Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,048,736 | C→A | 8.5% | P193Q (CCG→CAG) ‡ | PP_1821 → | glutathione S‑transferase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,048,736 | 0 | C | A | 8.5% | 144.2 / 4.1 | 47 | P193Q (CCG→CAG) ‡ | PP_1821 | glutathione S‑transferase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/20); new base A (2/2); total (25/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 |
CAGATGACGCCTTACCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCA > NC_002947/2048591‑2048879 | cAGATGACGCCTTACCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCcgc < 6:92467/148‑1 (MQ=255) cAGATGACGCCTTACCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCcgc < 4:285566/148‑1 (MQ=255) gATGACGCCTTACCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCgg > 4:84141/1‑148 (MQ=255) gCCTTACCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGc > 7:32131/1‑149 (MQ=255) aCCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGAtg > 1:351503/1‑149 (MQ=255) cTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGAtggt > 6:184686/1‑149 (MQ=255) gtgAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAGCCCACCATCGGCACATGCCGCgggtggctgc > 3:292197/1‑145 (MQ=255) gtgAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAGCCCACCATCGGCACATGCCGCgggtggctgc < 4:292197/149‑5 (MQ=255) gtgAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGa < 3:84141/149‑1 (MQ=255) aGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGaaaa < 2:17473/149‑1 (MQ=255) cAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAAcc > 1:6405/1‑149 (MQ=255) tACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGAtg > 4:253579/1‑132 (MQ=255) aCTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGAc < 2:351503/148‑1 (MQ=255) aTTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGttt > 6:249708/1‑149 (MQ=255) cGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAg > 7:154922/1‑149 (MQ=255) tGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGTGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATc < 5:184686/148‑1 (MQ=255) ccTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCtt < 5:249708/149‑1 (MQ=255) cTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGTCGATGGAGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCtt < 1:89863/148‑1 (MQ=255) cTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTtg > 3:109627/1‑149 (MQ=255) cTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTtg > 4:149472/1‑149 (MQ=255) cTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGAGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCtt > 2:89863/1‑148 (MQ=255) tgGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGc < 6:33586/149‑1 (MQ=255) gcgcAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGt < 2:147638/149‑1 (MQ=255) gcagcaGGGCGGGTTCGCCCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGc > 6:234498/1‑149 (MQ=255) gggTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAacac < 3:145606/149‑1 (MQ=255) gTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAGCCCACCATCGGCACATGCCGCgggtggc < 7:16133/82‑2 (MQ=21) gTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAGCCCACCATCGGCACATGCCGCgggtggc > 8:16133/1‑81 (MQ=21) gTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTgcg < 4:130936/113‑1 (MQ=255) gTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTgcg > 3:130936/1‑113 (MQ=255) ttCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACggg > 5:322019/1‑149 (MQ=255) cGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGgc < 8:32131/148‑1 (MQ=255) gcccTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGAGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCtt > 4:230784/3‑117 (MQ=255) aCCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGca > 5:271097/1‑128 (MQ=255) aCCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGca < 6:271097/129‑2 (MQ=255) cTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACGTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGc < 6:249469/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGc > 3:323199/1‑149 (MQ=255) aGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTg > 2:80189/1‑149 (MQ=255) ccGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAacca > 2:2890/1‑149 (MQ=255) ccGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAacca > 6:232076/1‑149 (MQ=255) ccGGCGGGAAGGGCCGGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAGCACGGGCTGCGCCCGTgttcgcgg < 4:288099/149‑8 (MQ=255) gcggTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGAGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACcg < 1:80189/149‑1 (MQ=255) gggCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGcc < 3:149472/149‑1 (MQ=255) ctggctggAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCt > 7:253998/1‑149 (MQ=255) ctggAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTcgc < 8:253998/149‑1 (MQ=255) gcag‑cCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCt > 5:311764/1‑149 (MQ=255) cag‑cCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTc < 2:6405/149‑1 (MQ=255) ag‑cCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTcc < 8:154922/149‑1 (MQ=255) ccACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCca < 1:2890/149‑1 (MQ=255) ccACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACAACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCca > 3:191189/1‑149 (MQ=255) | CAGATGACGCCTTACCTGGTGGGTGAGCAGTACTCGATTGCCGATGTGGCGCTGTATGCCTACACCCATGTGGCGCAGCAGGGCGGGTTCGACCTGGCAGACTACCCGGCGGTAAGGGCCTGGCTGGAGCGGGTCAGCAG‑CCACCCGCGGCATGTGCCGATGGTGGGCTGAAAACCGACCTGTTTTCCAGGCGCTTGCGCAATCCTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACGGGCGCAGCCCGTGCCAACCACCGCGGTGCCTGCTTCGCGGGCTCGCCCGCTCCCA > NC_002947/2048591‑2048879 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |