| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,406,965 | G→C | 5.9% | intergenic (+220/+34) | PP_2110 → / ← PP_2111 | ribosomal large subunit pseudouridine synthase/aerotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,406,965 | 0 | G | C | 5.9% | 389.3 / 10.6 | 118 | intergenic (+220/+34) | PP_2110/PP_2111 | ribosomal large subunit pseudouridine synthase/aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/49); new base C (4/3); total (65/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCGGC > NC_002947/2406824‑2407112 | ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGCCCGGGCTGGACGCGTATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGt > 1:80283/1‑149 (MQ=255) tCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATc > 5:249658/1‑149 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATccc > 6:344897/1‑149 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAg > 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cccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTg > 5:217760/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGcc < 4:15085/134‑1 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTgg > 7:204810/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTgg > 8:23642/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCCGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTgg > 4:112641/1‑149 (MQ=255) cgcgAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGt < 3:280259/149‑1 (MQ=255) cacCGGCTCTGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGt < 1:151852/87‑1 (MQ=255) cacCGGCTCTGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGc > 3:254773/1‑147 (MQ=255) cGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGtt < 7:216932/149‑1 (MQ=255) gCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCg < 3:279703/140‑1 (MQ=255) gCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCg > 4:279703/1‑140 (MQ=255) cAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCgg < 6:101028/149‑1 (MQ=255) cAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCgg < 7:38437/149‑1 (MQ=255) agagCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCgg > 4:133091/1‑148 (MQ=255) gagCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCGGc > 6:361823/1‑148 (MQ=255) | CCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCGGC > NC_002947/2406824‑2407112 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |