| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,381,403 | C→A | 10.5% | intergenic (+32/+55) | oprF → / ← cobA | porin F/uroporphyrinogen‑III C‑methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,381,403 | 0 | C | A | 10.5% | 305.6 / 15.4 | 101 | intergenic (+32/+55) | oprF/cobA | porin F/uroporphyrinogen‑III C‑methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/44); new base A (5/6); total (51/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CCGTGTTGACTCGGTTGGCTACGGCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGCAAACCAAAC > NC_002947/2381257‑2381545 | ccGTGTTGACTCGGTTGGCTACGGCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCgg < 4:2353/149‑1 (MQ=255) gtgtTGACTCGGTTGGCTACGGCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGcc < 3:58138/149‑1 (MQ=255) gACTCGGTTGGCTACGGCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGtt > 7:178720/1‑149 (MQ=255) gACTCGGTTGGCTACGGCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGtt > 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7:190538/149‑1 (MQ=255) aaaCCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaac > 7:127278/1‑149 (MQ=255) aaaCCCGGCCGAGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTcc > 8:56098/1‑118 (MQ=255) aaaCCCGGCCGAGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTcc < 7:56098/118‑1 (MQ=255) aCCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaacc > 4:321597/1‑148 (MQ=255) aCCCGGCCGAGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaac < 2:187196/147‑1 (MQ=255) aCCCGGCCGAGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaac > 1:187196/1‑147 (MQ=255) ccGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaaccaaa > 5:196640/1‑149 (MQ=255) ccTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaaccaaac > 6:142114/1‑146 (MQ=255) ccTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGcaaaccaaac < 5:142114/146‑1 (MQ=255) | CCGTGTTGACTCGGTTGGCTACGGCGAAACCCGTCCGGTTGCTGACAACGCCACCGAAGAAGGCCGTGCTGTCAACCGTCGCGTTGAAGCTCAGGTAGAAGCCCAGGCCAAGTAATTGGTTTGAAGCTTCATGAAAAACCCGGCCTCGGCCGGGTTTTTCTTTGCCTGGGTTTTAACCGGCCCTGAAGGCCGCTCCTGCGGTCAGCCTGCGATTGCGATCCGCCCCATAGCCTGCTGCTCCCCAACCACCTCCCCAATCACCAGGATTGCCGGGCTACGCAAACCAAAC > NC_002947/2381257‑2381545 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |