| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,351,766 | G→C | 6.1% | A500G (GCC→GGC) | PP_2067 ← | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,351,766 | 0 | G | C | 6.1% | 357.2 / 8.4 | 110 | A500G (GCC→GGC) | PP_2067 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/47); new base C (3/4); total (59/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTT > NC_002947/2351622‑2351913 | gCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 1:197081/1‑149 (MQ=255)gCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 1:202700/1‑149 (MQ=255) cTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGcattg > 2:144453/1‑145 (MQ=255) cTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 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cACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagca < 5:316720/137‑1 (MQ=255) aCGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGc > 7:336359/1‑149 (MQ=255) tAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGAc < 2:197081/149‑1 (MQ=255) gcgcGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCgcag > 7:71584/1‑120 (MQ=255) gTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGc < 5:135321/149‑1 (MQ=255) gTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGc < 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aCCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCACGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCa > 7:65264/1‑149 (MQ=255) tttGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTTACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAgg > 8:250388/1‑148 (MQ=255) tttGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAgg > 5:245256/1‑148 (MQ=255) tGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTa < 5:36337/148‑1 (MQ=255) cTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGaa < 7:114463/149‑1 (MQ=255) 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cTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAgg > 1:92440/1‑138 (MQ=255) cTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCAt > 8:282613/1‑148 (MQ=255) tCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAgg < 2:352341/137‑1 (MQ=255) tCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAgg > 1:352341/1‑137 (MQ=255) gCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCa < 5:215735/147‑1 (MQ=255) gCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACt > 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cgccCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCa < 6:108818/149‑1 (MQ=255) cgccCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCa > 5:162929/1‑149 (MQ=255) ccACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCAttt < 5:66718/149‑1 (MQ=255) cacaGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTTTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtg < 7:45282/149‑1 (MQ=255) aGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgcgg < 6:138319/149‑3 (MQ=255) ggTCAATGCTGCTGCCTTGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCATGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGTTAGACAGCATCACTGTACTCCATAAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGatgctg < 6:313820/149‑1 (MQ=255) ggTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTgctgct < 3:71244/148‑1 (MQ=255) gTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTgctgct > 2:276219/1‑147 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTc > 6:230359/1‑118 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTc < 5:230359/118‑1 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAg < 7:282613/149‑1 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAg < 1:113905/149‑1 (MQ=255) gctgctgctgcGGGCCAGGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgct < 2:226910/139‑1 (MQ=255) gctgctgctgcGGGCCAGGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgct > 1:226910/3‑141 (MQ=255) aaTGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggc < 4:214441/149‑1 (MQ=255) gctgctgcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcgg > 2:239048/1‑148 (MQ=255) ctgctgcCTGGCCCGCATCAGCAGCGCTGCCAGGGGACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAATCCTCTCGTCTAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcggc < 8:65264/148‑1 (MQ=255) tgctgcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcggacg > 1:55404/1‑146 (MQ=255) gctgcCTGGCCCACAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagc < 8:223854/149‑1 (MQ=255) gcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccag > 6:28769/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccagc > 6:356079/1‑149 (MQ=255) gCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACg > 8:207791/1‑112 (MQ=255) gCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACg < 7:207791/112‑1 (MQ=255) gCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCttt < 6:162929/148‑1 (MQ=255) | GCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTT > NC_002947/2351622‑2351913 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |