| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,028,646 | G→A | 11.7% | W129* (TGG→TAG) ‡ | wbpM → | polysaccharide biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,028,646 | 0 | G | A | 11.7% | 130.1 / 7.1 | 51 | W129* (TGG→TAG) ‡ | wbpM | polysaccharide biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/22); new base A (2/4); total (25/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.62e-01 | |||||||||||
CATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCGTTC > NC_002947/2028500‑2028791 | cATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTgg > 1:212278/1‑148 (MQ=255) gcCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACCGGGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAAc > 1:79957/1‑149 (MQ=255) tcGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATc < 5:105756/147‑1 (MQ=255) tcGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAg > 7:78006/1‑149 (MQ=255) tcGTAGCCAATCCCCTGGTCATTCGATTAGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCaca < 4:201616/147‑3 (MQ=255) gcttAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTTCC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTGATTCTGGCTGTGGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCacag < 6:13942/145‑4 (MQ=255) cGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAgg < 2:50154/149‑1 (MQ=255) gTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCacagcca < 5:295583/149‑7 (MQ=255) 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aTTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGc < 2:247788/124‑1 (MQ=255) aTTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGcc > 6:134775/1‑149 (MQ=255) aTTGGTGACCATTATCAAGGCCATTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGAAACCATCAGGTAATCGTGCCCCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGACATCATAGCTGCTTTACGc > 7:6675/1‑148 (MQ=255) aCCATTATCAGGGCCGTTTCCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTTCAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGGTCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGGATGGTCATCCTTGGTGGTTTACGCGTGATCAt > 6:349684/1‑149 (MQ=255) cATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATgc > 4:333523/1‑149 (MQ=255) 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cTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTAc > 3:132755/1‑149 (MQ=255) aTTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCgg > 8:218206/1‑149 (MQ=255) tCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTAGAGCAAGCATAAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGAATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATAATGCGACAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACAGgcg > 1:312420/1‑149 (MQ=255) tGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGcc > 6:144681/1‑149 (MQ=255) ggCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGt > 6:341951/1‑119 (MQ=255) ggCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGt < 5:341951/119‑1 (MQ=255) ctgatgGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCa > 7:300352/5‑149 (MQ=255) tgatgGTTGCTGTACCAGTACA‑CAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCAACATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCAt > 2:118161/4‑149 (MQ=255) gtgtTTG‑TGTAATGGTACAGCAACCATCAGGTAATCCTGCCGCGCGCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGGATGTTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTTACTGGTTTACCGGCGCCCATCa < 8:156042/149‑1 (MQ=255) tgGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCa < 3:333523/148‑1 (MQ=255) gTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGa < 4:108960/148‑1 (MQ=255) cTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCGTTc < 5:134775/148‑1 (MQ=255) | CATGGTTGCGCCTCTCGTAGCCATTCCGCTGTTCATTCGTTTTGGCATGTACC‑GGGCGGTGATGCGCTACTTCGGCAATGATGCATTGGTGACCATTATCAAGGCCGTTACCCTGTCATCGCTCATTCTGGCTGTGGTTG‑TGTACTGGTACAGCAACCATCAGGTAATCGTGCCGCGCTCGATCATTTTCAACTATTGGTGGTTGAGCATGGTCATCATTGGTGGTTTACGCCTGATCATGCGCCAGTATTTCCTGGGTGACTGGTTTACCGGCGCCCATCAGATACCGTTC > NC_002947/2028500‑2028791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |