| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,273,052 | A→G | 6.9% | intergenic (+17/+274) | PP_2003 → / ← PP_2004 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,273,052 | 0 | A | G | 6.9% | 235.6 / 6.6 | 90 | intergenic (+17/+274) | PP_2003/PP_2004 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/48); new base G (2/4); total (38/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
AGCGAGGCGCCAGCGGCGCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGG > NC_002947/2272904‑2273200 | aGCGAGGCGCCAGCGGCGCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑Ga > 7:217897/1‑149 (MQ=255)aGCGAGGCGCCAGCGGCGCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑Ga > 7:257124/1‑149 (MQ=255) gCGAGGCGCCAGCGGCGCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GAc < 5:95799/149‑1 (MQ=255) gCGAGGCGCCAGCGGCGCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GAc < 1:38860/149‑1 (MQ=255) gAGGCGCCAGCGGCGCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GGccc < 7:262250/149‑1 (MQ=255) gcgcCAGCGGCGCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCttt > 6:182474/1‑149 (MQ=255) cgcCAGCGGCGCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTc < 2:73575/149‑1 (MQ=255) gcCAGCGGCGCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCg > 7:317899/1‑149 (MQ=255) ccAGCGGCGCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGc > 3:290619/1‑149 (MQ=255) cgcCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGc < 3:317255/149‑1 (MQ=255) gtggtgGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCcgcg < 4:60391/149‑1 (MQ=255) aTGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCGGGCTGCCGGCGAAAgggt < 7:138237/149‑2 (MQ=255) aTGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGc < 8:257124/149‑1 (MQ=255) aTGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGc > 2:348220/1‑149 (MQ=255) tGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGcc > 8:252736/1‑149 (MQ=255) gACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAggg > 5:153986/1‑146 (MQ=255) gACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAggg < 6:153986/146‑1 (MQ=255) aCAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GGCCCTTTCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGTCgg < 4:97281/149‑1 (MQ=39) aCAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCg < 1:348220/148‑1 (MQ=255) gCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCCGCCCGCGCAAGGGCCGGtt > 6:108300/1‑148 (MQ=255) ccAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GGCCCTTTCGCGGGCTGCCGGCGaaa < 4:17827/138‑1 (MQ=255) ccAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GGCCCTTTCGCGGGCTGCCGGCGaaa > 3:17827/1‑138 (MQ=255) ccAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTc < 6:11700/148‑1 (MQ=255) ccAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTc > 5:11700/1‑148 (MQ=255) ccAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCATTAGCCCGCCGCCCGCGAAAGGGCCgggt > 4:38076/1‑145 (MQ=255) cAGGGTTCGCTGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCTGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAg < 3:38076/149‑1 (MQ=255) cAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAg < 2:286402/149‑1 (MQ=255) ttCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GGCCCTTTCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGTCGGt < 2:327418/140‑1 (MQ=38) ttCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GGCCCTTTCGCGGGCTGCCGGCGAAAGGGTCGGt > 1:327418/1‑140 (MQ=38) ttCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCgg > 2:223709/1‑139 (MQ=255) ttCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑Gt < 6:169731/149‑1 (MQ=255) tgcGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGTGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCTGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCgg < 1:223709/138‑1 (MQ=255) cGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTa < 8:143124/148‑1 (MQ=255) gCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTaaa < 7:252736/149‑1 (MQ=255) gCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAAAC‑CCCCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGGAAGGGCCGGGTGAGGCT‑GTtaa > 7:34581/1‑149 (MQ=255) cAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAAc < 5:279155/149‑1 (MQ=255) cAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑CCCCCATTAGCCGGCCGCCCCCGAAAGGGGCGGGTGAGGCG‑GTtaa > 2:201134/1‑148 (MQ=255) aGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACa < 8:47279/149‑1 (MQ=255) ccTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATc > 8:185087/1‑149 (MQ=255) cTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGt > 4:76669/1‑132 (MQ=255) cTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGt < 3:76669/132‑1 (MQ=255) tgtgGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATccc > 1:217537/1‑149 (MQ=255) tgGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATccc < 4:290619/147‑1 (MQ=255) gCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGt < 8:317899/149‑1 (MQ=255) ccccGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGCCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGtt < 1:201134/149‑1 (MQ=255) cccGCCGGCCGAAGCTCCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTa < 4:223266/149‑1 (MQ=255) ccgccgGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTAc < 8:217897/149‑1 (MQ=255) ggccgAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAg < 5:127761/123‑1 (MQ=255) ggccgAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAg > 6:127761/1‑123 (MQ=255) gCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑CACCCTTTCGCCGGCCGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACAACCCCTGTTAAAGCCG‑CCCCGCGAt > 4:317350/1‑148 (MQ=255) aCCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTaaa < 7:299173/119‑1 (MQ=255) aCCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTAGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCCGTTAAGGAT‑GTAAAAATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAAc > 6:174285/1‑149 (MQ=255) aCCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCAGAACC‑CCCCCCTTGGCCGGCCCCCCGCGCAAGGGGCGGGTGAGGCTGGTAAAC‑TACCCTGTTAAAGAAG‑CCCcgcgggaa > 3:22870/1‑144 (MQ=255) ccATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCcgc < 1:197820/141‑1 (MQ=255) ccATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑CACCCATTCGCCCGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACAAACCCAGTTACACACG‑CCCCGCGAGAAcg > 2:197820/1‑147 (MQ=255) aTTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAGCC‑GACCCATTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTc > 7:79782/1‑149 (MQ=255) cAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTg < 5:182474/148‑1 (MQ=255) aGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAg > 3:327027/1‑103 (MQ=255) aGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAg < 4:327027/103‑1 (MQ=255) aGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCt > 6:357553/1‑146 (MQ=255) aGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCt < 5:357553/146‑1 (MQ=255) aGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGaa < 2:217537/149‑1 (MQ=255) cagGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGATCC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGtt > 6:7829/1‑114 (MQ=255) cagGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGATCC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGtt < 5:7829/114‑1 (MQ=255) ccAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGTAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTAc < 5:116374/149‑1 (MQ=255) ccAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCCGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTAc > 6:118941/1‑149 (MQ=255) aGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCGGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTTCAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTAc > 1:84331/1‑148 (MQ=255) aGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCt < 5:213146/101‑1 (MQ=255) gccggccgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCAc < 5:722/149‑1 (MQ=255) gccggccgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCCCCCGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCA‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCCCGATAACTTTATGAACACCTGCTACCTTTACCa > 6:292539/1‑148 (MQ=255) cggccgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTc < 2:84331/149‑1 (MQ=255) cggccgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTc < 8:34581/149‑1 (MQ=255) ccgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCAGAACC‑GACCCATTAACCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGGTAAGGCG‑GTAAACATCCCCGGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACcacacaa > 1:321092/1‑147 (MQ=255) cgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCAt > 6:348307/1‑147 (MQ=255) gccgccgccCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCtt < 7:185087/149‑1 (MQ=255) gccCCCTCCCGTTGCTGGGTCGCCTGACCC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGtcatc < 8:79782/149‑1 (MQ=255) ccctacctTTTATTGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCAGGCAGCCCGCGAAATGGCCTGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCatcatc < 5:174285/149‑1 (MQ=255) tccctTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTc > 2:261334/1‑129 (MQ=255) tccctTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTc < 1:261334/129‑1 (MQ=255) cctTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACGCCCCCACGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATccc < 1:99017/147‑1 (MQ=255) cctTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGGTCAGGCT‑GGAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTAATGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCAAcccgt > 4:265334/1‑146 (MQ=255) gATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATcc > 4:293038/1‑148 (MQ=255) tGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCAc < 4:22870/149‑1 (MQ=255) gTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCcgc < 5:112835/82‑1 (MQ=255) gTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCcgc > 6:112835/1‑82 (MQ=255) gCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCt < 5:348307/148‑1 (MQ=255) gCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCt < 1:327770/148‑1 (MQ=255) cTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCAt > 5:261153/1‑136 (MQ=255) cTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCAt < 6:261153/136‑1 (MQ=255) cTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAg > 7:315213/1‑149 (MQ=255) gAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGc > 5:184060/1‑149 (MQ=255) gACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAg < 6:184060/149‑1 (MQ=255) aCCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGTCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAgg > 8:86723/1‑149 (MQ=255) aCCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGc < 1:299301/90‑1 (MQ=255) aCCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGc > 2:299301/1‑90 (MQ=255) | AGCGAGGCGCCAGCGGCGCCGGTGGTGGATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGG > NC_002947/2272904‑2273200 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |