Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,028,080 | T→C | 7.3% | A290A (GCT→GCC) | wbpL → | glycosyl transferase WbpL |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,028,080 | 0 | T | C | 7.3% | 154.5 / 3.0 | 55 | A290A (GCT→GCC) | wbpL | glycosyl transferase WbpL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/25); new base C (2/2); total (28/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 |
GGGTGTATTCGTGGTTGATGCCACGTTTACCTTGGCGCGGCGCCTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTGGCAATCACCTATCAGGCTGGGGAGCAAGAATAGGATGGCCAA > NC_002947/2027933‑2028224 | gggTGTATTCGTGGTTGATGCCACGTTTACCTTGGCGCGGCGCCTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCt < 3:107338/148‑1 (MQ=255) gTGGTTGATGCCACGTTTACCTTGGCGCGGCGCCTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGt > 3:193445/1‑149 (MQ=255) gATGCCACGTTTACCTTGGCGCGGCGCCTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGc > 2:231857/1‑148 (MQ=255) cACGTTTACCTTGGCGCGGCGCCTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCtactac > 5:270449/1‑149 (MQ=255) cTTGGCGCGGCGCCTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCt < 8:14371/131‑1 (MQ=255) cTTGGCGCGGCGCCTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCt > 7:14371/1‑131 (MQ=255) cTTGGCGCGGCGCCTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGccc > 5:255045/1‑149 (MQ=255) gcgcggcgcCTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGc > 6:54698/1‑149 (MQ=255) cggcgcCTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGt < 4:26969/149‑1 (MQ=255) gtcgcCTGCTGCGCGGTGAGAAGGTTTATCAGGCGCATTGCTGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTTGCTGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCATGGCGGTa < 2:157594/147‑1 (MQ=255) ggcgcCTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTa < 1:55005/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGt < 3:268984/147‑1 (MQ=255) ccTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGt > 4:268984/1‑147 (MQ=255) tgctgcGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTgg < 8:192723/114‑1 (MQ=255) tgctgcGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTgg > 7:192723/1‑114 (MQ=255) tgctgcGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTgg < 5:40221/119‑1 (MQ=255) tgctgcGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTgg > 6:40221/1‑119 (MQ=255) ggTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCt < 1:231857/149‑1 (MQ=255) gTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTc < 7:296737/149‑1 (MQ=255) aCAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGa < 6:270449/148‑1 (MQ=255) cAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATg > 6:250068/1‑149 (MQ=255) aaGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATgg > 7:6866/1‑149 (MQ=255) aaGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATgg > 4:172606/1‑149 (MQ=255) aaGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCCATTa < 4:344920/94‑1 (MQ=255) aaGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCCATTa > 3:344920/1‑94 (MQ=255) aaGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCCATTa < 2:101047/94‑1 (MQ=255) aaGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCCATTa > 1:101047/1‑94 (MQ=255) aaGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCAGCATGGTCACCATCGACCGGTAAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATgg > 8:296662/1‑149 (MQ=255) ggTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGgcg > 4:29340/1‑149 (MQ=255) ttATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTg < 8:90983/133‑1 (MQ=255) ttATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTg > 7:90983/1‑133 (MQ=255) aTCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCAGCATGGTCACCATCGACCGGTAAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACt < 7:296662/148‑1 (MQ=255) ggCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGaa > 7:311899/1‑149 (MQ=255) cgcATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAAcc < 3:29340/149‑1 (MQ=255) cgcATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAAcc < 4:132886/149‑1 (MQ=255) gcATCGCAGCCTTTCTTTTCAGTTTGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATAGAGCGGTGTGCCTGGCCGTGTCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCTATGGCGCACTGTGaagc < 4:193445/148‑3 (MQ=255) aGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGc < 8:311899/149‑1 (MQ=255) gCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATAtt > 1:135196/1‑149 (MQ=255) cGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTg < 6:255045/149‑1 (MQ=255) ggCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGc > 3:72333/1‑149 (MQ=255) gCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTgg < 5:54698/147‑1 (MQ=255) gCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTgg < 2:135196/147‑1 (MQ=255) gTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTGGCAATCACCTAt > 3:150471/1‑149 (MQ=255) cATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCtt > 7:18029/1‑112 (MQ=255) cATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCtt < 8:18029/112‑1 (MQ=255) cATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTGGCAATCACCTATCAGGc > 5:14182/1‑149 (MQ=255) cATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTGGCAATCACCTATCAGGc > 6:24221/1‑149 (MQ=255) tCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTGGCAATCACCTATCAGGCTg < 8:6866/149‑1 (MQ=255) cGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATg > 4:293719/1‑81 (MQ=255) tGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTGGCAATCACCTATCAGGCTggg < 3:201684/143‑1 (MQ=255) tGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTGGCAATCACCTATCAGGCTggg > 4:201684/1‑143 (MQ=255) tGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGt < 6:259489/60‑1 (MQ=255) tGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGt > 5:259489/1‑60 (MQ=255) gCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTGGCAATCACCTATCAGGCTGGGGAGCAAGAATAGGa < 5:24221/149‑1 (MQ=255) gCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTGGCAATCACCTATCAAGCTGGGGAGCAAGAATAGGa > 8:205796/1‑149 (MQ=255) cggcTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTGGCAATCACCTATCAGGCTGGGGAGCAAGAATAGGATGGCCaa < 5:250068/149‑1 (MQ=255) | GGGTGTATTCGTGGTTGATGCCACGTTTACCTTGGCGCGGCGCCTGCTGCGCGGTGACAAGGTTTATCAGGCGCATCGCAGCCATGCTTATCAGTATGCGGCTCGCCGGCATGGTCACCATCGACCGGTGAGCCTGGCCGTGGCGGCTATTAACCTGGTCTGGCTACTACCGGTGGCCCTGGCGGTAGTGCTGTTGAACCTCGATGGCGCACTGGGAACCCTGTTCGCTTATGTGCCTCTGATATTGCTGGCAATCACCTATCAGGCTGGGGAGCAAGAATAGGATGGCCAA > NC_002947/2027933‑2028224 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |