| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,141,384 | T→A | 6.1% | L374M (TTG→ATG) | PP_1897 → | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,141,384 | 0 | T | A | 6.1% | 197.1 / 3.1 | 65 | L374M (TTG→ATG) | PP_1897 | DNA internalization‑related competence protein ComEC/Rec2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/27); new base A (2/2); total (36/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.73e-01 | |||||||||||
GGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCCTGCT > NC_002947/2141240‑2141532 | gggTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACCCTCAACTACTGATTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTCGCGGCCCTGGCAGGCCTGTACACCAGCGCAATGGGTGATCACCTTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑AAACGGCTTGcc > 8:250085/1‑149 (MQ=255) gTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCgg < 1:41122/149‑1 (MQ=255) ttCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGt < 5:363279/149‑1 (MQ=255) gCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGa < 7:185795/146‑1 (MQ=255) gCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGcc > 8:314789/1‑149 (MQ=255) gCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGc < 7:170962/148‑1 (MQ=255) ttCGCCGCCCTGGCCACGCTCAACTACAGCTTCAGTGCCCGGTTGGCTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGACTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGAAGTCGCCTTGATACCCGAGATGATCGC‑CACCGGCTTGACGGTGAGCCTCAGTgc > 4:48832/1‑149 (MQ=255) gccgccGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGa < 1:262734/136‑1 (MQ=255) gccgccGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGa > 2:262734/1‑136 (MQ=255) ccgccgTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGcgccg > 7:123670/1‑149 (MQ=255) ccACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGc > 1:191933/1‑145 (MQ=255) ccACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGc < 2:191933/145‑1 (MQ=255) cACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCAAGCCGGTggcca < 7:308498/128‑5 (MQ=255) cACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCAAGCCGGTggcca > 8:308498/1‑124 (MQ=255) cACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTGGGTTGGTTGGCGGCCCTGTCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTgcgc < 6:169360/137‑1 (MQ=255) cACGCTCATCTACTGCTTCAGTGACCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCTGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTgcgc > 5:169360/1‑137 (MQ=255) aTCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTg > 3:70138/1‑135 (MQ=255) aTCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTg < 4:70138/135‑1 (MQ=255) tCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCg > 3:1544/1‑149 (MQ=255) aCTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTg > 1:351974/1‑149 (MQ=255) cTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGt < 2:50989/147‑1 (MQ=255) tCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGCTCACCGGCAAGCCGGTggcc < 7:311118/111‑4 (MQ=255) tCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGCTCACCGGCAAGCCGGTggcc > 8:311118/1‑108 (MQ=255) tGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGGCAACCTTGTGGGGGTGCCGT‑GGGt > 8:183533/1‑147 (MQ=255) tGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGt > 3:194348/1‑147 (MQ=255) cGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCt > 5:187222/1‑149 (MQ=255) gggTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCg < 2:351974/148‑1 (MQ=255) ggtGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCtt < 7:250085/146‑1 (MQ=255) cggcCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGtt > 5:288592/1‑149 (MQ=255) gcCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTgg > 7:319309/1‑149 (MQ=255) gCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGc < 4:194348/149‑1 (MQ=255) aGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTg < 7:314789/149‑1 (MQ=255) cTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGc < 5:258515/123‑1 (MQ=255) cTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGc > 6:258515/1‑123 (MQ=255) cTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTgg > 2:18442/1‑137 (MQ=255) cTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTgg < 1:18442/137‑1 (MQ=255) gACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGc > 2:291212/1‑149 (MQ=255) cGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGAt < 2:132278/149‑1 (MQ=255) gAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTtgtg < 4:229301/92‑1 (MQ=255) gAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTtgtg > 3:229301/1‑92 (MQ=255) gAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATg > 1:86950/1‑149 (MQ=255) aGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGt < 6:288592/149‑1 (MQ=255) cgcAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTg > 8:331540/1‑149 (MQ=255) 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(MQ=255) ggCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGa < 8:123670/149‑1 (MQ=255) gCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAg < 6:187222/149‑1 (MQ=255) cTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAgg > 4:149987/1‑149 (MQ=255) ttGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGc > 2:35999/1‑149 (MQ=255) tACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTg > 3:202239/1‑149 (MQ=255) 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cACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTg > 6:40520/1‑149 (MQ=255) aCCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGTGGGGTCAGCCTGGCGGGATTGCCGTTGGCGTTGATGGGCCCGATGTTGTTGCCGATGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGGTGTGGATGGCAGGTg > 1:278002/1‑149 (MQ=255) aCCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTgg > 7:172880/1‑149 (MQ=255) cGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGcc > 3:97525/1‑149 (MQ=255) cGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGcc > 6:9850/1‑149 (MQ=255) ttGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCTTTGCTGGGCAGGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCctgct < 3:48832/149‑1 (MQ=255) | GGGTTCTGGCTGTCGTTCGCCGCCGTGGCCACGCTCATCTACTGCTTCAGTGCCCGGTTGGGTGGTTGGCGGCCCTGGCAGGCCTGGACACGAGCGCAATGGGTGATCGCCGTCGGCTTGCTACCGGTGTTGCTGGC‑CACCGGCTTGCCGGTGAGCCTCAGTGCGCCGCTGGCCAACCTTGTGGCGGTGCCGT‑GGGTCAGCCTGGCGGTCTTGCCGTTGGCGTTGCTGGGCACGCTGATGTTGCCGCTGGCGGGTGTTGGCGAGGCGTTGCTCTGGCTGGCAGGTGGCCTGCT > NC_002947/2141240‑2141532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |