Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,946,536 | T→A | 7.3% | intergenic (‑65/+19) | PP_1747 ← / ← PP_1748 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,946,536 | 0 | T | A | 7.3% | 164.3 / 3.2 | 55 | intergenic (‑65/+19) | PP_1747/PP_1748 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/25); new base A (2/2); total (28/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.82e-01 |
GTCAGTGCCGTCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAATCGCTGGCA > NC_002947/1946391‑1946681 | gTCTGTGCCGTCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATGAGGCTGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCTGGATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCttt < 2:359079/148‑1 (MQ=255) gTCAGTGCCGTCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGCTGTTGGGGCCGCttt > 1:359079/1‑148 (MQ=255) aGTGCCGTCGCGGGTTACGAAGTCCTCAATCAGGCGTGTATGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGAGCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAg < 5:342153/149‑1 (MQ=255) aGTGCCGTCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAg > 6:158156/1‑149 (MQ=255) tGCCGTCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGcc > 2:156847/1‑149 (MQ=255) ccGTCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGccc > 2:14701/1‑148 (MQ=255) gTCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCTGCAAAGCGGCCCCaa < 3:156834/149‑1 (MQ=255) tCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCttt < 2:348276/148‑1 (MQ=255) tCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGttt > 4:120033/1‑149 (MQ=255) tCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGttt > 3:255077/1‑149 (MQ=255) aTCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAACAAAAGTGGGGTTTTGGGGCCGCTTTGCCGCCCCAAGGGCGTTTAGGCTTTTTTTc > 1:119345/1‑149 (MQ=255) ggCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGttt > 8:38514/1‑131 (MQ=255) ggCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGttt > 8:133918/1‑131 (MQ=255) ggCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGttt < 7:38514/131‑1 (MQ=255) ggCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGttt < 7:133918/131‑1 (MQ=255) gTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTg < 4:255077/149‑1 (MQ=255) gTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTg > 8:125594/1‑149 (MQ=255) gTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACg < 1:14701/149‑1 (MQ=255) ggCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCgg < 5:158156/149‑1 (MQ=255) cTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTa > 5:315309/1‑149 (MQ=255) gCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCAc > 2:220326/1‑138 (MQ=255) gCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCAc < 1:220326/138‑1 (MQ=255) gTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGc < 3:120033/148‑1 (MQ=255) gTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCt > 3:31506/1‑149 (MQ=255) aGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGAcc > 6:40908/1‑115 (MQ=255) aGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGAcc < 5:40908/115‑1 (MQ=255) aGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTgc < 4:31506/149‑1 (MQ=255) cATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTgcg > 3:121226/1‑148 (MQ=255) gTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGCCTTCCTACGGGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATc < 3:210118/148‑1 (MQ=255) tCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGt > 3:207539/1‑149 (MQ=255) ggTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGc < 5:34971/125‑1 (MQ=255) ggTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGc > 6:34971/1‑125 (MQ=255) tGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCtggt > 6:93429/1‑149 (MQ=255) tAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCt > 2:202315/1‑148 (MQ=255) aGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTg > 8:312323/1‑148 (MQ=255) ggTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGaa < 7:125594/149‑1 (MQ=255) tATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAgc < 2:119345/149‑1 (MQ=255) aTGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAgcg > 7:81128/1‑149 (MQ=255) ggCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTc < 4:121226/149‑1 (MQ=255) aTGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTcc < 8:220891/126‑1 (MQ=255) aTGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTcc > 7:220891/1‑126 (MQ=255) aTGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAg > 6:153223/1‑149 (MQ=255) tGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGt < 6:315309/149‑1 (MQ=255) cgcgAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGAc < 5:153223/147‑1 (MQ=255) ttCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCgg > 3:25163/1‑149 (MQ=255) gAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTc < 2:42032/107‑1 (MQ=255) gAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTc > 1:42032/1‑107 (MQ=255) tgccgccggggGCGCTTCCGAGCGCCAAGGGCGGTTCGCCTTTGTGCCCGCCCCGGCGGGCCACGGCCGGTACCCGCGGGGCGCGTTCCAGCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTCTTGGCCGGCTGc < 1:299015/142‑1 (MQ=255) aGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGc < 1:156847/149‑1 (MQ=255) gcccttGGGGCTGCAAAGCGGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCt < 8:108712/88‑1 (MQ=37) gcccttGGGGCTGCAAAGCGGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCt > 7:108712/5‑92 (MQ=37) ccttGGGGCTGCAAAGCGGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGaa > 3:23125/3‑149 (MQ=255) ttGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAATc > 8:159759/1‑149 (MQ=255) gggCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAATCGCt > 8:18249/1‑149 (MQ=255) gCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTTCGAATCGCTgg < 4:207539/149‑1 (MQ=255) ccGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAATCGCTGGc < 7:312323/149‑1 (MQ=255) cGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAATCGCTGGCa < 8:81128/149‑1 (MQ=255) | GTCAGTGCCGTCGCGGGTGACGAAGTCCTCAATCAGGCGGGTCAGGGTTTCGGCTTGCAATTGGTCGTAGGGGATCAGCATGGTCGGGCGGTGTCTGAAATAGGTATGGGCATGCTACGCGAAAC‑‑ATTCGAGGTGTTGGGGCCGCTTTGCAGCCCCAAGGGCGTTTAGCCTTTGTTTCCGACCAGGCTGTCCACGGCCGGTACCCGCGTGTCGCTTTCCATCTGCGCATCGTGCTCCAGCTGGTGGCTGAAGCGCTCAAGTGACGTATTGGCCGGCTGCGAATCGCTGGCA > NC_002947/1946391‑1946681 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |