| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,273,080 | C→T | 6.2% | intergenic (+45/+246) | PP_2003 → / ← PP_2004 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,273,080 | 0 | C | T | 6.2% | 288.8 / 5.5 | 100 | intergenic (+45/+246) | PP_2003/PP_2004 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/54); new base T (3/3); total (43/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
ATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAAATGAGCAA > NC_002947/2272932‑2273227 | aTGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGc > 2:348220/1‑149 (MQ=255)aTGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGc < 8:257124/149‑1 (MQ=255) tGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGcc > 8:252736/1‑149 (MQ=255) 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ttCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑Gt < 6:169731/149‑1 (MQ=255) tgcGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGTGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACCTGACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCgg < 1:223709/138‑1 (MQ=255) cGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTa < 8:143124/148‑1 (MQ=255) gCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTaaa < 7:252736/149‑1 (MQ=255) gCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAAAC‑CCCCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGGAAGGGCCGGGTGAGGCT‑GTtaa > 7:34581/1‑149 (MQ=255) 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cTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGt < 3:76669/132‑1 (MQ=255) tgtgGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATccc > 1:217537/1‑149 (MQ=255) tgGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATccc < 4:290619/147‑1 (MQ=255) gCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGt < 8:317899/149‑1 (MQ=255) ccccGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGCCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGtt < 1:201134/149‑1 (MQ=255) cccGCCGGCCGAAGCTCCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTa < 4:223266/149‑1 (MQ=255) ccgccgGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTAc < 8:217897/149‑1 (MQ=255) ggccgAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAg < 5:127761/123‑1 (MQ=255) ggccgAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAg > 6:127761/1‑123 (MQ=255) gCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑CACCCTTTCGCCGGCCGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACAACCCCTGTTAAAGCCG‑CCCCGCGAt > 4:317350/1‑148 (MQ=255) aCCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTaaa < 7:299173/119‑1 (MQ=255) 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gccggccgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCCCCCGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCA‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCCCGATAACTTTATGAACACCTGCTACCTTTACCa > 6:292539/1‑148 (MQ=255) cggccgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTc < 2:84331/149‑1 (MQ=255) cggccgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTc < 8:34581/149‑1 (MQ=255) ccgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCAGAACC‑GACCCATTAACCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGGTAAGGCG‑GTAAACATCCCCGGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACcacacaa > 1:321092/1‑147 (MQ=255) cgAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCAt > 6:348307/1‑147 (MQ=255) 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gCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCt < 5:348307/148‑1 (MQ=255) gCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCt < 1:327770/148‑1 (MQ=255) cTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCAt > 5:261153/1‑136 (MQ=255) cTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCAt < 6:261153/136‑1 (MQ=255) cTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAg > 7:315213/1‑149 (MQ=255) 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ccTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCg < 3:293038/149‑1 (MQ=255) tttCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGaa < 4:89054/143‑1 (MQ=255) tttCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGaa > 3:89054/1‑143 (MQ=255) tttCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGa > 7:92603/1‑148 (MQ=255) ttCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATa > 8:137981/1‑149 (MQ=255) tCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATa < 8:315213/148‑1 (MQ=255) ccGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTa < 5:108300/149‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACaga < 7:50392/149‑3 (MQ=255) cAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACaaa < 5:292539/149‑1 (MQ=255) cAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACaaa < 2:321092/149‑1 (MQ=255) cgcgAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGttt > 3:267936/1‑79 (MQ=255) cgcgAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGttt < 4:267936/79‑1 (MQ=255) cgcgAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCAACAAGCTTAGGCTGAAGGCAATACCTACAAAGGCa > 8:51294/1‑148 (MQ=255) gcgAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATCCCTACAAAGGCaa > 8:62272/1‑148 (MQ=255) gcgAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAAACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCaa > 1:320996/1‑148 (MQ=255) cgAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTACTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCaaaa < 3:265334/149‑1 (MQ=255) aGGGTCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAAATGAg < 7:86723/149‑1 (MQ=255) ggCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCTCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTAAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAAATGAGc > 2:268145/1‑148 (MQ=255) ggCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGc < 7:307615/84‑1 (MQ=255) ggCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGc > 8:307615/1‑84 (MQ=255) gCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAAATGAGCaa < 5:118941/149‑1 (MQ=255) ccGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCCCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTAATCCCACCTCCTTAGGCTGAATGCGATACCTACAAAGGCAAAATCAGCa > 5:220354/1‑147 (MQ=255) | ATGACAGCCAGGGTTCGCAGCCTGTGGCCCCGCCGGCCGAAGCTGCACCCATTCAGGTGCAGCAGGATGCCCAGCCGGCCGAGGCCGCCGCCCCCTCCCTTTGATGGGTCGCCTGAACC‑GACCCTTTCGCCGGCAGCCCGCGAAAGGGCCGGTTCAGGCT‑GTAAACATCCCCTGTTACAGACG‑CCCCGCGATAACTTTCTGAACACCTGCTACGTTTACCACTCATAAGCTTGTCATCATCCCTTCATCCCACCTGCTTAGGCTGAAGGCGATACCTACAAAGGCAAAATGAGCAA > NC_002947/2272932‑2273227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |