Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,859,821 | G→A | 12.2% | G20S (GGC→AGC) | PP_5535 → | membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,859,821 | 0 | G | A | 12.2% | 104.5 / 3.3 | 42 | G20S (GGC→AGC) | PP_5535 | membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/17); new base A (3/2); total (22/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCCCTCGACGCGACACGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTCGGCTATGGCGCGGTGATATTGAGCTTCGTCGGTGCCCTTCACTGGGGGTTCGCCATGACGTTGCAGGA > NC_002947/2859680‑2859969 | ccccTCGACGCGACACGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCctgct > 3:272263/1‑149 (MQ=255) ccccTCGACGCGACACGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCAGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGAGGCctgct > 4:346494/1‑149 (MQ=255) cccTCGACGCGACACGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCctgctg < 4:272263/149‑1 (MQ=255) ccTCGACGCGACACGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCtgctgc < 7:269067/149‑1 (MQ=255) tCGACGCGACACGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACATGCCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGcc > 1:263928/1‑149 (MQ=255) cGACGCGACACGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGt < 7:268531/149‑1 (MQ=255) gACGCGACACGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCctgct < 5:251426/143‑1 (MQ=255) gACGCGACACGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGt < 5:359144/148‑1 (MQ=255) gcgACACGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCtgctgc < 8:106618/142‑1 (MQ=255) gcgACACGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCtgctgc > 7:106618/1‑142 (MQ=255) cacGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCAGCAGGCCGCCGtaacccag > 6:80364/1‑141 (MQ=255) ttCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCAGCAGGCCGCCGtaa < 5:5861/137‑3 (MQ=255) ttCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCAGCAGGCCGCCGtaa > 6:5861/1‑135 (MQ=255) tGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CGGTTCTTGATCCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCGGTTGCTACTGCTTTATCTGCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCAGCAGGCCGCCGtatc < 8:39563/134‑4 (MQ=255) tGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACgctgc > 2:265508/1‑149 (MQ=255) tGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTAGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCCCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCAGCAGGCCGCCGtaac > 7:39563/1‑131 (MQ=255) aaCCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACgctgc < 1:171316/147‑1 (MQ=255) ccTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTGTATTGGTTTGACGCTGCTCag > 2:176943/1‑148 (MQ=255) cTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATc > 5:52645/1‑149 (MQ=255) gacACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACgctg < 2:353896/133‑1 (MQ=255) gacACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACgctg > 1:353896/1‑133 (MQ=255) gacACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTggg < 3:337703/149‑1 (MQ=255) aT‑CCGATCATGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGa < 2:263928/148‑1 (MQ=255) gAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGCTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAg < 6:104915/139‑1 (MQ=255) ccGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTAcggcg < 6:170391/79‑1 (MQ=255) ccGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTAcggcg > 5:170391/1‑79 (MQ=255) gcCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGtt < 4:19171/85‑1 (MQ=255) gcCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGtt > 3:19171/1‑85 (MQ=255) ttGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTCGGCTATGGCGCGGTGATATTg < 6:52645/149‑1 (MQ=255) gCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTCGGCTATGGCGCGGTGATATTGAg > 2:288626/1‑149 (MQ=255) gCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTCGGCTATGGCGCGGTGata < 8:110797/138‑1 (MQ=255) gCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTCGGCTATGGCGCGGTGata > 7:110797/1‑138 (MQ=255) cTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTCGGCTATGGCGCGGTGATATTGAGCTtcgtc > 5:310047/1‑149 (MQ=255) ttATCTCCAAGCGGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGTAGCTGCTGATGCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTAGGCTATGGCGCGCTGATATTGAGCGTCGTCgg > 4:18159/1‑149 (MQ=255) tATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTCGGCTATGGCGCGGTGATATTGAGCTTCGTCGGt > 3:177377/1‑149 (MQ=255) aTCACCAACCCGCTACACTGACCTCGGTTACGGCGACCTGATCAAGTTTATAGGATTGACGCTGCTAATCCATTTTTGGGCTGAATATCGACCCTTATTCTCGATAATCCTCGTCCGCTAACGCGCCCTGATATTCAGCTTCGTCGCTg > 2:315820/1‑149 (MQ=255) cAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTCGGCTATGGCGCGGTGata > 1:13845/1‑128 (MQ=255) cAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTCGGCTATGGCGCGGTGata < 2:13845/128‑1 (MQ=255) cTTCACTGTCCTGGGGTAGGGCCTCCTGCTGGCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTGATCCTTTTTTTGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGTTGATTGTTGTGGGCTATGGCTCGGTGATATTGAGCTTCGTCGGTGCGCTTCACTggg < 1:315820/149‑1 (MQ=255) tGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGCTCGGCTATGGCGCGGTGATATTGAGCTTCGTCGGTGCCCTTCACTggg < 2:126639/143‑1 (MQ=255) tGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGCTCGGCTATGGCGCGGTGATATTGAGCTTCGTCGGTGCCCTTCACTggg > 1:126639/1‑143 (MQ=255) tCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTATTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTCGGCTATGGCGCGGTGATATTGAGCTTCGTCGGTGCCCTTCACTGGGGGTTCGc > 5:291194/1‑148 (MQ=255) aCGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCgatg > 6:84657/1‑77 (MQ=255) aCGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCgatg < 5:84657/77‑1 (MQ=255) ggcCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTCGGCTATGGCGCGGTGATATTGAGCTTCGTCGGTGCCCTTCACTGGGGGTTCGCCATGACGTTGCAGGa > 6:193316/1‑149 (MQ=255) | CCCCTCGACGCGACACGAATTCCTGAACCTCATTGGACGACACAATTGACAT‑CCGATCTTGAACCGTTGCGAAGGGGCGCCCAGATGAGTTCCGTTGCTACTGCTTTATCTCCAAGCCGCTTCACTGTCCTGGGTTACGGCGGCCTGCTGCCGTTTATTGGTTTGACGCTGCTCATCCTTTTTTGGGCTGAATATCGAGCGTTTTTCTCGATGATGCTGGTCGGCTATGGCGCGGTGATATTGAGCTTCGTCGGTGCCCTTCACTGGGGGTTCGCCATGACGTTGCAGGA > NC_002947/2859680‑2859969 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |