Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,381,402 | T→G | 9.7% | intergenic (+31/+56) | oprF → / ← cobA | porin F/uroporphyrinogen‑III C‑methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,381,402 | 0 | T | G | 9.7% | 284.6 / 18.2 | 101 | intergenic (+31/+56) | oprF/cobA | porin F/uroporphyrinogen‑III C‑methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/44); new base G (4/6); total (51/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CCGTGTTGACTCGGTTGGCTACGGCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGCAAACCAAAC > NC_002947/2381257‑2381545 | ccGTGTTGACTCGGTTGGCTACGGCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCgg < 4:2353/149‑1 (MQ=255) gtgtTGACTCGGTTGGCTACGGCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGcc < 3:58138/149‑1 (MQ=255) gACTCGGTTGGCTACGGCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGtt > 7:178720/1‑149 (MQ=255) gACTCGGTTGGCTACGGCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGtt > 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ggCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGGCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGt < 4:207340/149‑1 (MQ=255) cGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGAGCAGTCAACCGTCGCGTTGCAGCTCAGGTAGAAGCCAAGGCCAAGTAAATGATTAGAAGCTTCATGAAAAACCCGGACTACGACGGGTTAATCATTTCCAGGGTTTTAAcagc > 2:90444/1‑146 (MQ=255) gTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGc > 3:136029/1‑149 (MQ=255) gTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGc > 2:64567/1‑149 (MQ=255) ccGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGc < 2:144618/131‑1 (MQ=255) 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cATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTa < 1:86316/148‑1 (MQ=255) aaagAAAAACCCGGCCGAGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTAc > 2:234243/4‑149 (MQ=255) tGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCAc > 7:290695/1‑130 (MQ=255) tGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCAc < 8:290695/130‑1 (MQ=255) tGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACg > 3:62116/1‑148 (MQ=255) aaaaaCCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaa < 7:190538/149‑1 (MQ=255) aaaCCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaac > 7:127278/1‑149 (MQ=255) aaaCCCGGCCGAGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTcc > 8:56098/1‑118 (MQ=255) aaaCCCGGCCGAGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTcc < 7:56098/118‑1 (MQ=255) aCCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaacc > 4:321597/1‑148 (MQ=255) aCCCGGCCGAGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaac < 2:187196/147‑1 (MQ=255) aCCCGGCCGAGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaac > 1:187196/1‑147 (MQ=255) ccGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaaccaaa > 5:196640/1‑149 (MQ=255) ccTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaaccaaac > 6:142114/1‑146 (MQ=255) ccTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaaccaaac < 5:142114/146‑1 (MQ=255) | CCGTGTTGACTCGGTTGGCTACGGCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGCAAACCAAAC > NC_002947/2381257‑2381545 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |