Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,531,495 | C→T | 8.3% | W127* (TGG→TGA) | PP_1344 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,531,495 | 0 | C | T | 8.3% | 134.7 / 2.7 | 48 | W127* (TGG→TGA) | PP_1344 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/24); new base T (2/2); total (22/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 |
TGTTCGAAAGCTCGGCCGCATGCCCGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCCAGCAGGCGCTGCAAGTGCTCCAGGCGCTCGGCCTGGTTCAGCAGCAGGCGCAGCG > NC_002947/1531347‑1531643 | tGTTCGAAAGCTCGGCCGCATGCCCGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGcc > 5:106971/1‑149 (MQ=255) tGTTCGAAAGCTCGGCCGCATGCCCGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGcc > 3:348409/1‑149 (MQ=255) ttCGAAAGCTCGGCCGCATGCCCGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCa < 2:147410/149‑1 (MQ=255) cGAAAGCTCGGCCGCATGCCCGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAAt > 8:278893/1‑149 (MQ=255) gAAAGCTCGGCCGCATGCCCGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTTTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATg < 1:27578/149‑1 (MQ=255) cgcGGCCGCATGCCCGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGt < 6:129303/147‑1 (MQ=255) tCGGCCGCATGCCCGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCaa < 1:131908/141‑1 (MQ=255) tCGGCCGCATGCCCGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCaa > 2:131908/1‑141 (MQ=255) tCGGCCGCATGCCCGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTc > 1:24136/1‑149 (MQ=255) aTGCCCGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAacca > 3:210801/1‑149 (MQ=255) cccGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACTTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAAccacca > 6:226320/1‑149 (MQ=255) cccGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAAccacca < 6:207155/149‑1 (MQ=255) ccGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAg < 7:278893/149‑1 (MQ=255) ccGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAg < 4:162136/149‑1 (MQ=255) ccACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCg < 2:108466/135‑1 (MQ=255) ccACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCg > 1:108466/1‑135 (MQ=255) gCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACaaa < 7:128969/149‑1 (MQ=255) ggCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCTCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTAc > 7:326548/1‑149 (MQ=255) aCCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATcgcg > 2:80612/1‑149 (MQ=255) cAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCTCAAt > 5:74547/1‑110 (MQ=255) cAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCTCAAt < 6:74547/110‑1 (MQ=255) cAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCgcgc > 4:326509/1‑148 (MQ=255) gTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGCCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCcaca > 4:344000/1‑149 (MQ=255) gTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCa < 3:326509/147‑1 (MQ=255) gTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCa < 6:106971/147‑1 (MQ=255) gTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCa < 4:348409/147‑1 (MQ=255) gATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCTCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTcgc < 8:326548/149‑1 (MQ=255) aTGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTcgcg > 6:100097/1‑149 (MQ=255) cTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGc > 4:48704/1‑149 (MQ=255) gTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGtt < 1:80612/149‑1 (MQ=255) ttGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTg < 5:100097/149‑1 (MQ=255) cGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAAc > 5:312890/1‑149 (MQ=255) tGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTg > 7:184432/1‑141 (MQ=255) tGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTg < 8:184432/141‑1 (MQ=255) ccATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTc < 5:226320/148‑1 (MQ=255) cATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCca < 4:210801/149‑1 (MQ=255) tGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCcagc < 4:131459/149‑1 (MQ=255) gCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCcagca < 3:48704/148‑1 (MQ=255) cAGGGCCGCCATCAAGCGGTACTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATTGCCTTCTGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCCAGCAGgcgc < 5:337400/148‑1 (MQ=255) aaGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCCAGCAGGCGCTGCAAGTGCTCCAg > 1:160864/1‑149 (MQ=255) ctgctgGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCca > 2:86015/1‑119 (MQ=255) ctgctgGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCca < 1:86015/119‑1 (MQ=255) tgctgGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCCAGCAGGCGCTGCAAGTGCTCCAGGCGCTCGGc > 2:250209/1‑149 (MQ=255) ctgGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCCAGCAGGCGCTGCAAGTGCTCCAGGCGCTCGGCCt > 1:161411/1‑149 (MQ=255) gTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCCAGCAGGCGCTGCAAGTGCTCCAGGCGCTCGGCCTGGt > 1:130801/1‑149 (MQ=255) gcgcAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCCAGCAGGCGCTGCAAGTGCTCCAGGCGCTCGGCCTGGTTca < 2:160864/149‑1 (MQ=255) gCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCCAGCAGGCGCTGCAAGTGCTCCAGGCGCTCGGCCTGGTTcagcag > 1:44912/1‑147 (MQ=255) ggTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCCAGCAGGCGCTGCAAGTGCTCCAGGCGCTCGGCCTGGTTCAGCAGCAGgc < 2:24136/149‑1 (MQ=255) gCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAg > 5:349051/1‑63 (MQ=255) gCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAg < 6:349051/63‑1 (MQ=255) ccAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCCAGCAGGCGCTGCAAGTGCTCCAGGCGCTCGGCCTGGTTCAGCAGCAGGCGCAGCg > 3:4909/1‑149 (MQ=255) ccAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCCAGCAGGCGCTGCAAGTGCTCCAGGCGCTCGGCCTGGTTCAGCAGCAGGCGCAGCg > 3:33065/1‑149 (MQ=255) | TGTTCGAAAGCTCGGCCGCATGCCCGCCACGCTTGGCCGGTACCAGCGGCGGCTGTACCTTGTACAGGATGCGCCTGAGGTTGCCGAATGCTTCCATGGCCTGCAGGGCCGCCAACAAGCGCTTCTGCTGGTAGCGCAGGCGGGTTGCCCAATGGCCGTCGGTAACCACCAGCAACAAAGTACCATCGCGCCAGGACGCCACATGGCAGTGCTCGCGGGCAGCCGGTTGCAACTGGCTTTCCAGCAGGCGCTGCAAGTGCTCCAGGCGCTCGGCCTGGTTCAGCAGCAGGCGCAGCG > NC_002947/1531347‑1531643 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |