‑149 (MQ=255) cGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGc < 1:315351/149‑1 (MQ=255) ccTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTg > 1:104330/1‑131 (MQ=255) ccTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTg < 2:104330/131‑1 (MQ=255) gAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGAtgt < 3:54414/149‑1 (MQ=255) tCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGATGTGGCCg > 4:51089/1‑149 (MQ=255) cATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCg < 3:239126/127‑1 (MQ=255) cATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCg > 4:239126/1‑127 (MQ=255) aTGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGATGTGGCCGTg > 3:121995/1‑149 (MQ=255) ccGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGATGTGGCCGTGGCg > 3:351309/1‑149 (MQ=255) ccGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGATGTGGCCGTGGCg > 7:7689/1‑149 (MQ=255) cGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACg < 6:222922/83‑1 (MQ=255) cGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACg > 5:222922/1‑83 (MQ=255) ggggCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGATGTGGCCGTGGCGGTTCg > 6:96800/1‑149 (MQ=255) gCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGATGTGGCCGTGGCGGTTCGGGc < 1:155877/149‑1 (MQ=255) tgaccGAACTGAACCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGATGTGGCCGTGGCGGTTCg > 8:138054/5‑145 (MQ=255) tgaccGAACTGAACCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGATGTGGCCGTGGCGGTTCg < 7:138054/141‑1 (MQ=255) gCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGATGTGGCCGTGGCGGTTCGGGCcgcg > 1:317493/1‑149 (MQ=255) gTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGAtgtg < 1:40057/120‑1 (MQ=255) gTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGAtgtg > 2:40057/1‑120 (MQ=255) gTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGATGTGGCCGTGGCGGTTCGGGCCGCGTGGGtt < 4:351309/147‑1 (MQ=255) | TTGCCGCTGGCATCCACCAGGTCGGTAGGGATCACCGCCAGCAGCTGGTCGTTGGTGTAGTCGGTCAAGGTGGTTTCGCCGTTGTCGGTCTCGAACCACAGCACGCCTCGGCTATCGAAGCTCATGCCGTCGGGGCT‑‑GGCGAACTGGTTCAGTTCGGTCAGGCCGGAGCGGTTGATGTCGGCGGTGCCGGCAGCGTTGGCGCCGAACACGAAGATGTCCCAGGTAAAGCTCAGCTGGTCGTCGCTGTCGTGCCAGCGAATGATGTGGCCGTGGCGGTTCGGGCCGCGTGGGTT > NC_002947/1191824‑1192116 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |