| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,820,597 | C→T | 7.3% | intergenic (+398/+114) | PP_2473 → / ← PP_2474 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,820,597 | 0 | C | T | 7.3% | 201.7 / 4.2 | 68 | intergenic (+398/+114) | PP_2473/PP_2474 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/28); new base T (2/3); total (37/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
ATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTT > NC_002947/2820461‑2820740 | aTGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGttt > 8:123311/1‑149 (MQ=255) cccAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTTCGACCCGGGttttt < 7:78136/148‑2 (MQ=255) aGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGtt < 7:123311/149‑1 (MQ=255) gTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACt > 6:97159/1‑149 (MQ=255) gAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGt > 3:237984/1‑149 (MQ=255) aaaGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGtt > 8:262451/1‑149 (MQ=255) tctcCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTc < 5:261605/148‑1 (MQ=255) tcctcGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGa > 1:80277/1‑143 (MQ=255) tcctcGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGa < 2:80277/143‑1 (MQ=255) ctcGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCtttt > 7:184048/1‑149 (MQ=255) gTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTgg < 6:12001/148‑1 (MQ=255) gTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTAt < 5:97159/149‑1 (MQ=255) tCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGtt > 4:260213/1‑131 (MQ=255) tCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGtt < 3:260213/131‑1 (MQ=255) gATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAAt < 7:262451/149‑1 (MQ=255) atCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCAGTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAg > 2:31203/1‑148 (MQ=255) tCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGC‑AAAACCCGGGTTCGACCCGGGtttt > 5:183054/1‑103 (MQ=255) tCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGC‑AAAACCCGGGTTCGACCCGGGtttt < 6:183054/103‑1 (MQ=255) tCCCATGATCGGTGGTCCGTGAACTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGc > 7:79859/1‑148 (MQ=255) ccATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAAt > 1:275768/1‑149 (MQ=255) aTGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGCTGAGTCACTCGGTTGAGt < 3:165093/122‑1 (MQ=255) 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aaGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTggg > 6:44640/1‑108 (MQ=255) gTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCt > 4:176611/1‑149 (MQ=255) tttgatATTTGCTGGCTGATATACAGAAAGTGCTTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCtt < 4:189280/143‑1 (MQ=255) gggCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTg < 8:79859/148‑1 (MQ=255) tttGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATTCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAgg < 6:171843/146‑1 (MQ=255) tgATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGctct < 6:332996/112‑1 (MQ=255) tgATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGctct > 5:332996/1‑112 (MQ=255) tgATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCg > 8:251515/1‑148 (MQ=255) atatAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGTTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGaa < 8:184048/148‑1 (MQ=255) atatAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGaa < 7:89967/148‑1 (MQ=255) ataGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCgg > 3:208315/1‑69 (MQ=255) ataGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCgg < 4:208315/69‑1 (MQ=255) ataGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGt < 1:348750/86‑1 (MQ=255) ataGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGt > 2:348750/1‑86 (MQ=255) ataGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGc > 2:179039/1‑148 (MQ=255) gagaAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAgg > 1:129900/1‑149 (MQ=255) gagaAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGC‑TTTTTTGCGAAGCCAGGt > 7:170781/1‑149 (MQ=255) gaAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGt < 2:275768/148‑1 (MQ=255) gaAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGt < 7:252352/148‑1 (MQ=255) aaaGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGtt > 2:84024/1‑148 (MQ=255) tGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAAtt < 2:178446/149‑1 (MQ=255) tGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTGTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGGCAGGGTTAATTGGCATc > 2:172379/1‑149 (MQ=255) tGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCttttttt > 8:84242/1‑125 (MQ=255) tGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCttttttt < 7:84242/125‑1 (MQ=255) aaaaGCAAAAACCCGGGTCGAACCCTGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGTGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATc < 3:336934/144‑1 (MQ=255) 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aaaGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATc > 5:291168/1‑149 (MQ=255) aaaGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATc > 2:61991/1‑149 (MQ=255) aGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCa < 7:251515/149‑1 (MQ=255) gaaaaCCCGGGTTCGACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGtt < 4:40873/126‑1 (MQ=255) gaaaaCCCGGGTTCGACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGtt > 3:40873/2‑127 (MQ=255) aaaaaCCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTg > 8:117121/1‑149 (MQ=255) aaaaCCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGc < 7:117121/149‑1 (MQ=255) aCCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCg > 1:232517/1‑149 (MQ=255) cccGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGTGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATTTGCAGTGCTCgg > 2:116343/1‑148 (MQ=255) ccGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCt > 5:278456/1‑149 (MQ=255) cGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCtt < 6:278456/149‑1 (MQ=255) | ATGCCCAGGGGTTAGTTCGAAAGTTTCTCCTCGTGGGTCAGATATATCCCATGATCGGTGGTCCGTGAGCTAGAAGTTGGGCTATTTGCTGGCTGATATAGAGAAAGTGCGTCTGTAAAAAAGCAAAAACCCGGGTCGAACCCGGGTTTTCGGTTGAGTCACTCGGTTGAGTCCTTTTGGGGTATGAATTGAGCAATGCTGCTCTCAGACCGGCGTTGGTTTCTTGGAGGCTTTTTTTGCGAAGCCAGGTTTAATTGGCATCTATATCCAGTGCTCGCTT > NC_002947/2820461‑2820740 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |