| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,843,996 | T→G | 100% | E266D (GAA→GAC) | gacS ← | sensor protein GacS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,843,996 | 0 | T | G | 99.4% | 174.7 / ‑6.8 | 53 | E266D (GAA→GAC) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (24/28); total (25/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGG > NC_002947/1843850‑1844139 | tcGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTc > 6:78605/1‑149 (MQ=255)tcGCTTATTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGTTGATGATTTCGTGGATCATGTTGGCCAGGAACTCCTACTTGATGAGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTc > 5:336797/1‑149 (MQ=255) agcagGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCa < 3:268879/148‑1 (MQ=255) gTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGAGTGGTGCTGATTTAGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCAGACTTGATGCTGCTGGAATCAAGTGCCTCTTTGCTCGACATGTCCAGCTCGATCTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAgata > 6:297914/1‑144 (MQ=37) ggTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTgg < 2:91658/148‑1 (MQ=255) aaGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGACTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCAc < 5:25295/149‑1 (MQ=255) aTGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGt < 5:78605/149‑1 (MQ=255) gCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTg > 4:190854/1‑132 (MQ=255) gCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTg < 3:190854/132‑1 (MQ=255) 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3:222738/141‑1 (MQ=255) tCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCa > 4:222738/1‑141 (MQ=255) gAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTg > 8:82860/1‑147 (MQ=255) gAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCa < 6:326283/149‑1 (MQ=255) tCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGt > 6:151588/1‑149 (MQ=255) ccGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGtt > 1:27146/1‑149 (MQ=255) 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8:74087/1‑65 (MQ=255) aaGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGt > 2:232741/1‑149 (MQ=255) gTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTGCTGGAGGTGGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGGAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTGTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTgg < 5:352210/149‑1 (MQ=255) ccTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCTTGCGGTTGATGCCGTGGGc > 3:179636/1‑148 (MQ=255) ctctTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATg < 5:274480/85‑1 (MQ=255) ctctTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATg > 6:274480/1‑85 (MQ=255) ctctTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCa < 3:125778/149‑1 (MQ=255) 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tGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAg < 5:366244/133‑1 (MQ=255) tGTTCTGGATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATg < 5:151588/149‑1 (MQ=255) gATGTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCgg < 1:232741/147‑1 (MQ=255) | TCGCTTTTTTGCAGCAGGTGGGTAAAGCCGAGGATGCCATTGAGCGGGGTGCGGATTTCGTGGCTCATGTTGGCCAGGAACTCCGACTTGATGCGGCTGGCCTCAAGTGCCTCTTTGCGCGCCATGTCCAGCTCGATGTTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGG > NC_002947/1843850‑1844139 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |