Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,200,892 | G→A | 8.7% | G74S (GGC→AGC) | PP_2808 → | oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,200,892 | 0 | G | A | 8.7% | 125.9 / 2.5 | 47 | G74S (GGC→AGC) | PP_2808 | oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/23); new base A (2/2); total (21/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.41e-01 |
GAGCGACCGGCTGATCTGCAGCCGGCCCTCGAAGGTGACGCGCAGGCCGATGTGATCGTGATCGGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTATGACGAGGCGGTGCCCTACGTGGAAGGTCGATT > NC_002947/3200745‑3201040 | gagCGACCGGCTGATCTGCAGCCGGCCCTCGAAGGTGACGCGCAGGCCGATGTGATCGTGATCGGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCg < 5:190152/148‑1 (MQ=255) aCCGGCTGATCTGCAGCCGGCCCTCGAAGGTGACGCGCAGGCCGATGTGATCGTGATCGGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCg > 5:242986/1‑149 (MQ=255) tCGAAGGTGACGCGCAGGCCGATGTGATCGTGATCGGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGc > 3:174846/1‑149 (MQ=255) gAAGGTGACGCGCAGGCCGATGTGATCGTGATCGGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGc < 2:125691/147‑1 (MQ=255) tGACGCGCAGGCCGATGAGATCGTGATCGGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGCGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAAATCGACGGCATCGCTGCCAGTGGCCGCAATGCACGCTACctgc > 8:338492/1‑149 (MQ=255) gcAGGCCGATGTGATCGTGATCGGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGgca < 5:44266/149‑1 (MQ=255) cGATGTGATCGTGATCGGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACctgc > 4:313551/1‑137 (MQ=255) cGATGTGATCGTGATCGGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACctgc < 3:313551/137‑1 (MQ=255) gatcgtgatcgGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATgg < 4:146791/143‑1 (MQ=255) gatcgtgatcgGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATgg > 3:146791/1‑143 (MQ=255) atcgtgatcgGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGa < 2:340700/149‑1 (MQ=255) gatcgGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGa > 4:188417/1‑144 (MQ=255) gatcgGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGa < 3:188417/144‑1 (MQ=255) atcgGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGa < 5:198770/149‑1 (MQ=255) tcgGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCGGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGa > 5:257287/1‑148 (MQ=255) ggCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCTGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGTCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGt < 4:174846/149‑1 (MQ=255) ggCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGt < 6:250070/149‑1 (MQ=255) cTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATc < 3:156716/130‑1 (MQ=255) cTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATc > 4:156716/1‑130 (MQ=255) ccGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑gg > 2:281952/1‑149 (MQ=255) tCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCAGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATc > 7:126563/1‑117 (MQ=255) tCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCAGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATc < 8:126563/117‑1 (MQ=255) tGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGa < 8:161703/109‑1 (MQ=255) tGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCAGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGc > 5:285667/1‑148 (MQ=255) gAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCa < 8:126517/148‑1 (MQ=255) gAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCACAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCAc > 6:166302/1‑149 (MQ=255) gAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCACAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCAc > 6:217384/1‑149 (MQ=255) cTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATgg > 1:350704/1‑97 (MQ=255) cTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATgg < 2:350704/97‑1 (MQ=255) tCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATg < 1:114683/95‑1 (MQ=255) tCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATg > 2:114683/1‑95 (MQ=255) cAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGt > 8:159004/1‑149 (MQ=255) ggCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGt > 2:71097/1‑123 (MQ=255) ggCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGt < 1:71097/123‑1 (MQ=255) gcTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCAGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCa < 6:285667/149‑1 (MQ=255) ggggCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAg < 4:125777/129‑1 (MQ=255) ggggCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAg > 3:125777/1‑129 (MQ=255) ggggCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGtt < 7:159004/149‑1 (MQ=255) cGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCACAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTAt < 5:217384/149‑1 (MQ=255) cGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCACAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTAt < 5:166302/149‑1 (MQ=255) tgttggTGCTGGAACAGGAATTCGCGGGCTTGGGTGCCAGTGGGCGGAATGACGGCTACCTGCTGGTCAGCATGGGGTTCGTGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTATGACGa < 7:338492/143‑1 (MQ=255) tGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTATGACGAGGCGGTg > 6:60566/1‑149 (MQ=255) ggAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAACTGGGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTATGACGAGGCGGTGCCCTACGt < 1:281952/149‑1 (MQ=255) aTTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGGAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTATGACGAGGCGGTGCCCTACGTGGAAg < 6:182332/149‑1 (MQ=255) cGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTATGACGAGGCGGTGCCCTACGTGGAAGGt < 6:242986/148‑1 (MQ=255) gCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTATGACGAGGCGGTGCCCTACGTGGAAGGTc > 2:347578/1‑148 (MQ=255) ccGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTATGACGAGGCGGTGccc > 2:216772/1‑134 (MQ=255) ccGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTATGACGAGGCGGTGccc < 1:216772/134‑1 (MQ=255) ggCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTATGACGAGGCGGTGCCCTACGTGGAAGGTCGAtt > 6:61150/1‑149 (MQ=255) | GAGCGACCGGCTGATCTGCAGCCGGCCCTCGAAGGTGACGCGCAGGCCGATGTGATCGTGATCGGCGCCGGCTTTGCCGGGCTGTCGACCGCGCTGGAACTCAAGGCGCTCGGGGCGGATGTGATCGTGCTGGAACAGGAATTCGCCGGCTTCGGTGCCAGTGGCCGCAATGCCGGCTACCTGCTGGGCAGCATGGGCATCGAGTACGATATGTTCGTCAAAC‑‑GGGTGGGCGTGGAGCAGGCCACGCAGTTCGTCAGGTTCTATGACGAGGCGGTGCCCTACGTGGAAGGTCGATT > NC_002947/3200745‑3201040 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |