Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,997,790 | G→A | 8.0% | A198V (GCA→GTA) | rfbD ← | dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,997,790 | 0 | G | A | 8.0% | 144.1 / 2.0 | 50 | A198V (GCA→GTA) | rfbD | dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/23); new base A (2/2); total (25/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.06e-01 |
ACTTTCAGCGCTACGCCAGTGCGTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAG > NC_002947/1997643‑1997935 | aCTTTCAGCGCTACGCCAGTGCGTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGAtgtgtg < 7:82855/148‑1 (MQ=255) aCTTTCAGCGCTACGCCAGTGCGTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGAtgtgtg < 6:128959/148‑1 (MQ=255) gcgcTACGCCAGTGCGTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACg < 3:212741/149‑1 (MQ=255) cgcTACGCCAGTGCGTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGAtgtgtg > 4:168843/1‑140 (MQ=255) cgcTACGCCAGTGCGTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGAtgtgtg < 3:168843/140‑1 (MQ=255) cGCCAGTGCGTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAACCCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCgg > 1:2842/1‑147 (MQ=255) cGCCAGTGCGTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAACCCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCgg < 2:2842/147‑1 (MQ=255) gTGCGTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAg < 3:101492/149‑1 (MQ=255) cGTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTa > 5:370623/1‑132 (MQ=255) cGTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTa < 6:370623/132‑1 (MQ=255) gTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAg < 2:250577/145‑1 (MQ=255) gTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAg > 1:250577/1‑145 (MQ=255) ttGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAg > 4:292491/1‑149 (MQ=255) aGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAgcgc < 5:281222/149‑1 (MQ=255) cATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGACAAGTGGTAAATCCCTGCCAAGTGACCGTTGTCTTGCCCATTGAAGAATTGCCGCATGATGTGTGCAATAACCTAGGCGATGATGTAAGCGccc > 1:273474/1‑149 (MQ=255) cgcCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTgg < 8:242899/149‑1 (MQ=255) cACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTgcgc < 3:292491/149‑1 (MQ=255) cAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCt > 6:152002/1‑149 (MQ=255) aaCCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGc > 2:179153/1‑148 (MQ=255) aTGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCa > 2:243495/1‑149 (MQ=255) cAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTCCTACCACGCt > 1:135869/1‑149 (MQ=255) tttCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGt > 8:183658/1‑148 (MQ=255) tCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGtct < 5:152002/148‑1 (MQ=255) cACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGtctc < 8:315547/148‑1 (MQ=255) aCCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCAc > 4:173885/1‑149 (MQ=255) gACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTc < 3:173885/149‑1 (MQ=255) gCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGtct > 3:308845/1‑139 (MQ=255) gCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGtct < 4:308845/139‑1 (MQ=255) aaGTGGTAAACCCCGCCCCGGGGACGGGTGTCTGGCCCATTGACGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAg < 2:135869/149‑1 (MQ=255) aGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAgg > 7:246644/1‑149 (MQ=255) aGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAgg < 2:273474/149‑1 (MQ=255) aaaTCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTg > 3:302061/1‑103 (MQ=255) aaaTCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTg < 4:302061/103‑1 (MQ=255) aaTCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCgcagca < 1:243495/149‑1 (MQ=255) tCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCAc > 4:331031/1‑126 (MQ=255) tCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCAc < 3:331031/126‑1 (MQ=255) cTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTc < 1:179153/149‑1 (MQ=255) ggTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCa < 2:109778/149‑1 (MQ=255) gCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCcgcgc > 6:122477/1‑149 (MQ=255) gCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCcgcgc > 2:312306/1‑149 (MQ=255) cccATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCcgcgcg > 3:92031/1‑149 (MQ=255) aTTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCgcagc > 2:288368/1‑118 (MQ=255) aTTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCgcagc < 1:288368/118‑1 (MQ=255) aaGATTTGCCGCAGGATGTGTACAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCaaaa < 7:211639/129‑1 (MQ=255) aaGATTTGCCGCAGGATGTGTACAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCaaaa < 7:217257/129‑1 (MQ=255) aaGATTTGCCGCAGGATGTGTACAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCaaaa > 8:211639/1‑129 (MQ=255) aaGATTTGCCGCAGGATGTGTACAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCaaaa > 8:217257/1‑129 (MQ=255) tGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTAAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACAcc > 5:93149/1‑147 (MQ=255) gCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCa < 7:183658/148‑1 (MQ=255) gCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCa < 4:92031/148‑1 (MQ=255) ccGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAg < 1:312306/148‑1 (MQ=255) cGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCt > 5:95018/1‑149 (MQ=255) cGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCt > 8:306676/1‑149 (MQ=255) gCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTg > 6:34439/1‑149 (MQ=255) gtgCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCACGCCCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCACGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAg > 3:99665/1‑148 (MQ=255) | ACTTTCAGCGCTACGCCAGTGCGTTGAGCATGCGCCAGCACGAACTGAGCAAAACCATGCCAAGAGGTTTCACCGGACGCAGCCAAGTGGTAAATCCCTGCCAGGTGACGGTTGTCTTGCCCATTGAAGATTTGCCGCAGGATGTGTGCAGTAACGTCGGCGATCAGGTCAGCGCCCGTGGGTGCGCCAAATTGGTCTGCTACCACGCTCAACGTCTCACGCTCCGCCGCCAGGCGCAGCATGGTCTTGGCAAAATTGTGCCCGCGCGCAGCATACACCCAGCTGGTGCGCAG > NC_002947/1997643‑1997935 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |