| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,249,753 | A→T | 7.7% | intergenic (+26/+45) | bvgA → / ← PP_1091 | virulence factors transcription regulator BvgA/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,249,753 | 0 | A | T | 7.7% | 217.6 / 5.0 | 74 | intergenic (+26/+45) | bvgA/PP_1091 | virulence factors transcription regulator BvgA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/28); new base T (3/3); total (43/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTTCA > NC_002947/1249608‑1249900 | gACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTccagccag > 2:195625/1‑147 (MQ=255)gACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCagga < 1:195625/149‑1 (MQ=255) cATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCaggag > 4:54860/1‑145 (MQ=255) cATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCaggag < 3:54860/145‑1 (MQ=255) tGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTg < 6:276244/149‑1 (MQ=255) tACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCTACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTAAAGCCTCCTGGCTGGAGGCttcaa < 7:297474/148‑4 (MQ=255) ccTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAg < 1:133789/149‑1 (MQ=255) cTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAgg > 4:61604/1‑149 (MQ=255) aCAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCg > 3:324452/1‑149 (MQ=255) gTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCa > 8:329749/1‑149 (MQ=255) gTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCa > 5:127756/1‑149 (MQ=255) gTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCa > 8:334428/1‑149 (MQ=255) aCGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACt > 7:83152/1‑148 (MQ=255) ctgctgctCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAgg < 3:61604/149‑1 (MQ=255) ctgctgctCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAgg < 7:334428/149‑1 (MQ=255) ctgctgctCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAgg < 7:329749/149‑1 (MQ=255) tgctgctCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGt > 1:221401/1‑149 (MQ=255) gctgctCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTg < 4:264575/106‑1 (MQ=255) gctgctCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTg > 3:264575/1‑106 (MQ=255) ctgctCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGt < 8:83152/147‑1 (MQ=255) 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aagctcaaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAAt < 7:95397/147‑1 (MQ=255) aagctcaaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATc > 7:176727/1‑148 (MQ=255) aagctcaaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATc > 8:192898/1‑148 (MQ=255) gctcaaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGaa < 1:73964/149‑1 (MQ=255) gctcaaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGa > 2:257059/1‑148 (MQ=255) caaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATc > 4:91307/1‑149 (MQ=255) aaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAAt < 4:324452/147‑1 (MQ=255) aaTGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCg > 5:269386/1‑149 (MQ=255) gCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCggtc > 2:274262/1‑147 (MQ=255) cACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTcc < 4:98559/105‑1 (MQ=255) cACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTcc > 3:98559/1‑105 (MQ=255) ggTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCaaat > 3:96550/1‑147 (MQ=255) ggTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACt > 6:355378/1‑149 (MQ=255) ggTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACt > 6:174990/1‑149 (MQ=255) cATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCt > 4:10316/1‑149 (MQ=255) gTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTg < 3:91307/148‑1 (MQ=255) gTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTg > 4:151262/1‑148 (MQ=255) ttGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCa < 6:19171/149‑1 (MQ=255) ccTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCgg > 1:133381/1‑130 (MQ=255) ccTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCgg < 2:133381/130‑1 (MQ=255) ccTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGgcg < 5:355378/149‑1 (MQ=255) cTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGgcgc > 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cagccagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGa < 8:74663/148‑1 (MQ=255) agccagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGAtt > 4:158179/1‑149 (MQ=255) gccagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGAttt < 6:309742/149‑1 (MQ=255) ccagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGCttt > 8:243414/1‑148 (MQ=255) cagGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTTCa < 3:350045/149‑1 (MQ=255) | GACAGCATGTACCTCAGTAACAAGACGGTCAGTACCTACAAGTCACGGCTGCTGCTCAAGCTCAATGCACGGTCATTGGTTGACCTGATCGAGCTGGCGCAACGGCAAGGTCTGAACTGATCGCCAAGCCTTGAAGCCTCCAGCCAGGAGGCTTTGCCAGGGCTATCGGTCCATGACTACGGGACCCGCACTACAGGTCGTAATCGAAATCGGCCAACTGCTTCTGCAGGCGCCGTTCTTCCAGCATGTTGTCGATGGTGCGACGTTTGCTCAGGTTGGTCTTTGCGATTTCA > NC_002947/1249608‑1249900 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |