| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,447,418 | G→C | 5.5% | L269L (CTG→CTC) | nagZ → | beta‑N‑acetylglucosaminidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,447,418 | 0 | G | C | 5.5% | 419.7 / 10.1 | 126 | L269L (CTG→CTC) | nagZ | beta‑N‑acetylglucosaminidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/59); new base C (3/4); total (63/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
ACAACCAGCCCGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTGCGCGGATGCGTGGGCAAGGGTTTGCGCGAACCGATTATCGCCAG > NC_002947/2447270‑2447565 | aCAACCAGCCCGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTg < 5:148500/149‑1 (MQ=255) cAACCAGCCCGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGa < 3:264063/149‑1 (MQ=255) cAACCAGCCCGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGa < 7:24412/149‑1 (MQ=255) cAACCAGCCCGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGa < 1:265472/149‑1 (MQ=255) aaCCAGCCCGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATACTGCGTGGCGATCTGTGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGAGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAg > 2:93980/1‑149 (MQ=255) aCCAGCCCGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAgc > 4:31261/1‑149 (MQ=255) cAGCCCGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAgcgc > 8:187694/1‑149 (MQ=255) aGCCCGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGcc > 8:50303/1‑149 (MQ=255) aGCCCGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGcc > 6:358643/1‑149 (MQ=255) cccGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCgg > 1:214857/1‑149 (MQ=255) cccGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCgg < 2:214857/149‑1 (MQ=255) cccGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTCAGCGCCgc < 7:6376/149‑2 (MQ=255) cGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAAGCGGCGCTCAGCGCCgcct > 8:47732/1‑146 (MQ=255) cTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTtgt < 2:341309/149‑1 (MQ=255) gCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGTTGATTTTCAGTGATGACATGTCGATGGCAGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGa > 8:269253/1‑148 (MQ=255) gCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGa > 3:13681/1‑148 (MQ=255) ttCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGatat > 6:213026/1‑149 (MQ=255) ctcGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATg < 3:58261/148‑1 (MQ=255) ctcGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGGGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATg < 6:231592/148‑1 (MQ=255) tcGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATggg > 5:281381/1‑149 (MQ=255) tcGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGAGGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCAGGTGGTGGGCGCCGCGGCCAGCCGTATCGAGGAGGCGCTGAGCGCCGGTGGTGAGATggg > 2:359448/1‑149 (MQ=255) cggcgTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCt > 8:116441/1‑149 (MQ=255) ggttgCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGtgtg < 5:358643/148‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCGAGCTTGGCTGTGATGGGGTGAGTTTCCGTGATGACCTGGCGATGGCCGGTGCGCATGTGGGGTGCGACGCTGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGCCCGGGCGGCGGCGGAg < 1:359448/149‑1 (MQ=255) gCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGATCGGGCGGCGGCGGAGCTgg < 6:281381/149‑1 (MQ=255) cTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCg < 7:335685/100‑1 (MQ=255) cTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCg > 8:335685/1‑100 (MQ=255) tGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGgcg > 7:117264/1‑149 (MQ=255) gggCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGgcgc < 7:50303/149‑1 (MQ=255) ggCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTtgtg > 8:274998/1‑103 (MQ=255) cTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑Ga < 6:331954/149‑1 (MQ=255) cTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑Ga < 7:269253/149‑1 (MQ=255) tttGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGCCCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAg > 7:71827/1‑149 (MQ=255) aTGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTTTCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCt > 6:240157/1‑142 (MQ=255) aTGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTTTCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCt < 5:240157/142‑1 (MQ=255) gggTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTgcggcg < 2:264611/149‑1 (MQ=255) ggTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTgcggcg > 2:80646/1‑148 (MQ=255) ggTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTgcggcg > 5:246565/1‑148 (MQ=255) ggTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGgcgc > 8:186338/1‑149 (MQ=255) gTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAg < 5:159251/149‑1 (MQ=255) tgatgaCCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGGGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAgg > 2:295422/1‑149 (MQ=255) tgatgaCCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGgcgcagc < 5:126510/140‑1 (MQ=255) tgatgaCCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGgcgcagc > 6:126510/1‑140 (MQ=255) atgaCCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGcc < 6:301910/87‑1 (MQ=255) atgaCCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGcc > 5:301910/1‑87 (MQ=255) gaCCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTc > 7:211895/1‑147 (MQ=255) 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gTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTGCGCGGATGCGTGGGCAAgg < 2:80501/139‑1 (MQ=255) gTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTGCGCGGATGCGTGGGCAAgg > 1:80501/1‑139 (MQ=255) aGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTGCGCGGATGCGTGGGCAAGGGTTTGCGCGAACCGAt > 7:86232/1‑149 (MQ=255) aGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTGCGCGGATGCGTGGGCAAGGGTTTGCGCGAACCGAt > 5:308402/1‑149 (MQ=255) cggcgCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTGCGCGGATGCGTGGGCAAGGGTTTGCGCGAACCGATTAt < 8:150979/149‑1 (MQ=255) gcgcTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTGCGCGGATGCGTGGGCAAGGGTTTGCGCGAACCGATTATCg > 1:110668/1‑149 (MQ=255) gcTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTGCGCGGATGCGTGGGCAAGGGTTTGCGCGAACCGATTATCGcc < 2:110668/149‑1 (MQ=255) gcTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTGCGCGGATGCGTGGGCAAGGGTTTGCGCGAACCGATTATCGc > 7:193688/1‑148 (MQ=255) gcTCAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTGCGCGGATGCGTGGGCAAGGGTTTGCGCGAACCGATTATCGcc < 6:154958/149‑1 (MQ=255) tGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTgcgc > 7:238361/1‑108 (MQ=255) tGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTgcgc < 8:238361/108‑1 (MQ=255) tGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTGCGCGGATGCGTGGGCAAGGGTTTGCGCGAACCGATTATCGCcag > 7:40548/1‑149 (MQ=255) | ACAACCAGCCCGCTGGCTTCTCGCGGCGTTGGTTGCAGGACATCCTGCGTGGCGAGCTGGGCTTTGATGGGGTGATTTTCAGTGATGACCTGTCGATGGCCGGTGCGCATGTGGTGGGCGACGCGGCCAGCCGTATCGAGGCGGCGCTGAGCGCCGGTTGTGATATGGGCCTGGTGTGCAATGACCGGGCGGCGGCGGAGCTGGCGCT‑GAGTGCGGCGCAGCGCATGAAGGTCAAGCCATCGCCGCGGATTGCGCGGATGCGTGGGCAAGGGTTTGCGCGAACCGATTATCGCCAG > NC_002947/2447270‑2447565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |