Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,231,466 | T→C | 8.9% | L228P (CTG→CCG) | PP_1969 → | molybdenum cofactor biosynthesis protein A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,231,466 | 0 | T | C | 8.9% | 121.0 / 3.0 | 45 | L228P (CTG→CCG) | PP_1969 | molybdenum cofactor biosynthesis protein A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/21); new base C (2/2); total (22/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGGTACTGCCCCTGCTGGATTACTGCCTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAAAGCGTGCCGTTTTGCCGTACCTGCTCGCGGTTGCGCCT > NC_002947/2231328‑2231610 | aGGTACTGCCCCTGCTGGATTACTGCCTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCggcggc < 7:183732/149‑1 (MQ=255) ccccTGCTGGATTACTGCCTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGc > 4:151588/1‑149 (MQ=255) ccccTGCTGGATTACTGCCTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGc > 3:289996/1‑149 (MQ=255) gATTACTGCCTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGccc < 1:356375/148‑1 (MQ=255) aCTGCCTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGt < 1:96602/148‑1 (MQ=255) cTGCCTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCAGCCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGt > 1:94229/1‑148 (MQ=255) tGCCTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGaa > 1:359561/1‑149 (MQ=255) ccTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAAt < 3:151588/148‑1 (MQ=255) ccTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCCGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATg > 5:137112/1‑149 (MQ=255) ccTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCCGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATg > 1:303346/1‑149 (MQ=255) ccTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCCCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATg > 3:293208/1‑149 (MQ=255) gcgGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTg > 3:1731/1‑149 (MQ=255) cTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCC‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCacc > 8:85351/1‑114 (MQ=255) gAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCAc < 6:157838/149‑1 (MQ=255) gAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATCGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCa < 4:314009/148‑1 (MQ=255) gCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTg < 2:222888/149‑1 (MQ=255) cgcTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCa < 2:359561/148‑1 (MQ=255) aTCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATACGTTa < 4:289996/149‑1 (MQ=255) aaCTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACcac < 4:1731/149‑1 (MQ=255) cATGGGCCA‑CCCCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCa < 4:293208/149‑1 (MQ=255) ggCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAggg < 2:94229/148‑1 (MQ=255) ccA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCCGCCTGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGCCGCCCCTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGc > 2:215186/1‑148 (MQ=255) a‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTAcc > 8:260087/1‑129 (MQ=255) a‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTAcc < 7:260087/129‑1 (MQ=255) gcgcccACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCCGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTc < 2:303346/144‑1 (MQ=255) tctcACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCCGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTc < 6:137112/147‑1 (MQ=255) tcACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAggg < 7:301917/137‑1 (MQ=255) tcACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAggg > 8:301917/1‑137 (MQ=255) aCGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGt > 2:132186/1‑148 (MQ=255) accGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATgc < 7:187727/86‑1 (MQ=255) aTCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATgc > 8:187727/1‑88 (MQ=255) gCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGcc < 1:132186/149‑1 (MQ=255) ttCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAAAg > 5:337971/1‑149 (MQ=255) gcagTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAAAGCGTGCCGt > 1:114171/1‑149 (MQ=255) gTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAAAGCGTGCCGTTTTGCCg > 1:82679/1‑149 (MQ=255) aGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAAAGCGTGCCGTTTTGCCGTa > 1:177644/1‑149 (MQ=255) ggCCGCGACCAGCTGCGTGCGCTGCTCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCCGGTGAAGGCGCCGCTGGACGCCACTGCCCTGCGTTACCACCTCCCCGGCCGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAACGCGTGCCGTTTTGCCGTAc < 1:215186/149‑1 (MQ=255) ccTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAAAGCGTGCCGTTTTGCCGTACCt > 6:256698/1‑149 (MQ=255) ccTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAAAGCGTGCCGTTTTGCCGTACCt > 3:339022/1‑149 (MQ=255) tGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCAtt > 1:147523/1‑103 (MQ=255) tGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCAtt < 2:147523/103‑1 (MQ=255) gcgcTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAAAGCGTGCCGTTTTGCCGTACCTGCTCGCGGTTgcgc < 6:337971/147‑1 (MQ=255) gcgcTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAAAGCGTGCCGTTTTGCCGTACCTGCTCGCGGTTGCGCCt > 3:5259/1‑149 (MQ=255) cgcTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAAAGCGTGCCGTTTTGCCGTACCTGCTCGCGGTTGCGCCt < 2:178699/148‑1 (MQ=255) cgcTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAAAGCGTGCCGTTTTGCCGTACCTGCTCGCGGTTGCGCCt < 2:177644/148‑1 (MQ=255) | AGGTACTGCCCCTGCTGGATTACTGCCTCGCGCGCGGCTTCGAGCTGCGCTTCATCGAACTGATGCGCATGGGCCA‑CCTCTCTCACGATCGCAACGCCTTCCTCCAGCAGTTTGTAGGCCTCGACCAGCTGCTTGCGCTGATCGGCGGCCAGCATGCCTACGCCCAGGTGAATGCGCCGCTGGACGCCACTGCCATGCGTTACCACATCCCCGGCAGGGGCCACTTCGGCGTCATTGCCAACGAAAGCGTGCCGTTTTGCCGTACCTGCTCGCGGTTGCGCCT > NC_002947/2231328‑2231610 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |