| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,351,763 | C→G | 6.5% | R501T (AGG→ACG) ‡ | PP_2067 ← | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,351,763 | 0 | C | G | 6.5% | 344.8 / 10.6 | 108 | R501T (AGG→ACG) ‡ | PP_2067 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/46); new base G (3/4); total (58/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGC > NC_002947/2351615‑2351910 | ggCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGcc < 7:234894/149‑1 (MQ=255) cAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTCGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATTCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTg < 1:220904/149‑1 (MQ=255) gCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 1:197081/1‑149 (MQ=255) gCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 1:202700/1‑149 (MQ=255) cTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGcattg > 2:144453/1‑145 (MQ=255) cTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 5:41522/1‑148 (MQ=255) cATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCgcagca < 1:46404/149‑1 (MQ=255) aGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagcatt < 5:51068/149‑3 (MQ=255) aGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCagcagcagc > 7:106211/1‑149 (MQ=255) ccACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAACAGCGCTGCCAgg > 5:65654/1‑149 (MQ=255) cACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTTGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACACCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCATCAGCCGCGCTGCCAggg > 8:208079/1‑149 (MQ=255) cACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagca < 5:316720/137‑1 (MQ=255) aCGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGc > 7:336359/1‑149 (MQ=255) tAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGAc > 6:36337/1‑149 (MQ=255) tAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGAc < 2:197081/149‑1 (MQ=255) tAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGAc < 2:202700/149‑1 (MQ=255) gcgcGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCgcag > 7:71584/1‑120 (MQ=255) gTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGc < 7:104525/149‑1 (MQ=255) gTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGc < 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< 7:208079/148‑1 (MQ=255) ccAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTg > 5:138319/1‑149 (MQ=255) aTTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCACAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAg > 7:223854/1‑149 (MQ=255) tCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAACAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGc < 6:65654/148‑1 (MQ=255) aTCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagcatt < 6:158561/87‑3 (MQ=37) aTCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCacac > 8:157935/1‑102 (MQ=255) aTCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCAt > 6:180752/1‑149 (MQ=255) 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ggTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTgctgct < 3:71244/148‑1 (MQ=255) gTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTgctgct > 2:276219/1‑147 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTc < 5:230359/118‑1 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTc > 6:230359/1‑118 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAg < 1:113905/149‑1 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAg < 7:282613/149‑1 (MQ=255) gctgctgctgcGGGCCAGGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgct < 2:226910/139‑1 (MQ=255) gctgctgctgcGGGCCAGGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgct > 1:226910/3‑141 (MQ=255) aaTGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggc < 4:214441/149‑1 (MQ=255) ctgctgcCTGGCCCGCATCAGCAGCGCTGCCAGGGGACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAATCCTCTCGTCTAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcggc < 8:65264/148‑1 (MQ=255) gctgcCTGGCCCACAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagc < 8:223854/149‑1 (MQ=255) gcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccag > 6:28769/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccagc > 6:356079/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccagc < 3:140226/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagcca < 5:167361/147‑1 (MQ=255) | GGCAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGC > NC_002947/2351615‑2351910 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |