Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,207,675 | T→C | 6.6% | Q442Q (CAA→CAG) | PP_1058 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,207,675 | 0 | T | C | 6.6% | 173.6 / 2.4 | 61 | Q442Q (CAA→CAG) | PP_1058 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/28); new base C (2/2); total (30/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 |
AGCCATCGGCGGTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTGCGC > NC_002947/1207530‑1207818 | aGCCATCGGCGGTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGc < 2:70613/149‑1 (MQ=255) cATCGGCGGTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAACTGCAgg > 7:27246/1‑149 (MQ=255) ggcggTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCgg > 2:338163/1‑149 (MQ=255) gcggTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGc < 8:145900/149‑1 (MQ=255) gcggTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAACTGCAGGttagc < 8:27246/149‑5 (MQ=255) cggTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGcc > 2:26351/1‑149 (MQ=255) ggTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCt < 1:26351/149‑1 (MQ=255) ggTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCt < 2:263861/149‑1 (MQ=255) ttCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCCGACCTGCAACTGCAGGttagcc < 8:287447/142‑6 (MQ=255) ttCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCCGACCTGCAACTGCAGGttagcc > 7:287447/1‑137 (MQ=255) aCAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtg > 5:156945/1‑149 (MQ=255) aCAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtg < 1:338163/149‑1 (MQ=255) aCAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTCCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtg < 1:203752/149‑1 (MQ=255) ggTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGTTGGTCTTGGCATTGAGCAGCGGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAAATCAGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTTGCTAACCTGCAGTTGCAGGTAGGCCTGCAAGGTACtggtg < 5:357223/148‑1 (MQ=255) ggTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtggtgg < 7:79953/149‑1 (MQ=255) tGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCt > 5:83583/1‑149 (MQ=255) gCTGTAGCTCACCTGGTCGGAGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGCGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGCCGCCCTCCaactgca > 8:245917/1‑132 (MQ=255) gCTGGAGCTCACCTGGTCGGTCGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGGTGCAGGCCGACCTGCaactgca < 7:245917/137‑6 (MQ=255) gTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGt > 3:174678/1‑149 (MQ=255) gCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTc > 3:195974/1‑147 (MQ=255) gCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTc > 4:56962/1‑147 (MQ=255) gCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCg < 4:59058/148‑1 (MQ=255) tCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTAc < 7:97785/129‑1 (MQ=255) tCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTAc > 8:97785/1‑129 (MQ=255) aCCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtggtg > 8:121087/1‑132 (MQ=255) aCCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtggtg < 7:121087/132‑1 (MQ=255) tCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAg < 2:264955/149‑1 (MQ=255) gtCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAg < 4:264997/143‑1 (MQ=255) gtCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAg > 3:264997/1‑143 (MQ=255) gtCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTa < 6:156945/149‑1 (MQ=255) tCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTa > 1:72283/1‑148 (MQ=255) gTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGc > 3:241132/1‑148 (MQ=255) gAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGa < 4:195974/148‑1 (MQ=255) agcagcCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGAtt < 4:241132/149‑1 (MQ=255) gCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTATCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCGGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATg > 6:302887/1‑149 (MQ=255) ccGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGa < 4:174678/149‑1 (MQ=255) gCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtggtg < 6:120694/88‑1 (MQ=255) gCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACtggtg > 5:120694/1‑88 (MQ=255) gCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCg > 3:218815/1‑126 (MQ=255) gCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCg < 4:218815/126‑1 (MQ=255) tCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACa > 7:311287/1‑138 (MQ=255) tCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACa < 8:311287/138‑1 (MQ=255) tgCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTgcgc < 2:72283/145‑1 (MQ=255) tgCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTGTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGGATGGCCGACAGGCGGGTGCGCGcc < 1:2573/148‑1 (MQ=255) ggCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTgg < 6:83583/149‑1 (MQ=255) gCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTgg > 7:108991/1‑148 (MQ=255) cAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGt > 4:260576/1‑120 (MQ=255) cAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGt < 3:260576/120‑1 (MQ=255) ttttCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATc > 2:291211/1‑149 (MQ=255) tttCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCGGACAGGTCGAGGCGGTGGAGGTCGTACTGCGGGCGATTGAGGATGGCCGACCGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGAGGGCGTGGGTGGGAATGATCg > 4:93280/1‑149 (MQ=255) aGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTa < 3:93280/148‑1 (MQ=255) ggCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTc > 7:200461/1‑149 (MQ=255) gCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGTAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCg > 4:72283/1‑149 (MQ=255) gCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTc < 6:186192/66‑1 (MQ=255) gCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTc > 5:186192/1‑66 (MQ=255) tAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGCTCGAGGCGGTCGACGTGGTACAGCGGGCGATTCAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGc > 1:177294/1‑111 (MQ=255) cTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGAt > 6:343249/1‑138 (MQ=255) cTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGAt < 5:343249/138‑1 (MQ=255) tGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTgcgc > 5:116198/1‑149 (MQ=255) gCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGt < 1:92811/121‑1 (MQ=255) gCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGt > 2:92811/1‑121 (MQ=255) | AGCCATCGGCGGTGCGTTCGAACAAGGTGAAGCTGTAGCTCACCTGGTCGGTGGTCTTGGCAGTGAGCAGCCGCTCGCCGATCAGGCCGATCTGTGCGGCAAACTCCGGGTCGGCAAGGTTTTTCAGGTACTGGCTAACCTGCAGTTGCAGGTCGGCCTGCAAGGTACTGGTGGCTGACAGGTCGAGGCGGTCGAGGTCGTACAGCGGGCGATTGAGCATGGCCGACAGGCGGTTGCGCGCCAGGCTGATGCCCTTGTTGGTAATGATCGGTACGATGGTCGGCTGCGC > NC_002947/1207530‑1207818 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |