| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,342,102 | C→A | 6.7% | intergenic (+17/‑47) | yraO → / → PP_2058 | transporter YraO/porin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,342,102 | 0 | C | A | 6.7% | 388.5 / 11.7 | 118 | intergenic (+17/‑47) | yraO/PP_2058 | transporter YraO/porin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/53); new base A (3/5); total (60/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TGCTGCTGGTGGGCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGCAAGCTCAAGCTG > NC_002947/2341955‑2342250 | tgcagctgGTGGGCATGGTCGACCGCGATATCGGAGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTACTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCt > 6:122352/1‑149 (MQ=255) gtggGCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGccc > 2:90068/1‑149 (MQ=255) tggGCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTACTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGcccc < 5:122352/149‑1 (MQ=255) gggCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCg > 2:83162/1‑149 (MQ=255) gggCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATGTCCAGACAGCCACGGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGCGCGCCGAGCGGCGccctg < 7:254646/149‑3 (MQ=255) ggCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCg < 2:76657/148‑1 (MQ=255) ggCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGc < 7:282800/149‑1 (MQ=255) ggCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGc < 6:161705/149‑1 (MQ=255) 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tatCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCATGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGaaca < 1:244445/149‑1 (MQ=255) tCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGaacaac < 5:29148/149‑1 (MQ=255) ggTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCA‑CCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGaacaacaac < 1:205541/149‑1 (MQ=255) ttCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACagag > 6:73221/1‑148 (MQ=255) aGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAAc > 7:205003/1‑148 (MQ=255) 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ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTtgtg > 5:198768/1‑92 (MQ=255) ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATc > 3:89231/1‑139 (MQ=255) ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATc < 4:89231/139‑1 (MQ=255) ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGcg > 1:305943/1‑148 (MQ=255) ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGc > 3:291150/1‑148 (MQ=255) ccAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGc > 1:140021/1‑148 (MQ=255) aGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGcaag < 5:167952/149‑1 (MQ=255) gggCGCCGAGCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCtgt > 7:158033/1‑114 (MQ=255) gggCGCCGAGCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCtgt < 8:158033/114‑1 (MQ=255) gccgcTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCggctgg > 3:235837/1‑102 (MQ=255) gccgcTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCggctgg < 4:235837/102‑1 (MQ=255) gcTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGcaagctcaagct > 1:270073/1‑149 (MQ=255) cTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGCAAGCTCAAGCTg < 2:305943/149‑1 (MQ=255) cTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGCAAGCTCAAGCTg < 6:132007/149‑1 (MQ=255) cTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGCAAGCTCAAGCTg > 4:83558/1‑149 (MQ=255) | TGCTGCTGGTGGGCATGGTCGACCGCGATATCGGTGATTTCCAGAAAGCCACCGTGAAATGGGCCGTGCTCACCTCTCTGGTGATCACTGCGCTGGCACTGCTGACGGGCGCCTTGTCCTTCA‑T‑‑GGTTTGAAGCACCCAGGGCGCCGCTCGGCGCCCCGCTGACTCACCCAAGAACAACAACAGAGTAACCATCATGTCCCGATTTCTTTTCCGTGGGGCCACTTGTGGCC‑TGCTGTGCGGCTGGCTGCCTGTGGCCGGTGCCGCCGGTTTCATCGAAGACAGCAAGCTCAAGCTG > NC_002947/2341955‑2342250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |