Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,060,956 | A→G | 8.7% | F182L (TTT→CTT) | PP_2673 ← | pentapeptide repeat‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,060,956 | 0 | A | G | 8.7% | 123.2 / 2.6 | 46 | F182L (TTT→CTT) | PP_2673 | pentapeptide repeat‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/20); new base G (2/2); total (24/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 |
TTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGCCCCTCATTTGTCCCAGGTCTCAGGGCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCTTTGCCCCGGACAGCCTGGCGAACTGCAGATAGGCT > NC_002947/3060810‑3061098 | ttCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGCCCCTCATTTGTCCCAGGTCTCAGGGCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACt > 3:199838/1‑149 (MQ=255) gTAAACCCGCGCCTACAGGCCCCTCATTTGTCCCAGGTCTCAGGGCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGcctc < 6:309596/149‑1 (MQ=255) aaCCCGCGCCTACAGGCCCCTCATTTGTCCCAGGTCTCAGGGCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGcctcct < 7:127589/148‑1 (MQ=255) ccGCGCCTACAGGCCCCTCATTTGTCCCAGGTCTCAGGGCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAg < 7:75683/149‑1 (MQ=255) cTCATTTGTCCCAGGTCTCAGGGCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGtt > 1:19118/1‑136 (MQ=255) cTCATTTGTCCCAGGTCTCAGGGCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGtt < 2:19118/136‑1 (MQ=255) tcAGGGCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAGTTCCCGTAATGCAGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGGGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTAGCCTCTTCGAGGt > 4:47815/1‑148 (MQ=255) aGGGCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGt < 4:199838/146‑1 (MQ=255) ggCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAGTTTGGccaga > 3:210255/1‑104 (MQ=255) ggCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAGTTTGGccaga > 3:205727/1‑104 (MQ=255) ggCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAGTTTGGccaga < 4:205727/107‑4 (MQ=255) ggCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAGTTTGGccaga < 4:210255/107‑4 (MQ=255) ggCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGc < 6:301077/133‑1 (MQ=255) gCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCACCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCt > 5:21089/1‑149 (MQ=255) ccTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAg < 2:294958/106‑1 (MQ=255) ccTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAg > 1:294958/1‑106 (MQ=255) ccTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCCCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCt > 6:177076/1‑148 (MQ=255) ttGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGc > 5:108702/1‑132 (MQ=255) ttGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGc < 6:108702/132‑1 (MQ=255) cACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAAc > 1:40992/1‑147 (MQ=255) ccATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCAtc > 7:318866/1‑149 (MQ=255) cATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCTTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTTGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCAtc < 3:47815/148‑1 (MQ=255) gCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGt < 8:318866/148‑1 (MQ=255) ctcctGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTccg > 6:102087/1‑149 (MQ=255) ctGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCAt > 1:512/1‑135 (MQ=255) ctGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCAt < 2:512/135‑1 (MQ=255) tGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTg < 2:82976/107‑1 (MQ=255) tGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTg < 2:78050/107‑1 (MQ=255) gAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCgccgcc > 1:316082/1‑149 (MQ=255) aaaTTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCt < 6:21089/148‑1 (MQ=255) ccGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCa < 5:175981/119‑1 (MQ=255) ccGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCa > 6:175981/1‑119 (MQ=255) tAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGc < 5:102087/149‑1 (MQ=255) tAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGc < 2:316082/149‑1 (MQ=255) gCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCtt > 4:176146/1‑149 (MQ=255) gcgTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAAACAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCTTTGccc > 5:268927/1‑149 (MQ=255) aaTCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCTTTGCCCCGGa < 6:268927/148‑1 (MQ=255) tgCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCCGCTTTGCCCCGGACAGCCTGGCg > 3:237585/1‑148 (MQ=255) tgCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCTTTGCCACGGACAGCCTGGCg > 7:173153/1‑148 (MQ=255) ccAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCTTTGCCCCGGACAGCCTGGCGAAc < 3:176146/149‑1 (MQ=255) ccAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCTTTGCCCCGGACAGCCTGGCGAAc > 2:153998/1‑149 (MQ=255) gTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCTTTGCCCCGGACAGCCTGGCGAACTg > 8:154744/1‑147 (MQ=255) ttGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCTTTGCCCCGGACAGCCTGGCGAACTGCa < 2:40992/148‑1 (MQ=255) ctctGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCTTTGCCCCGGACAGCCTGGCGAACTGCAGa > 2:170378/1‑147 (MQ=255) tctGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCTTTGCCCCGGACAGCCTGGCGAACTGCAGATAg > 3:238246/1‑149 (MQ=255) ggCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCTTTGCCCCGGACAGTCTGGCGAACTGCAGATAGGCt > 1:136105/1‑149 (MQ=255) aCTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCGTCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAGAGCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCctg < 1:234548/101‑1 (MQ=255) aCTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCGTCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCctg > 2:234548/1‑100 (MQ=255) | TTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGCCCCTCATTTGTCCCAGGTCTCAGGGCACCCCTTGCACCCCTCCATGTTGGCCTCCTGAAAATTCCCGTAATGCTGCCGTGCCCCGCGTAAATCGGCGTGTGCCAGGTTGCTCTGGCCAAACTTGGCCTCCTGCAGGTTGGCATCCCCCAGGTTGGCCTCTTGCAGGTCAGCCTTGCTCAACCAG‑GCCATCTCCAGGTCCGCCGCCTGCAAGTTGGCCTGCTGCAGCTTTGCCCCGGACAGCCTGGCGAACTGCAGATAGGCT > NC_002947/3060810‑3061098 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |