| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,039,009 | G→C | 5.4% | N157K (AAC→AAG) | rffE ← | UDP‑N‑acetylglucosamine‑2‑epimerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,039,009 | 0 | G | C | 5.4% | 300.0 / 3.3 | 90 | N157K (AAC→AAG) | rffE | UDP‑N‑acetylglucosamine‑2‑epimerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/47); new base C (2/3); total (40/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
GGCGCTCGGCTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGGTA > NC_002947/2038861‑2039152 | ggCGCTCGGCTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAgg < 2:160355/149‑1 (MQ=255) cgcTCGGCTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGtt > 4:204970/1‑149 (MQ=255) cgcTCGGCTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGtt < 7:108119/149‑1 (MQ=255) tCGGCTGCCAGGTAGCTGAAGGGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTc > 6:18597/1‑149 (MQ=255) cTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTcgcgc < 8:47403/149‑1 (MQ=255) cTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTcgcgc < 2:159297/149‑1 (MQ=255) gCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTcgcgc > 6:169071/1‑147 (MQ=255) cAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGGCGATCACGGTGTTACCGGTGGGGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAgg < 3:204970/149‑1 (MQ=255) gTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTgg < 1:32101/149‑1 (MQ=255) tAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCGACAACCTGTTGCGCGaaggcac < 7:277338/149‑7 (MQ=255) aGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTgg > 3:324590/1‑147 (MQ=255) tGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTg > 7:105843/1‑149 (MQ=255) tGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTg > 2:296411/1‑149 (MQ=255) 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aCGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTgg > 6:334981/1‑128 (MQ=255) aCGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTgg < 5:334981/128‑1 (MQ=255) aCGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAgcg > 2:263397/1‑149 (MQ=255) gCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCgg > 5:289101/1‑148 (MQ=255) gCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCgg > 2:262770/1‑148 (MQ=255) gCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCgg < 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aGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTc > 4:281851/1‑141 (MQ=255) gtttGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGCTCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGGCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGtt < 6:193119/148‑1 (MQ=255) ttGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGtt < 5:18597/147‑1 (MQ=255) tCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCgg < 4:8431/130‑1 (MQ=255) tCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCgg > 3:8431/1‑130 (MQ=255) ccACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCcttct > 2:324177/1‑149 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cTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCgg > 5:55844/1‑149 (MQ=255) ccAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGAGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGc > 8:65344/1‑149 (MQ=255) cAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGc < 7:65344/148‑1 (MQ=255) gCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑g < 7:7777/149‑1 (MQ=255) cAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑gg < 7:192062/149‑1 (MQ=255) aGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGt < 1:263397/149‑1 (MQ=255) gCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGa < 1:296411/149‑1 (MQ=255) gATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATAc < 2:169257/148‑1 (MQ=255) ggTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑gg > 5:312852/1‑134 (MQ=255) ggTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑gg < 6:312852/134‑1 (MQ=255) 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cgcCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAgc < 7:161091/64‑1 (MQ=255) gcCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGc < 6:107165/140‑1 (MQ=255) gcCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGc > 5:107165/1‑140 (MQ=255) ccGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATgg < 5:169071/149‑1 (MQ=255) cGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATggg < 5:328068/149‑1 (MQ=255) cGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATggg < 4:97226/149‑1 (MQ=255) cGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATggg < 1:324177/149‑1 (MQ=255) gTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATggg > 6:124899/1‑149 (MQ=255) cacctCGCGCGACAACCTGTTGCGCGAAGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGa > 7:211262/5‑149 (MQ=255) cctCGCGCGACAACCTGTTGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTAGTTGGTGGAGGGCTGAGGGGGGGAATACAGGTTTTTGGTGGGCAGGCCGGCTTAAAAATGGGCAATgggg > 1:294154/3‑149 (MQ=255) ttCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGgt > 3:94889/1‑107 (MQ=255) ttCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGgt < 4:94889/107‑1 (MQ=255) ttCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACAt < 2:178879/134‑1 (MQ=255) ttCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACAt > 1:178879/1‑134 (MQ=255) ttCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGAttt > 4:347755/1‑149 (MQ=255) cgcAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTg < 5:155654/149‑1 (MQ=255) cAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGc < 3:336139/120‑1 (MQ=255) cAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGc > 4:336139/1‑120 (MQ=255) aaCAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGgta < 6:166016/149‑1 (MQ=255) | GGCGCTCGGCTGCCAGGTAGCTGAAGTGGCTGGCGAAACGGGCCTTCAGCGCGGGGCTTTGCAGCTTTTGCTCCACCTCCAGCAAGGCGTCGATCACGGTGTTACCGGTGGTGAAGATGTGCGCCGGATCGGTGCCTTCGCGCAACAGGTTGTCGCGCGAGGTGGCAGTGGGCGCGAAGTGCAGCGCGGCAAGGGCCCCGGTCAGGCGCCGGTTGCCTTCTTCGGGC‑CA‑‑GGGTGAATACAGGTTGTTGGTGCGCAGGCCGGCTTCTACATGGGCAATGGGGATTTGCTGGTA > NC_002947/2038861‑2039152 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |