| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,134,271 | A→C | 13.3% | intergenic (‑37/+32) | PP_1892 ← / ← fadE | hypothetical protein/medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,134,271 | 0 | A | C | 13.3% | 158.7 / 16.7 | 60 | intergenic (‑37/+32) | PP_1892/fadE | hypothetical protein/medium‑long chain acyl‑CoA dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/26); new base C (6/2); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
GAACAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTGCAG > NC_002947/2134124‑2134419 | gAACAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCGAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGa < 5:19908/148‑1 (MQ=255)gAACAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGa < 6:188551/148‑1 (MQ=255) aaCAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCCGAATGGTGCGGAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGTCCCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAg < 1:197324/149‑1 (MQ=255) aCAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGta > 6:262003/1‑149 (MQ=255) tttCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGCGTATACTCCGccccc > 5:325945/1‑149 (MQ=255) tttCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGccccc > 5:225495/1‑149 (MQ=255) gCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTCTGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTtctc < 7:45205/148‑1 (MQ=255) gCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGCGTATACTCCGccc > 6:63721/1‑138 (MQ=255) gCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGCGTATACTCCGccc < 5:63721/138‑1 (MQ=255) gCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGCGTATACTCCGCCCCCCGTTtca < 6:325945/147‑2 (MQ=255) gCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTcg > 2:164504/1‑149 (MQ=255) aCCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTcgc > 1:87352/1‑148 (MQ=255) ctgctctgctTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGaa < 2:87691/149‑1 (MQ=255) ctTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAg < 5:14805/148‑1 (MQ=255) gcgcCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGc < 4:285837/149‑1 (MQ=255) cgcCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGcc < 5:262003/149‑1 (MQ=255) caccaGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCgg > 2:315566/1‑149 (MQ=255) caGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGCGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTa < 8:103656/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTa < 3:329723/136‑1 (MQ=255) cAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTCATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGTCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTa > 4:329723/1‑136 (MQ=255) aGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTgc < 1:190222/149‑1 (MQ=255) cTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCtt > 3:349900/1‑149 (MQ=255) gAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTc > 3:62182/1‑149 (MQ=255) cAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCg > 3:197008/1‑147 (MQ=255) gTTGCAGGTGATATTCCAGGTATGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAgg > 7:225990/1‑149 (MQ=255) cAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGcatc < 1:315566/149‑1 (MQ=255) cAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGcatc < 8:225990/149‑1 (MQ=255) gTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGcatcga > 2:20071/1‑148 (MQ=255) 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2:183562/134‑1 (MQ=255) ttCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGaa > 1:183562/1‑134 (MQ=255) ttCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGAt < 8:281475/149‑1 (MQ=255) ttCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGAt < 4:349900/149‑1 (MQ=255) ttCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCACCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACGTTGCCCGGTACGGCGCGCAACTGCGCCTTGTCGAAGCcatcgacatcgag > 8:331050/1‑148 (MQ=255) gTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGcc > 7:179335/1‑148 (MQ=255) ttGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGa < 8:179335/149‑1 (MQ=255) tGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGcc < 1:164504/149‑1 (MQ=255) ccTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTg > 4:4243/1‑149 (MQ=255) cTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGc > 3:3983/1‑149 (MQ=255) tATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGaa > 2:162146/1‑98 (MQ=255) tATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGaa < 1:162146/98‑1 (MQ=255) gCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTgg > 4:125422/1‑149 (MQ=255) gCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTgg > 2:151591/1‑149 (MQ=255) tGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGc > 8:232674/1‑148 (MQ=255) cGGGGGGCGGCGTATACTCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCAtcgt > 8:305857/1‑149 (MQ=255) ggggggCGGCGTATACTCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACATTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCAtcgtc > 8:242562/1‑149 (MQ=255) gggggCGGCGTATACTCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCAtcgtcg > 6:365093/1‑149 (MQ=255) ggggCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGt > 8:50770/1‑80 (MQ=255) ggggCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGt < 7:50770/80‑1 (MQ=255) gggCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCggg > 5:217194/1‑149 (MQ=255) ggaggaTACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCTGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGTCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTgc < 7:322191/149‑1 (MQ=255) ggAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTgc < 4:62182/149‑1 (MQ=255) ggAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTgc < 2:122650/149‑1 (MQ=255) aGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTgcag < 1:151591/149‑1 (MQ=255) | GAACAGGGCGTGGCTTTCTTCTGGCACCTGCTCTGCTTCACCCAGCGCCACCAGAATGGTGCGCAGGTGCTGGAGCAGTTGCAGGTGATATTCCAGGTAGGGGTTGGCCATGGAATGGGT‑CCTCGGTATGGCTGAAACGGGGGGCGGAGTATACGCCGCCCCCCGTTTCTCGCGAAGGGTCAGCGCACCTTGCCCGGTACGGCGAGCAACTGCGCCTTGTCGAAGGCATCGACATCGATCACCTTGCGCCGAGCCTGTTCGGCCTCGTGCAGCCGCTGGCCATCGTCGGGTTGCAG > NC_002947/2134124‑2134419 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |