| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,397,173 | G→C | 9.9% | R828R (CGC→CGG) | PP_2100 ← | two‑component system sensor protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,397,173 | 0 | G | C | 9.9% | 338.2 / 21.6 | 111 | R828R (CGC→CGG) | PP_2100 | two‑component system sensor protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (55/45); new base C (7/4); total (62/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TGCCGATGCCACTGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGA > NC_002947/2397028‑2397319 | tgccgatgccACTGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAgcg > 6:363682/1‑148 (MQ=255) ccgatgccACTGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAg > 1:279432/1‑149 (MQ=255) cgatgccACTGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGc > 5:315475/1‑149 (MQ=255) cgatgccACTGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGc < 7:310234/149‑1 (MQ=255) cgatgccACTGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGc > 8:310234/1‑149 (MQ=255) atgcgACTGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGGTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCgg < 1:216934/149‑1 (MQ=255) atgccACTGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATCGCAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCg > 1:98690/1‑149 (MQ=255) ccACTGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTc < 6:38451/149‑1 (MQ=255) cACTGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGACCCGCTGCgcttc > 6:277211/1‑144 (MQ=255) gcgcACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTc > 3:293476/1‑141 (MQ=255) cgcACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAggtg < 8:285012/149‑3 (MQ=255) cgcACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGa > 4:12484/1‑148 (MQ=255) cACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAggtgct < 5:277211/149‑5 (MQ=255) tccagctccagTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGa < 1:304974/142‑1 (MQ=255) tccagctccagTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGa > 2:304974/1‑142 (MQ=255) tccagctccagTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGATGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAggt < 3:79370/142‑2 (MQ=255) tccagctccagTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGATGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAggt > 4:79370/1‑141 (MQ=255) cagctccagTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGc > 4:21370/1‑149 (MQ=255) 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aCCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGCCCAGCGCCGCCAg > 7:166917/1‑149 (MQ=255) ccAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCa > 8:336710/1‑126 (MQ=255) ccAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCa < 7:336710/126‑1 (MQ=255) cAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGt > 7:192013/1‑149 (MQ=255) gTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGa < 6:369041/149‑1 (MQ=255) gTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGa < 4:141771/149‑1 (MQ=255) ttGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGac < 1:181606/149‑1 (MQ=255) aCAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGTCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGaatcgg > 6:155819/1‑144 (MQ=255) catgtccTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCt > 1:39947/6‑149 (MQ=255) tgtccTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTcc > 2:70522/4‑149 (MQ=255) gtccTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCg > 7:43895/3‑149 (MQ=255) cACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCg > 1:54380/1‑149 (MQ=255) ccTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCggg > 7:37480/1‑149 (MQ=255) cTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCAcc > 8:284728/1‑112 (MQ=39) cTGCTTGACCCGCTGCGCTTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCgggg > 5:282062/1‑149 (MQ=255) cTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCgggg > 6:149792/1‑149 (MQ=255) cTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAgc > 6:163362/1‑121 (MQ=255) cTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAgc < 5:163362/121‑1 (MQ=255) ttGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGAACTGCACCTCCAGGGCCAGGACAATCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTAGAACACCTCCGGGGCCAg > 2:297921/1‑149 (MQ=255) aaGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATgcgcgc < 8:193071/101‑1 (MQ=255) aaGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATgcgcgc > 7:193071/1‑101 (MQ=255) aaGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAggg < 7:103623/148‑1 (MQ=255) aGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGa < 2:337028/148‑1 (MQ=255) aGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGa > 1:337028/1‑148 (MQ=255) | TGCCGATGCCACTGTCGCGCACCTCCAGCTCCAGTACGGCTGGTGTGCTGGTTCCGTCATC‑CAGCAGCCTGACGCTGATGCGCACCTGACCGTGCTCGGTGAACTTGATGGCATTGCTCACCAGGTTGGACAGCACCTGCTTGAAGCGCAGCGGGTCAAGCAGGACATGGCAGCGTGCGGCCGGGGCGATCTGCACCTCCAGGGCCAGGCCTTTCTGCCGCGCCTGACCATCGAAAATGCGCGCCACCGATTCGACCAGCGCCGCCAGGTCGACCACCTCCGGGGCCAGGGA > NC_002947/2397028‑2397319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |