| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,462,930 | T→A | 5.8% | L229Q (CTG→CAG) | lolD → | lipoprotein‑releasing system ATP‑binding protein LolD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,462,930 | 0 | T | A | 5.8% | 329.2 / 5.1 | 108 | L229Q (CTG→CAG) | lolD | lipoprotein‑releasing system ATP‑binding protein LolD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/44); new base A (3/4); total (60/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
ACCTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTCG > NC_002947/2462786‑2463075 | cTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGc > 4:85464/1‑149 (MQ=255) gACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCAt < 3:251903/149‑1 (MQ=255) accaccATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCAGGTGGCCATc < 4:109385/149‑1 (MQ=255) ccaTACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTAGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGAt > 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cGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTg > 2:242238/1‑149 (MQ=255) cccAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGAGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCAGGCGCGGCAGATGGCCCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGCCCACCAGGTGGCCAACTGATCGACTg > 4:237426/1‑147 (MQ=255) aaGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCgg‑g > 4:318632/1‑149 (MQ=255) ggCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGt < 6:213611/149‑1 (MQ=255) gCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCAGG‑GGTg > 4:332965/1‑149 (MQ=255) cATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTgg > 6:322307/1‑149 (MQ=255) ccAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCtggt < 8:138411/120‑1 (MQ=255) ccAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCGGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAg < 1:186550/149‑1 (MQ=255) ccAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGAACTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCtggt > 7:138411/1‑120 (MQ=255) cAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAg < 5:292217/148‑1 (MQ=255) aGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGAGCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCtggtg > 8:54747/1‑119 (MQ=255) 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gtggtCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGtt > 7:242618/1‑146 (MQ=255) gtggtCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTc < 6:263363/147‑1 (MQ=255) tCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGAccc > 8:39414/1‑149 (MQ=255) tCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGAccc < 3:127533/149‑1 (MQ=255) cagccACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACGGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCa < 5:5754/117‑1 (MQ=255) cACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCtggtg > 8:304317/1‑67 (MQ=255) 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aGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGc < 8:195944/149‑1 (MQ=255) gCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGc > 3:210082/1‑148 (MQ=255) cTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCCGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCGATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCaa > 6:157092/1‑149 (MQ=255) tCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAAc > 2:124335/1‑149 (MQ=255) tCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAAc > 6:365350/1‑149 (MQ=255) gacgaTGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCa > 3:350402/1‑149 (MQ=255) gaTGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACt > 4:40400/1‑148 (MQ=255) ccaccaGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCAtct > 5:304166/1‑149 (MQ=255) ccACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCAtct < 5:103684/149‑1 (MQ=255) cACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTac > 5:348574/1‑117 (MQ=255) cACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGc > 5:240791/1‑135 (MQ=255) aCCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTCg < 4:274589/149‑1 (MQ=255) aCCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTCg > 6:240395/1‑149 (MQ=255) aCCAGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTCg < 6:304166/149‑1 (MQ=255) | ACCTCGACCACCATACCGCCCAAGGCATCCAGGAGCTGATGCAGGAGCTGTCCAGCGCTTCGCGCACGGCATTCCTGGTGGTCACCCACGACCTCAACCTGGCGCGGCAGATGGACCGTGTGCTGAAGCTCGACGATGGCCACCTGGTGGCCATCTGATCGACTGCCGG‑GGTGGCAGGTGCTGCCCCGTTTTCCTGTTTCCATTGGGTGATTTCGTACATGTTCAGACCCTTGCCCATCTTTATCGGCGCGCGCTACACCCGAGCCAAGCGTCGCAACCACTTCATCTCG > NC_002947/2462786‑2463075 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |