Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,406,964 | A→T | 6.4% | intergenic (+219/+35) | PP_2110 → / ← PP_2111 | ribosomal large subunit pseudouridine synthase/aerotaxis receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,406,964 | 0 | A | T | 6.4% | 364.3 / 8.1 | 118 | intergenic (+219/+35) | PP_2110/PP_2111 | ribosomal large subunit pseudouridine synthase/aerotaxis receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/50); new base T (5/3); total (65/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCGG > NC_002947/2406824‑2407111 | ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGCCCGGGCTGGACGCGTATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGt > 1:80283/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAt > 3:77917/1‑149 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAg > 6:87568/1‑149 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAg < 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ccGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGt > 5:356469/1‑149 (MQ=255) tCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGtctc > 2:221681/1‑148 (MQ=255) cTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGtctc < 1:221681/146‑1 (MQ=255) tACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGc > 8:49700/1‑149 (MQ=255) cttGGACCGGGCTGGACGCGCATCATTTGTTCGACACATGCATGGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGGCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCtt < 5:5611/147‑1 (MQ=38) 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(MQ=255) tCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCTGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTccac > 5:370805/1‑147 (MQ=255) cAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAg > 6:317489/1‑149 (MQ=255) aGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTcca < 5:86812/144‑1 (MQ=255) aGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTcca > 6:86812/1‑144 (MQ=255) tGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTTGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGa < 3:283/149‑1 (MQ=255) 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cACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTc > 8:216932/1‑149 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTg > 5:217760/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGcc < 4:15085/134‑1 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGcc > 3:15085/1‑134 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTgg > 7:204810/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTgg > 8:23642/1‑149 (MQ=255) cgcgAACACCGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGt < 3:280259/149‑1 (MQ=255) cacCGGCTCTGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGt > 2:151852/1‑87 (MQ=255) cacCGGCTCTGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGt < 1:151852/87‑1 (MQ=255) cacCGGCTCTGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGc > 3:254773/1‑147 (MQ=255) cGGCAGAGCCGGTGCCAT‑CCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGtt < 7:216932/149‑1 (MQ=255) 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NC_002947/2406824‑2407111 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |