Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,351,764 | T→G | 6.1% | R501R (AGG→CGG) ‡ | PP_2067 ← | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,351,764 | 0 | T | G | 6.1% | 354.2 / 9.8 | 111 | R501R (AGG→CGG) ‡ | PP_2067 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/48); new base G (3/4); total (59/52) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGC > NC_002947/2351617‑2351910 | cAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTCGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATTCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTg < 1:220904/149‑1 (MQ=255) gCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 1:197081/1‑149 (MQ=255) gCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 1:202700/1‑149 (MQ=255) cTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGcattg > 2:144453/1‑145 (MQ=255) cTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 5:41522/1‑148 (MQ=255) cATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCgcagca < 1:46404/149‑1 (MQ=255) aGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagcatt < 5:51068/149‑3 (MQ=255) aGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCagcagcagc > 7:106211/1‑149 (MQ=255) ccACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAgg < 5:51458/149‑1 (MQ=255) ccACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAACAGCGCTGCCAgg > 5:65654/1‑149 (MQ=255) cACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTTGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACACCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCATCAGCCGCGCTGCCAggg > 8:208079/1‑149 (MQ=255) cACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagca > 6:316720/1‑137 (MQ=255) tAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGAc > 6:36337/1‑149 (MQ=255) tAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGAc < 2:197081/149‑1 (MQ=255) tAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGAc < 2:202700/149‑1 (MQ=255) gcgcGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCgcag > 7:71584/1‑120 (MQ=255) gTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGc < 5:135321/149‑1 (MQ=255) ggTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTTTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCa > 5:273742/1‑126 (MQ=255) ggTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATAGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCATGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCCACAAAAGCCAgg > 6:208813/1‑149 (MQ=255) aTACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGc > 6:262616/1‑149 (MQ=255) tACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGc > 5:108818/1‑148 (MQ=255) aCCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCACGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCa > 7:65264/1‑149 (MQ=255) cTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAgg > 6:25248/1‑149 (MQ=255) tttGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTTACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAgg > 8:250388/1‑148 (MQ=255) 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tCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAACAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGc < 6:65654/148‑1 (MQ=255) aTCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagcatt < 6:158561/87‑3 (MQ=37) aTCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagcatt > 5:158561/1‑85 (MQ=37) aTCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCacac < 7:157935/102‑1 (MQ=255) aTCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCacac > 8:157935/1‑102 (MQ=255) aTCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCAt > 6:167361/1‑149 (MQ=255) aTCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCAt > 6:180752/1‑149 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cctcccACCGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGACCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACAAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGATTGGTCGCCTCCATCGCTTCCAg > 5:313820/4‑148 (MQ=255) ccgccCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAg > 1:109766/1‑148 (MQ=255) cgccCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCa > 5:162929/1‑149 (MQ=255) cgccCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCa < 6:108818/149‑1 (MQ=255) ccACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCAttt < 5:66718/149‑1 (MQ=255) cacaGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTTTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtg < 7:45282/149‑1 (MQ=255) aGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgcgg < 6:138319/149‑3 (MQ=255) ggTCAATGCTGCTGCCTTGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCATGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGTTAGACAGCATCACTGTACTCCATAAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGatgctg < 6:313820/149‑1 (MQ=255) ggTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTgctgct < 3:71244/148‑1 (MQ=255) gTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTgctgct > 2:276219/1‑147 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTc < 5:230359/118‑1 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTc > 6:230359/1‑118 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAg < 7:282613/149‑1 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAg < 1:113905/149‑1 (MQ=255) gctgctgctgcGGGCCAGGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgct > 1:226910/3‑141 (MQ=255) gctgctgctgcGGGCCAGGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgct < 2:226910/139‑1 (MQ=255) aaTGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggc < 4:214441/149‑1 (MQ=255) gctgctgcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcgg > 2:239048/1‑148 (MQ=255) ctgctgcCTGGCCCGCATCAGCAGCGCTGCCAGGGGACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAATCCTCTCGTCTAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcggc < 8:65264/148‑1 (MQ=255) tgctgcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcggacg > 1:55404/1‑146 (MQ=255) gcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccag > 6:28769/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccagc > 6:356079/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccagc < 3:140226/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagcca < 5:167361/147‑1 (MQ=255) | CAATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGC > NC_002947/2351617‑2351910 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |