| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,318,661 | A→G | 5.3% | A301A (GCA→GCG) | PP_2039 → | acyl‑CoA dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,318,661 | 0 | A | G | 5.3% | 337.2 / 6.2 | 112 | A301A (GCA→GCG) | PP_2039 | acyl‑CoA dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/42); new base G (2/4); total (66/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TTGCCCCACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGGCTGCT > NC_002947/2318514‑2318807 | ttGCCCCACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑c > 1:287528/1‑149 (MQ=255) ccccACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑Cg > 3:57219/1‑147 (MQ=255) ccccACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑Cg > 4:141606/1‑147 (MQ=255) ccccACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑Cg > 4:207279/1‑147 (MQ=255) cACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑Cgcagca > 2:90570/1‑149 (MQ=255) ccTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATg < 2:287528/149‑1 (MQ=255) gCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCG‑TGCAGCATgcag < 6:198695/148‑4 (MQ=255) gCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCG‑TGCAGCATgca < 3:36035/147‑3 (MQ=255) cTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTa < 6:83521/149‑1 (MQ=255) gggCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCG‑TGCAGCATgcagctcg < 6:174868/148‑8 (MQ=255) gggCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTAc < 7:67639/147‑1 (MQ=255) cTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCAc > 2:125161/1‑149 (MQ=255) ggccTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGc < 6:64147/149‑1 (MQ=255) gCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGaa < 3:244415/149‑1 (MQ=255) 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gatcgaCTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCa < 5:291593/149‑1 (MQ=255) gaCTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAatat < 4:250979/149‑1 (MQ=255) tGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCACTATCCGCa > 8:306162/1‑149 (MQ=255) ccGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGt < 4:118769/120‑1 (MQ=255) ccGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGt < 8:224663/120‑1 (MQ=255) ccGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGt > 3:118769/1‑120 (MQ=255) ccGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCAACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGt > 7:224663/1‑120 (MQ=255) gcgcAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAatat < 8:302133/135‑1 (MQ=255) gcgcAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAatat > 7:302133/1‑135 (MQ=255) gcAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGcccc > 5:58956/1‑148 (MQ=255) aGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGc < 1:90570/149‑1 (MQ=255) ggCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGccc < 7:127966/136‑1 (MQ=255) ggCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGccc > 8:127966/1‑136 (MQ=255) gCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTg > 2:219307/1‑149 (MQ=255) cAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGt > 6:175295/1‑148 (MQ=255) cTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATCTGCAAGCTGTTCGtt > 6:334540/1‑149 (MQ=255) aTCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGc > 5:263400/1‑135 (MQ=255) aTCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGc < 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ccATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGAtg > 1:301166/1‑128 (MQ=255) ccATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCg < 6:308210/146‑1 (MQ=255) cATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCAGCGAACAATGTTATAAGCCACGGCACAGGGGAATGACGCCGGCGGAAATATCCGCACCAAGGCCCCTATTTGCAAGATTTTGGTTACg > 1:278079/1‑146 (MQ=255) tGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACg < 6:58956/149‑1 (MQ=255) gTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACgg > 2:307230/1‑149 (MQ=255) 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2:190188/1‑134 (MQ=255) cATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCgg > 6:295741/1‑149 (MQ=255) cATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCgg > 3:96397/1‑149 (MQ=255) cATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCgg > 5:53033/1‑149 (MQ=255) aTGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGc < 8:103086/115‑1 (MQ=255) aTGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGc > 7:103086/1‑115 (MQ=255) aTGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCggg > 1:19258/1‑149 (MQ=255) gctgcA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATcgc > 7:59221/1‑120 (MQ=255) ctgcA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGgctg > 5:167895/1‑149 (MQ=255) tgcA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGgctgc > 6:275296/1‑149 (MQ=255) tgcA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGgctgc > 3:198491/1‑149 (MQ=255) ggcA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCTGCGGTGAATGACGCGGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCCAGCTGTTGGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGAGCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGgctgc < 8:153219/148‑1 (MQ=255) cA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACAcggcg > 7:223922/1‑135 (MQ=255) cA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACAcggcg < 8:223922/135‑1 (MQ=255) cA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGgctgct < 5:251174/148‑1 (MQ=255) cA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGCTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGc < 2:53608/109‑1 (MQ=255) cA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGCTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGc > 1:53608/1‑109 (MQ=255) | TTGCCCCACCTTGCTGGGGCTGGCCGGCCTGGCACTGAACCTCTCGATCGACTATGCCCGCACGCGCAAGCAGTTCGGCCAGCCTATCGCCATGTTCCAGTCGATCAACCATATGATCGCCGACATGGCCACCGAGCTGCATGCTGCA‑CGCAGCATGGTCTACGCCACGGCAGCGGTGAATGACGCCGGCGGCAATATCCGCACCCAGGCCCCGATGTGCAAGCTGTTCGTTTCGGAGACGGCCTTCCGCATCGCCGATCGCGCCGTGCAGATACACGGCGGTGCCGGGCTGCT > NC_002947/2318514‑2318807 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |