| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,290,396 | C→T | 5.4% | intergenic (+21/‑254) | pepN → / → PP_2018 | aminopeptidase N/BNR domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,290,396 | 0 | C | T | 5.4% | 285.9 / 3.2 | 92 | intergenic (+21/‑254) | pepN/PP_2018 | aminopeptidase N/BNR domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/44); new base T (2/3); total (45/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
GCTGACACGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACCCACCA > NC_002947/2290249‑2290542 | gcTGACACGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGgccgcc > 8:126600/1‑148 (MQ=255) gCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGccc > 6:294929/1‑149 (MQ=255) cTGGCGCAAGTATGACGTTGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCTGGGCGGcccc < 2:75498/149‑1 (MQ=255) 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aGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTcc < 3:79516/149‑1 (MQ=255) tATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATCGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTcccc > 3:33161/1‑149 (MQ=255) aTGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCg > 1:14326/1‑149 (MQ=255) aTGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCg > 8:208310/1‑149 (MQ=255) aTGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCg > 1:8621/1‑149 (MQ=255) tGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCgg < 5:294929/149‑1 (MQ=255) gACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCgg < 1:203950/148‑1 (MQ=255) aCGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGcc < 7:208310/149‑1 (MQ=255) aCGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGc < 8:107233/148‑1 (MQ=255) aCGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTGGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGc < 7:13978/148‑1 (MQ=255) gATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCg > 7:112616/1‑148 (MQ=255) aTGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGac < 3:93086/149‑1 (MQ=255) gcgTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGacaac > 1:91555/1‑148 (MQ=255) tCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACaaaa < 1:276743/149‑1 (MQ=255) aGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAAc < 7:126600/148‑1 (MQ=255) 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2:236906/1‑103 (MQ=255) tGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCgg < 1:236906/103‑1 (MQ=255) tGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGtt > 2:104676/1‑149 (MQ=255) tGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTATGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACAAACCGCACGtt > 2:120482/1‑149 (MQ=255) gAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTcc > 1:133085/1‑149 (MQ=255) aTTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCTGGGCGGccccaa > 1:34053/1‑94 (MQ=255) aTTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCTGGGCGGccccaa < 2:34053/96‑3 (MQ=255) 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tCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTCTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCt < 2:14326/149‑1 (MQ=255) g‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGc < 3:322400/147‑1 (MQ=255) cTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTGCAGAAAGCCTga < 5:101924/148‑2 (MQ=255) tGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTa < 2:238258/73‑1 (MQ=255) tGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTa > 1:238258/1‑73 (MQ=255) tGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCaa > 1:67122/1‑149 (MQ=255) gTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAAt > 7:129666/1‑148 (MQ=255) tGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGc < 5:47471/149‑1 (MQ=255) aaTTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGTAAAGCCTGCAATGCAt > 1:268262/1‑149 (MQ=255) aaTTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCAt < 2:28373/149‑1 (MQ=255) gggCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTg > 1:342726/1‑127 (MQ=255) gggCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTg < 2:342726/127‑1 (MQ=255) gggCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGAc < 1:210826/148‑1 (MQ=255) ggCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCaa < 6:315059/129‑1 (MQ=255) ggCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCaa > 5:315059/1‑129 (MQ=255) ggCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGAcc > 5:29016/1‑148 (MQ=255) ccgccCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACccac < 8:129666/149‑1 (MQ=255) gccCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACccacc > 6:274165/1‑148 (MQ=255) gccCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGATGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACccacc > 5:67691/1‑148 (MQ=255) cccAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGAt > 1:181467/1‑110 (MQ=255) cccAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGAt < 2:181467/110‑1 (MQ=255) cccAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACccacca > 5:98359/1‑148 (MQ=255) | GCTGACACGCTGGCGCAAGTATGACGATGCGCGTCAGGCGCTGATGAAGGGTGAGCTGGAGCGCATTCTGGCTTCGGGTGAGTTGTCCAGTGATGTGTATGAGGTTGTGAGCAAGAGTCTGG‑CGTAATTCTGGTGAATTGGGGCCGCCCAGCGGCCCCGGCTTTCCCCGGCCGACAACAAAACATAACACCCCGCCCGTTGTACTCCCGCAAACATCCCCGCTACGATCTCCTCAAGCTATTGCAGGCCTCTAGATCAGGCTTTCTGCAAAGCCTGCAATGCATTGACCCACCA > NC_002947/2290249‑2290542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |