Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,722,221 | G→A | 8.6% | V248M (GTG→ATG) | PP_2382 → | putative transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,722,221 | 0 | G | A | 8.6% | 161.4 / 4.6 | 58 | V248M (GTG→ATG) | PP_2382 | putative transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/29); new base A (3/2); total (27/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.58e-01 |
TGGGTGCGCCATAATCAGGGATGCGGCGGGCAGTGTGAGTCAGTTGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTGGTGCTGCGTTACTGGATGCTCTATGGCGG > NC_002947/2722079‑2722369 | tGGGTGCGCCATAATCAGGGATGCGGCGGGCAGTGTGAGTCAGTTGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGATTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTgg < 8:169991/149‑1 (MQ=255) ggTGCGCCATAATCAGGGATGCGGCGGGCAGTGTGAGTCAGTTGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGa < 7:330712/148‑1 (MQ=255) cATAATCAGGGATGCGGCGGGCAGTGTGAGTCAGTTGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCg > 3:42957/1‑149 (MQ=255) tCAGGGATGCGGCGGGCAGTGTGAGTCAGTTGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTTGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGc > 8:210377/1‑132 (MQ=255) tCAGGGATGCGGCGGGCAGTGTGAGTCAGTTGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTTGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGc < 7:210377/132‑1 (MQ=255) cggcggGCAGTGTGAGTCAGTTGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAgcggc < 7:116763/148‑1 (MQ=255) gcggGCAGTGTGAGTCAGTTGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGt > 2:278599/1‑149 (MQ=255) tgtgAGTCAGTTGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACg > 7:216916/1‑149 (MQ=255) gtgGGTCAGTTGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACgt < 7:70413/149‑1 (MQ=255) aGTCAGTTGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGtt > 1:280438/1‑149 (MQ=255) ttGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACt < 1:46247/149‑1 (MQ=255) gAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTg < 1:278599/148‑1 (MQ=255) ggCCGGCAATGCGCCGATGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTg < 8:128248/149‑1 (MQ=255) ccGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCg > 1:271264/1‑149 (MQ=255) gCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCgg > 4:217157/1‑147 (MQ=255) gcCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACgg > 3:21945/1‑149 (MQ=255) gcCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCCCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACgg < 7:189066/149‑1 (MQ=255) cGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACggtg < 4:5184/149‑1 (MQ=255) tgttCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGttt > 3:41847/1‑122 (MQ=255) tgttCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGttt < 4:41847/122‑1 (MQ=255) cGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTgggg < 4:42957/148‑1 (MQ=255) gCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTggggg < 8:141550/148‑1 (MQ=255) tCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATg < 2:271264/149‑1 (MQ=255) aTTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGct > 4:50338/1‑149 (MQ=255) aTTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGct > 4:258768/1‑149 (MQ=255) gCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTggggg < 2:345134/138‑1 (MQ=255) gCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTggggg > 1:345134/1‑138 (MQ=255) tGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTacac > 1:275288/1‑149 (MQ=255) cacaCTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCt > 8:119458/1‑149 (MQ=255) acacTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCtt < 8:216916/149‑1 (MQ=255) acTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTg < 4:274677/86‑1 (MQ=255) acTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTg > 3:274677/1‑86 (MQ=255) tgtgCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGctc > 3:84323/1‑132 (MQ=255) tgtgCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGctc < 4:84323/132‑1 (MQ=255) tgtgCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATcc > 6:144991/1‑149 (MQ=255) tgCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCcgc < 2:280438/149‑1 (MQ=255) tgCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCcg < 1:342611/148‑1 (MQ=255) cGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGAt < 4:234466/81‑1 (MQ=255) cGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGAt > 3:234466/1‑81 (MQ=255) ttCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACaa < 2:275288/148‑1 (MQ=255) tCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAAc < 7:119458/148‑1 (MQ=255) cACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAg > 3:51352/1‑149 (MQ=255) aCGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAg > 3:26457/1‑148 (MQ=255) cGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACTCGCGCTTCAATCAGCGCACTACCGCAGGAttt > 6:251063/1‑148 (MQ=255) tGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTGGtg < 3:258768/149‑1 (MQ=255) gCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTGGTGCTGCGt < 3:217157/149‑1 (MQ=255) cTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGctc < 3:291856/103‑1 (MQ=255) cTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGctc > 4:291856/1‑103 (MQ=255) aTCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGTAGGATTGGTGCTGCGTTACTg > 7:138238/1‑149 (MQ=255) aTCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTGGTGCTGCGTTACt < 4:51352/148‑1 (MQ=255) tCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTGGTGCTGCGTTACTg < 3:50338/148‑1 (MQ=255) cTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTGGTGCTGCGTTACTGGAt > 3:93455/1‑149 (MQ=255) ctCCAGCACCGATGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTgg > 2:248763/2‑132 (MQ=255) ctCCAGCACCGATGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTgg < 1:253851/131‑1 (MQ=255) ctCCAGCACCGATGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTgg > 2:253851/2‑132 (MQ=255) ctCCAGCACCGATGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTgg < 1:248763/131‑1 (MQ=255) ctCCAGCACCGATGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTGGTGCTGCGTTACTGGATg > 7:274492/2‑149 (MQ=255) cAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTGGTGCTGCGTTACTGGATGct < 4:26457/148‑1 (MQ=255) ggTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTGGTGCTGCGTTACTGGATGCTCTATGGc < 4:21945/148‑1 (MQ=255) ggTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTGGTGCTGCGTTACTGGATGCTCTATGGCg < 5:144991/149‑1 (MQ=255) gTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTGGTGCTGCGTTACTGGATGCTCTATGGCgg > 3:255777/1‑149 (MQ=255) | TGGGTGCGCCATAATCAGGGATGCGGCGGGCAGTGTGAGTCAGTTGAGGGCCGGCAATGCGCCGTTGTTCGCTGTCATTGGCTGCACCACACTCTGTGCGATGTTCGCCACGTCGGTGATTCGCTTTATCCTTCCAGCATCGGTGCTGGAGCACTTCGCCTCTGAAGCGGCGGTTGGATACGTGTTTTCACTGCTTGCGGCAGGCACGGTGGTGGGGGGCATGCTCTACACGCGCTTCAATCCGCGCACAACCGCAGGATTGGTGCTGCGTTACTGGATGCTCTATGGCGG > NC_002947/2722079‑2722369 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |