| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,095,310 | C→T | 11.1% | A390T (GCA→ACA) | alaA ← | glutamate‑pyruvate aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,095,310 | 0 | C | T | 11.1% | 94.0 / 2.8 | 37 | A390T (GCA→ACA) | alaA | glutamate‑pyruvate aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/15); new base T (2/2); total (20/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
TCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCTTCTCCGACAGCAGCAGGTCAAGGGCGAACTTCTCGTCGTTGAGGATCGG > NC_002947/2095178‑2095451 | tCGAGCGCCGCGCGGGCTGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATcc < 4:263408/149‑1 (MQ=255) aGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCCCCCCCCCCCCCCCGGGGCACCGAGGCGAGGCCCCGGCGCCCCCCGGGAACCCGACGGGGCATTACCCGGACGGAAATTTGCCAAACGGCCAATTGACGCCTGCAGGGCAGCCAcc > 4:204385/1‑149 (MQ=255) gATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCCGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTcacc < 1:10030/143‑1 (MQ=255) ccccACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTc < 5:304547/149‑1 (MQ=255) ccccGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTCCTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTGCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCcggccacggcca < 3:264423/149‑1 (MQ=255) cccGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGCTCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAg > 3:32245/1‑149 (MQ=255) tCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAAc < 7:309773/149‑1 (MQ=255) tctcGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCcggccac < 6:122913/130‑1 (MQ=255) tctcGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCcggccac > 5:122913/1‑130 (MQ=255) tctcGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTcc > 8:13040/1‑149 (MQ=255) ctcGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAg < 6:366009/102‑1 (MQ=255) ctcGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAg > 5:366009/1‑102 (MQ=255) gCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCa > 1:261157/1‑81 (MQ=255) gCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCa < 2:261157/81‑1 (MQ=255) ccccGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGa > 3:277087/1‑149 (MQ=255) ccccGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGa > 5:241630/1‑149 (MQ=255) cccGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGAt > 7:50786/1‑149 (MQ=255) cccGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGAt > 3:44346/1‑149 (MQ=255) ccccGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCt > 1:352441/1‑149 (MQ=255) aCCCTACTGCGAATAACACTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGACGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCAGCCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCAGTGTACGATCAGCAGCt > 7:101487/1‑140 (MQ=255) tACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCTTCTCCGAcagcag > 3:47255/1‑149 (MQ=255) aTAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCcggccacggcca < 8:160556/96‑1 (MQ=255) aTAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCcggccacggcca > 7:160556/1‑96 (MQ=255) aCCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCTTCTCCGACAGCAGCAGGTCAAgg < 3:173945/148‑1 (MQ=255) ccTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCTTCTCCGACAGCAGCAGGTCAAGGGc > 1:77696/1‑148 (MQ=255) ttCTGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGTCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTAc < 3:254378/110‑1 (MQ=255) ttCTGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGTCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTAc < 3:259057/110‑1 (MQ=255) ttCTGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGTCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTAc > 4:259057/1‑110 (MQ=255) ttCTGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGTCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTAc > 4:254378/1‑110 (MQ=255) gAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCTTCTCCGACAGCAGCAGGTCAAGGGCGAACTtct > 5:144624/1‑149 (MQ=255) ttGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCTTCTCCGACAGCAGCAGGTCAAGGGCGAACTTCtcgtc < 7:192280/149‑1 (MQ=255) aTCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCTTCTCCGACAGCAGCAGGTCAAGGGCGAACTTCTCGTCGTTGAg < 2:352441/149‑1 (MQ=255) ccGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCTTCTCCGACAGCAGCAGGTCAAgg > 4:318916/1‑127 (MQ=255) ccGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCTTCTCCGACAGCAGCAGGTCAAgg < 3:318916/127‑1 (MQ=255) gCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCTTCTCCGACAGCAGCAGGTCAAGGGCGAACTTCTCGTCGTTGAGGATCg > 5:108602/1‑149 (MQ=255) gCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCTTCTCCGACAGCAGCAGGTCAAGGGCGAACTTCTCGTCGTTGAGGATCg < 8:50786/149‑1 (MQ=255) ccAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTAAGATCAGCAGCTTCTCCGACAGCAGCAGGTCAAGGGCGAACTTCTCGTCGTTGAGGATCgg < 4:277087/149‑1 (MQ=255) | TCGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGATCTGCGCCCCACCACCACCCCCGCGTCGAACCTCTCGTAGCCCCCGGCGCCCCCGTCGAACCCTACTGCGAATAACCCTTCAGGAAATTGCCGATCCGGCCAATTGCCGCTTCCAGGTCATCCACCCGCGGCAAGGTCACCACGCGGAAGTGGTCCGGCCACGGCCAGTTGAACGCCGTCCCTTGTACGATCAGCAGCTTCTCCGACAGCAGCAGGTCAAGGGCGAACTTCTCGTCGTTGAGGATCGG > NC_002947/2095178‑2095451 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |