Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,158,310 | C→G | 10.0% | T110R (ACG→AGG) | opuA → | glycine betaine ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,158,310 | 0 | C | G | 10.0% | 152.5 / 7.7 | 50 | T110R (ACG→AGG) | opuA | glycine betaine ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/25); new base G (2/3); total (22/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.77e-01 |
GGCGAAGTGCTTTGCTTGATGGGTACATCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGTGAGCCAGAAAGTACTCGCCGCACAGCGGCACTACGGCAG > NC_002947/3158174‑3158458 | ggCGAAGTGCTTTGCTTGATGGGTACATCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGC‑TGGCGCAGCGTAGGCTGCG‑TCaagct < 7:156970/149‑5 (MQ=255) ggCGAAGTGCTTTGCTTGATGGGTACATCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGC‑TGGCGCAGCGTAGGCTGCG‑TCaagct < 3:137151/149‑5 (MQ=255) gAAGTGCTTTGCTTGATGGGTACATCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCg > 2:324385/1‑149 (MQ=255) aGTGCTTTGCTTGATGGGTACATCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGt < 6:189939/149‑1 (MQ=255) gcttGATGGGTACATCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAgcg > 1:66361/1‑148 (MQ=255) cttGATGGGTACATCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTGCGCTGCG‑ACCGCAGCTGGCGCAgcgta < 8:184954/149‑3 (MQ=255) gggTACATCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCa > 4:168893/1‑149 (MQ=255) ggTACATCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCAt > 1:316290/1‑149 (MQ=255) aTCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACg < 7:11045/112‑1 (MQ=255) aTCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACg > 8:11045/1‑112 (MQ=255) tCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGtt > 5:74330/1‑149 (MQ=255) tCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGtt > 4:28494/1‑149 (MQ=255) ccGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCAt < 7:322020/136‑1 (MQ=255) ccGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCAt > 8:322020/1‑136 (MQ=255) cGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTc > 7:264896/1‑148 (MQ=255) aGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCTAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCa < 2:66361/149‑1 (MQ=255) cAATTCGACTTTGCTGCGCCACGGCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGGGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGGCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCg < 8:250116/149‑1 (MQ=255) aGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGC‑TGGCGCAGCGTAGGCTGCGTCAAGCTGctcag > 2:87563/1‑111 (MQ=25) aGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGC‑TGGCGCAGCGTAGGCTGCGTCAAGCTGctcag < 1:87563/115‑5 (MQ=25) tttGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTtgctgc > 5:234238/1‑149 (MQ=255) cACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAg < 3:6471/149‑1 (MQ=255) aCGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGc < 2:98727/149‑1 (MQ=255) tCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTtgctgc < 3:294640/135‑1 (MQ=255) tCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTtgctgc > 4:294640/1‑135 (MQ=255) gTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACa < 1:324385/149‑1 (MQ=255) gATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAAc < 3:28494/148‑1 (MQ=255) tAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTg > 5:35451/1‑149 (MQ=255) gagCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGc < 6:35451/149‑1 (MQ=255) gCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCt < 8:264896/149‑1 (MQ=255) ccGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGc > 8:249243/1‑90 (MQ=255) ccGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGc < 7:249243/90‑1 (MQ=255) cGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTg > 1:328918/1‑149 (MQ=255) cagcGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGcccc < 6:115184/149‑1 (MQ=255) gcggcgAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTg < 5:358656/149‑1 (MQ=255) cggcgAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTgg < 6:117054/149‑1 (MQ=255) ggcgAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGa < 2:328918/149‑1 (MQ=255) gcgAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGaa < 3:168893/149‑1 (MQ=255) cTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGcgcg < 6:234238/148‑1 (MQ=255) cATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGt > 4:340170/1‑148 (MQ=255) aTCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGt > 8:91990/1‑147 (MQ=255) aTCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGt < 6:74330/147‑1 (MQ=255) tCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGt < 3:114539/146‑1 (MQ=255) tCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGt > 4:114539/1‑146 (MQ=255) ggTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCt > 8:197703/1‑107 (MQ=255) ggTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCt < 7:197703/107‑1 (MQ=255) tGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGTGAGCCAGaaa < 7:91990/149‑1 (MQ=255) aGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGTGAGCCAGAAAg < 2:316290/148‑1 (MQ=255) gctggcGCAGCGTAGGCTGCGTCAAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGTGAGCCAGAAAGTACTCGCCGca > 4:294204/6‑147 (MQ=255) gCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGTGAGCCAGAAAGTACTCGCCGCACAGCGGCAc > 2:133543/1‑149 (MQ=255) tACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGTGAGCCAGAAAGTACTCGCCGCACAGCGGCACTACgg > 7:334669/1‑148 (MQ=255) cGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGTGAGCCAGAAAGTACTCGCCGCACAGCGGCACTACGGCAg > 8:173175/1‑149 (MQ=255) | GGCGAAGTGCTTTGCTTGATGGGTACATCCGGCAGCGGCAAGTCGACTTTGCTGCGCCACGTCAACCGGTTGATAGAGCCGAGCAGCGGCGAGGTGCTCATCGACGGTGAGGTCCTGAGCAGCTTGACGCAGCCTACGCTGCG‑CCAGCTGCGGTCGCAGCGCATCGGCATGGTGTTCCAGCATTTCGGTTTGCTGCCGCATCGAAGCGTGCTCGACAACGTGGCCTTGCCCCTGGAATTGCGCGGTGAGCCAGAAAGTACTCGCCGCACAGCGGCACTACGGCAG > NC_002947/3158174‑3158458 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |