| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,711,620 | T→C | 11.3% | T1162A (ACC→GCC) ‡ | metH ← | cobalamin‑dependent methionine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,711,620 | 0 | T | C | 11.3% | 180.5 / 12.8 | 71 | T1162A (ACC→GCC) ‡ | metH | cobalamin‑dependent methionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/31); new base C (3/5); total (35/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.56e-01 | |||||||||||
CTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAGTGCTCTT > NC_002947/2711474‑2711766 | cTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGc > 8:297527/1‑149 (MQ=255) cGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCa > 5:238897/1‑149 (MQ=255) gATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCa < 5:146441/148‑1 (MQ=255) gTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATc < 2:109420/144‑1 (MQ=255) gTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCACCGCCATCggtga < 5:312223/149‑5 (MQ=255) gTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCACCGCCATCggtg > 6:312223/1‑145 (MQ=255) gTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCACCGCCATCg < 4:85308/145‑1 (MQ=255) tCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAg < 6:238897/149‑1 (MQ=255) ccTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAgg < 7:332561/149‑1 (MQ=255) cTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGc > 2:211593/1‑149 (MQ=255) cTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGc < 6:181603/149‑1 (MQ=255) ccTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACaga < 7:297527/149‑1 (MQ=255) ccTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACaga < 8:76711/149‑1 (MQ=255) ttGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGt > 3:240108/1‑149 (MQ=255) tACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCACCGCCATCgg < 4:96950/128‑2 (MQ=255) tACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCACCGCCATCgg > 3:96950/1‑127 (MQ=255) ggCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCtttt > 2:332078/1‑149 (MQ=255) aCTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGTGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCa > 6:240217/1‑143 (MQ=255) aCTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCa < 5:240217/143‑1 (MQ=255) ccTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTTACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCggag > 1:101495/1‑147 (MQ=255) ccTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCgggg < 4:270324/149‑1 (MQ=255) ccTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCACCGCCATCgg < 6:109235/111‑2 (MQ=255) gAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAAc < 3:63835/149‑1 (MQ=255) gAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAAc < 1:211593/149‑1 (MQ=255) aaGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGACGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGGCGGGGCAGGCCGGATAAcc < 6:114893/149‑1 (MQ=255) tACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAgt < 4:334696/122‑1 (MQ=255) tACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAgt > 3:334696/1‑122 (MQ=255) cAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGgcg > 3:289184/1‑148 (MQ=255) aGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAgg < 4:68392/95‑1 (MQ=255) aGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATACCCCGgcg > 2:231082/1‑147 (MQ=255) cGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAggg > 5:247672/1‑149 (MQ=255) aCCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCg < 4:113308/136‑1 (MQ=255) aCCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCg > 3:113308/1‑136 (MQ=255) ccgccgccgGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCg < 4:36499/149‑1 (MQ=255) tCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCtt > 5:158514/1‑148 (MQ=255) gAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGAt > 6:352298/1‑147 (MQ=255) aGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAgc < 4:240108/149‑1 (MQ=255) aGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAgc < 4:289184/149‑1 (MQ=255) tGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTTACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGAGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAgcgc < 2:101495/149‑1 (MQ=255) tCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTc > 1:193830/1‑149 (MQ=255) gTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGtt < 6:247672/149‑1 (MQ=255) gTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTc < 3:32439/126‑1 (MQ=255) gTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTc > 4:32439/1‑126 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1:169398/101‑1 (MQ=255) ctgctcGATGGCACCGCCATCGGGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTcc > 2:169398/6‑106 (MQ=255) tCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGcc > 1:312258/1‑149 (MQ=255) aCCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGtt < 5:17047/120‑1 (MQ=255) aCCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGtt > 6:17047/1‑120 (MQ=255) aCCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGccc > 7:243133/1‑148 (MQ=255) aCCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGccc > 8:170320/1‑148 (MQ=255) cGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAg > 8:71643/1‑149 (MQ=255) gCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAGTGct > 1:148309/1‑148 (MQ=255) ggTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAGTGCTCtt < 5:329128/149‑1 (MQ=255) tGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGt > 3:189842/1‑117 (MQ=255) tGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGt < 4:189842/117‑1 (MQ=255) | CTCGATCTGGTCCTTGTCGACCTTGCCTACGGCAAAATACTTCGCCTGCGGGTGGGCGAAGTACCAGCCGCTGACCGCCGCCGCCGGGAACATCGCGAAGTGCTCGGTGAGGTACACCCCGCTCGGCCCGGTTTCACCGATGGCGGTGCCATCGAGCAGGCGGAACAGAGTTTCCTTTTCAGTGTGGTCGGGGCAGGCCGGATAACCCGGCGCAGGGCGGATGCCGCTGTACTGTTCCTTGATCAGCGCCTCGTTGTCCAGGTGCTCGTCGCGGGCATAGCCCCAGTGCTCTT > NC_002947/2711474‑2711766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |