Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,366,966 | G→A | 9.1% | A114A (GCC→GCT) | PP_1192 ← | GNAT family acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,366,966 | 0 | G | A | 9.1% | 120.4 / 2.4 | 44 | A114A (GCC→GCT) | PP_1192 | GNAT family acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/19); new base A (2/2); total (23/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.60e-01 |
AAGGCACTGTGCGCATCAGCCTCATGTGCAGCAGAGGATAGGGCTGGCCCAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGCGAAACCACAGATGCGCTGGCGGTCCTTGCAGCAGACCAGCA > NC_002947/1366821‑1367114 | aaGGCACTGTGCGCATCAGCCTCATGTGCAGCAGAGGATAGGGCTGGCCCAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCCGCGCTGTCGGGTTCTGGTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCa > 8:87881/1‑149 (MQ=255) aaGGCACTGTGCGCATCAGCCTCATGTGCAGCAGAGGATAGGGCTGGCCCAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCg < 4:288110/146‑1 (MQ=255) aaGGCACTGTGCGCATCAGCCTCATGTGCAGCAGAGGATAGGGCTGGCCCAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCg > 3:288110/1‑146 (MQ=255) tgCGCATCAGCCTCATGTGCAGCAGAGGATAGGGCTGGCCCAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGtt < 7:87881/147‑1 (MQ=255) ccTCATGTGCAGCAGAGGATAGGGCTGGCCCAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCa > 1:83382/1‑148 (MQ=255) tgCAGCAGAGGATAGGGCTGGCCCAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCgca < 6:7422/148‑1 (MQ=255) cagAGGATAGGGCTGGCCCAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGgc > 6:5800/1‑149 (MQ=255) ggCTGGCCCAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTc < 4:162896/111‑1 (MQ=255) cccAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCGGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTg < 4:61066/149‑1 (MQ=255) ccAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTg > 2:161176/1‑148 (MQ=255) ccAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTg < 1:161176/148‑1 (MQ=255) gCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCAc < 5:5800/149‑1 (MQ=255) gTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGc > 5:144285/1‑148 (MQ=255) gCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGcgacg > 8:220901/1‑148 (MQ=255) ccGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGTGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGaa > 4:82505/1‑149 (MQ=255) tAAACTCGAAACCTTCATTCAGTTAGAACCCCAGCGGTTTCGGGTTCTGCTCGTTTACCGCAACGTACTCGGCATTCATTTCGCTGATGGCATATCGCAGCAGGCGCTTTCCTACCCCTTGGCCCCGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGc < 7:220901/149‑1 (MQ=255) ccTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATg > 8:51132/1‑149 (MQ=255) cGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTg > 3:137757/1‑104 (MQ=255) cGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTg < 4:137757/104‑1 (MQ=255) aaaCCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGATGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCAc < 6:210979/149‑1 (MQ=255) aaaCCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCAc > 7:155984/1‑149 (MQ=255) cATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCAcccgcc < 2:83382/147‑1 (MQ=255) tGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGtt < 2:78070/149‑1 (MQ=255) gCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACa > 4:212610/1‑129 (MQ=255) gCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCAGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCa > 4:164969/1‑132 (MQ=255) gCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCAGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCa < 3:164969/132‑1 (MQ=255) aGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGc > 1:46375/1‑149 (MQ=255) aGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGaca > 5:365551/1‑149 (MQ=255) gAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGacgc > 4:44687/1‑147 (MQ=255) gCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGATCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCAACGGTAGACAGGTGCGACGAACAGCATGACCACCAGCCCGTAGCCGACAACgg > 3:267333/1‑149 (MQ=255) cccAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGc < 6:144285/149‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGc > 7:19746/1‑148 (MQ=255) cAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCAGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTgg < 5:188875/137‑1 (MQ=255) cAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCAGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTgg > 6:188875/1‑137 (MQ=255) tCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGCGAAACcac < 7:51132/147‑1 (MQ=255) gCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGCGAAACCACAGATGCGCTgg > 7:338704/1‑149 (MQ=255) gTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGCGAAACCACAGATGCGCTGGCg < 8:155984/147‑1 (MQ=255) ttGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACGCCGGCGAAACCACAGATGCGCTGGCGGTc < 3:44687/149‑1 (MQ=255) gTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGCGa < 2:33703/122‑1 (MQ=255) gTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATCGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGCGa > 1:33703/1‑122 (MQ=255) tCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCAc > 4:5435/1‑98 (MQ=255) tCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCAc < 3:5435/98‑1 (MQ=255) aaGGTACTAGGGATTCAGTTCGCTGATGGGATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTAGCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGCGAAACCACAGATGCGCTGGCGGTCCTTgcag < 4:267333/148‑1 (MQ=255) tCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGCGaaa < 6:341445/114‑1 (MQ=255) tCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGCGaaa > 5:341445/1‑114 (MQ=255) tCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGCGAAACCACAGATGCGCTGGCGGTCCTTGCAGCAGACCAg > 1:291972/1‑149 (MQ=255) ggCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGCGAAACCACAGATGCGCTGGCGGTCCTTGCAGCAGACCAGCa > 8:155848/1‑149 (MQ=255) | AAGGCACTGTGCGCATCAGCCTCATGTGCAGCAGAGGATAGGGCTGGCCCAGGCCGTCGGTTTCCGAACGGCCGATAACCTCGAAACCTTCATGCAGGTAGAAGCCCAGCGCTTTCGGGTTCTGCTCGTTGACGTCAAGGTACTCGGCATTCAGTTCGCTGATGGCATAGCGCAGCAGGCGCTTGCCTACCCCTTGGCCACGGTAGCCAGGTGCGACGAACAGCATGTCCACCCGCCCGTTGGCGACACCGGCGAAACCACAGATGCGCTGGCGGTCCTTGCAGCAGACCAGCA > NC_002947/1366821‑1367114 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |