Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,406,966 | A→T | 5.9% | intergenic (+221/+33) | PP_2110 → / ← PP_2111 | ribosomal large subunit pseudouridine synthase/aerotaxis receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,406,966 | 0 | A | T | 5.9% | 354.6 / 7.5 | 118 | intergenic (+221/+33) | PP_2110/PP_2111 | ribosomal large subunit pseudouridine synthase/aerotaxis receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/50); new base T (4/3); total (65/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.48e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCGGC > NC_002947/2406824‑2407112 | ccGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGCCCGGGCTGGACGCGTATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGt > 1:80283/1‑149 (MQ=255) tCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATc > 5:249658/1‑149 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATccc > 6:344897/1‑149 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAg > 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ttGTAGGAGCGTGTTCACCCGCGATCACCGGCAGAGCCGGTGCCATCGCCAGCGGATGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGATTACTGGCTACGCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGtgctgc < 4:335377/149‑1 (MQ=39) ttGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGtgctgc < 6:268345/149‑1 (MQ=255) ttGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGtgctgc > 5:268345/1‑149 (MQ=255) tAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCTAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTgcgc < 2:131355/148‑1 (MQ=255) aggaggGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGcc < 7:49700/148‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGt > 3:113284/1‑149 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGt > 3:311828/1‑149 (MQ=255) ggTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTcggc > 6:352986/1‑149 (MQ=255) gTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTcggcg < 2:291395/149‑1 (MQ=255) cACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTc > 8:216932/1‑149 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTg > 5:217760/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGcc < 4:15085/134‑1 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTgg > 7:204810/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTgg > 8:23642/1‑149 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAGAGCCCGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTgg > 4:112641/1‑149 (MQ=255) cgcgAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGt < 3:280259/149‑1 (MQ=255) cacCGGCTCTGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGt < 1:151852/87‑1 (MQ=255) cacCGGCTCTGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGc > 3:254773/1‑147 (MQ=255) cGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGtt < 7:216932/149‑1 (MQ=255) gCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCg < 3:279703/140‑1 (MQ=255) gCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCg > 4:279703/1‑140 (MQ=255) cAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCgg < 6:101028/149‑1 (MQ=255) cAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCgg < 7:38437/149‑1 (MQ=255) agagCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCgg > 4:133091/1‑148 (MQ=255) gagCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCGGc > 6:361823/1‑148 (MQ=255) | CCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATGGACCGGGCTGGACGCGCATCAGTGGTTCGACACAGGCATCGACGGCCCGGCACAGCATCGGTGGTTCGGCACAGCCGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCCCAGCGGAAGTCTCGAGCTTCAGCGGTTGAAGCGCTCCACCAGCGAATACTGGCTACCCGCCGTGCTGGTCAGTTCTTCGCTCAGCAGTGCCGAGTGCTGCGCCTGTTCGGCGGTCTGGTCGGCCAGTTCGGC > NC_002947/2406824‑2407112 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |