| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,351,768 | C→A | 6.7% | R499R (CGG→CGT) ‡ | PP_2067 ← | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,351,768 | 0 | C | A | 6.7% | 357.5 / 10.8 | 114 | R499R (CGG→CGT) ‡ | PP_2067 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/50); new base A (4/4); total (60/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCA > NC_002947/2351622‑2351916 | gCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 1:197081/1‑149 (MQ=255)gCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 1:202700/1‑149 (MQ=255) cTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 5:41522/1‑148 (MQ=255) cATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCgcagca < 1:46404/149‑1 (MQ=255) aGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCagcagcagc > 7:106211/1‑149 (MQ=255) ccACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAgg < 5:51458/149‑1 (MQ=255) ccACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAACAGCGCTGCCAgg > 5:65654/1‑149 (MQ=255) cACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTTGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACACCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCATCAGCCGCGCTGCCAggg > 8:208079/1‑149 (MQ=255) cACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagca > 6:316720/1‑137 (MQ=255) cACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagca < 5:316720/137‑1 (MQ=255) aCGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGc > 7:336359/1‑149 (MQ=255) tAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGAc < 2:197081/149‑1 (MQ=255) gcgcGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCgcag > 7:71584/1‑120 (MQ=255) gTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGc < 7:104525/149‑1 (MQ=255) gTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGc < 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aCCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCACGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCa > 7:65264/1‑149 (MQ=255) tttGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTTACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAgg > 8:250388/1‑148 (MQ=255) tttGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAgg > 5:245256/1‑148 (MQ=255) tGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTa < 5:36337/148‑1 (MQ=255) cTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGaa < 7:114463/149‑1 (MQ=255) 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< 7:208079/148‑1 (MQ=255) ccAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTg > 5:138319/1‑149 (MQ=255) aTTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCACAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAg > 7:223854/1‑149 (MQ=255) tCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAACAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGc < 6:65654/148‑1 (MQ=255) aTCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagcatt > 5:158561/1‑85 (MQ=37) aTCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCacac < 7:157935/102‑1 (MQ=255) aTCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCAt > 6:180752/1‑149 (MQ=255) 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ccACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCAttt < 5:66718/149‑1 (MQ=255) cacaGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTTTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtg < 7:45282/149‑1 (MQ=255) aGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgcgg < 6:138319/149‑3 (MQ=255) ggTCAATGCTGCTGCCTTGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCATGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGTTAGACAGCATCACTGTACTCCATAAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGatgctg < 6:313820/149‑1 (MQ=255) ggTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTgctgct < 3:71244/148‑1 (MQ=255) gTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTgctgct > 2:276219/1‑147 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTc > 6:230359/1‑118 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTc < 5:230359/118‑1 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAg < 1:113905/149‑1 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAg < 7:282613/149‑1 (MQ=255) gctgctgctgcGGGCCAGGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgct > 1:226910/3‑141 (MQ=255) gctgctgctgcGGGCCAGGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgct < 2:226910/139‑1 (MQ=255) aaTGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggc < 4:214441/149‑1 (MQ=255) gctgctgcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcgg > 2:239048/1‑148 (MQ=255) ctgctgcCTGGCCCGCATCAGCAGCGCTGCCAGGGGACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAATCCTCTCGTCTAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcggc < 8:65264/148‑1 (MQ=255) tgctgcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcggacg > 1:55404/1‑146 (MQ=255) gctgcCTGGCCCACAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagc < 8:223854/149‑1 (MQ=255) gcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccag > 6:28769/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccagc > 6:356079/1‑149 (MQ=255) gCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACg > 8:207791/1‑112 (MQ=255) gCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACg < 7:207791/112‑1 (MQ=255) gCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCttt < 6:162929/148‑1 (MQ=255) ccGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCa < 1:276219/149‑1 (MQ=255) | GCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCA > NC_002947/2351622‑2351916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |