| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,351,769 | C→G | 6.1% | R499P (CGG→CCG) ‡ | PP_2067 ← | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,351,769 | 0 | C | G | 6.1% | 369.8 / 10.7 | 114 | R499P (CGG→CCG) ‡ | PP_2067 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/50); new base G (3/4); total (60/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCA > NC_002947/2351622‑2351916 | gCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 1:197081/1‑149 (MQ=255)gCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 1:202700/1‑149 (MQ=255) cTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCg > 5:41522/1‑148 (MQ=255) cATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCgcagca < 1:46404/149‑1 (MQ=255) aGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagcatt < 5:51068/149‑3 (MQ=255) aGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCagcagcagc > 7:106211/1‑149 (MQ=255) ccACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAgg < 5:51458/149‑1 (MQ=255) ccACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAACAGCGCTGCCAgg > 5:65654/1‑149 (MQ=255) cACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTTGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACACCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCATCAGCCGCGCTGCCAggg > 8:208079/1‑149 (MQ=255) cACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCGGGCCAGgcagcagca > 6:316720/1‑137 (MQ=255) aCGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGc > 7:336359/1‑149 (MQ=255) tAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGAc > 6:36337/1‑149 (MQ=255) tAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGAc < 2:202700/149‑1 (MQ=255) tAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGACCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGAc < 2:197081/149‑1 (MQ=255) gcgcGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCgcag > 7:71584/1‑120 (MQ=255) gTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGc < 5:135321/149‑1 (MQ=255) gTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGc < 7:104525/149‑1 (MQ=255) ggTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTTTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCa > 5:273742/1‑126 (MQ=255) ggTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTTTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCa < 6:273742/126‑1 (MQ=255) 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1:226910/3‑141 (MQ=255) gctgctgctgcGGGCCAGGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgct < 2:226910/139‑1 (MQ=255) aaTGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggc < 4:214441/149‑1 (MQ=255) gctgctgcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcgg > 2:239048/1‑148 (MQ=255) ctgctgcCTGGCCCGCATCAGCAGCGCTGCCAGGGGACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAATCCTCTCGTCTAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcggc < 8:65264/148‑1 (MQ=255) tgctgcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcggacg > 1:55404/1‑146 (MQ=255) gctgcCTGGCCCACAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagc < 8:223854/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccagc > 6:356079/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccagc < 3:140226/149‑1 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagcca < 5:167361/147‑1 (MQ=255) ggCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCAA‑GGTAGAACCCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGACGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCttt > 7:17400/1‑149 (MQ=255) gCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACg > 8:207791/1‑112 (MQ=255) gCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACg < 7:207791/112‑1 (MQ=255) gCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCttt < 6:162929/148‑1 (MQ=255) ccGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCa < 1:276219/149‑1 (MQ=255) cGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCa > 1:89642/1‑149 (MQ=255) | GCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCA‑GGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGCTTTGCA > NC_002947/2351622‑2351916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |